公社群聊Q&A整理：2015.11.23 03 ~ 2015.11.25 10

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-26 01:22:50

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2015.11.23 03:47:46
Q:
老师，能帮忙看看我写的计算部分有错误吗[图片]谢谢老师
A:
如果不知道泛函怎么去解释，干脆就别解释，写个缩写就完了
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2015.11.23 03:47:46
Q:
[图片]各位老师这里的endo和exo是指什么意思啊
syn- ani-和cis- trans-的顺反有什么区别啊
A:
两种立体构型，一搜就知道
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2015.11.23 03:47:46
Q:
sob老师，理论中研究的两个金属之间的金属键，和经典的晶格中的金属键有什么区别吗？
A:
金属-金属成键不一定是金属键。晶体中形成金属键必须共享的电子是大范围离域的，这个wiki上都有解释。
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2015.11.23 18:10:17
Q:
sob老师，都有什么程序可以进行ADNDP的分析
A:
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
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2015.11.23 18:14:23
Q:
请教大神，今天遇到一个奇怪的错误，L801,,,Inaccurate quadrature in CalDSu,,,,第一次遇到，网上找的资料没有合理的解释，，，请问各位遇到这样的情况如何解决的
A:
[图片]
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2015.11.23 18:17:25
Q:
老师您好，我想要做动画显示我的分析结果，现在已经生成了.bmp文件，请问只能在linux系统下运行convert命令吗？因为对linux指令不是很熟悉，我安装了imagemagichk程序，请问这个软件能用生成的.bmp文件做出动画来吗？怎么做？麻烦老师有时间教我一下，非常感谢老师
A:
、 windows下也有很多视频编辑程序，都是可以将图片合并成动画的，一搜一大把
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2015.11.23 18:17:25
Q:
请问，立场里面12-6这一项，的R^{-6}这一项是描述长程吸引力的。
这个长程吸引力书上说是van der vaals 可是，偶极-偶极相互作用在力场里面用的的是静电相互作用的那一项啊。
这样不就是重复计算静电相互作用了么？
A:
偶极-偶极作用通过基于原子电荷计算静电相互作用已经基本体现了。
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2015.11.23 18:18:34
Q:
请问一下，这课件在论坛里能找到那？
A:
[图片]
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2015.11.23 18:18:56
Q:
sob老师，ADNDP的开发者所用的计算程序不对外公开是吗？
A:
不公开
即便公开了，也绝对没有Multiwfn好用
凡是Multiwfn支持的功能（如AdNDP），基本都做到了能实现同类功能程序中的最好
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2015.11.23 18:19:12
Q:
收到，谢谢。也就是说12-6这一项应该涵盖色散跟诱导两部分吧？
A:
不是，12是交换互斥，6是色散，一起称作范德华作用
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2015.11.23 18:19:56
Q:
这个“最佳解决方法”好么？int=NoXCTest
A:
不好
跟5/13=1的危害有相似性
Q:
int=NoXCTest 不就是直接qc么
A:
二者毛关系都没有
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2015.11.23 20:07:30
Q:
弱弱问下，orca中的RI，是什么的缩写？
A:
Sobereva(190258442) 19:32:25
resolution of identity
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2015.11.24 04:20:21
Q:
[图片]老师，按照帖子里面说的使用VMD绘制分子的静电势图，按照帖子里面的在最后的Trajectory标签页里将Color Scale Data Range填上-22和22并点击Set然后我的呋喃还是没有填色图出来，对照的尝试了几次
都加了
[图片]
三个
尝试的玩了几次
[图片]而且刚进去显示这样的，看起来好难看的的样子，颜色不均匀
我觉得没有遗漏的，我再来玩几次
A:
你这个图明显是用默认的line方式显示的，按博文改了就行了
仔细一步步按博文操作肯定不会有问题
Q:
老师，在使用Multiwfn结合VMD作图的时候，首先我从Multiwfn得到了furan.pdb，surfanalysis.pdb,vtx.pdb然后以此拖入了vmd，就出现这个[图片]，然后我只想简单的看一下表面静电势分布，后来按照帖子里面的直接按（3）步骤进行，[图片]
[图片]，但是确实这样的[图片]，反复尝试了很多次，我的在Miltiwfn里面输入格式是fchk，不是wfn，初次之外个人感觉也没有什么遗漏的，VMD版本是1.9.2
老师，在使用Multiwfn结合VMD作图的时候，首先我从Multiwfn得到了furan.pdb，surfanalysis.pdb,vtx.pdb然后以此拖入了vmd，就出现这个[图片]，然后我只想简单的看一下表面静电势分布，后来按照帖子里面的直接按（3）步骤进行，[图片][图片]，但是确实这样的[图片]，反复尝试了很多次，我的在Miltiwfn里面输入格式是fchk，不是wfn，初次之外个人感觉也没有什么遗漏的，VMD版本是1.9.2
A:
[图片]先确认这个是否对应的是vtx.pdb的那个层
Q:
是的，我是按照帖子一步一步走的，ID012，我是按照furan.pdb surfanalysis.pdb vtx.pdb 按照顺序下来的，ID2就是vtx.pdb
A:
你把vtx.pdb发给我
Q:
麻烦老师了
A:
[图片]
[图片]
[图片]
就调这几样就够了，没有其它的
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2015.11.24 04:20:21
Q:
[图片]请问，这能说明有弱相互啊作用么？
最左侧的这条直线还不太明显
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2015.11.24 04:20:21
Q:
,我在用ccsd(t)优化构型，输入文件用的是cartesian coordinate, 居然出现l114错误，看起来Gauss自动找z matrix,,,我看了一些帖子说这是高斯的bug？你怎么看？
请问大家有没有很方便的小软件，从cartesian coordinate 转化为z/matrix的？？谢谢
我试了GV，，
A:
[图片]
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2015.11.24 04:20:21
Q:
[图片] 老师我跑GROMACS遇到这个问题是为什么呢蟹蟹
A:
Chan 初始结构不合理或力场参数问题
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2015.11.24 04:28:21
Q:
有人用MP2模拟了液态水
DOI: 10.1038/srep14358
A:
[图片]
Q:
不过话说回来，周期性凝聚态体系的 MP2 算法在 2012年 JCTC 上已经有报道了
DOI: 10.1021/ct300531w
[图片]
A:
与crystal伴随的cryscor已经可以直接对周期性体系做LMP2计算了，只不过不是基于平面波而是高斯函数
那东西年头也不短了
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2015.11.24 07:48:06
Q:
请教老师，用WB97XD算有机物键能精度怎样？我最近对比了一下B3lyp, M062x, mp2, 还有wb97xd, 发现它总体精确度最好，不知道有没有理论解释，可以单纯的以后就用它吗？
A:
B3lyp、MP2根本不用考虑
M062X大多数情况最好，wB97XD也可以，至少比B3LYP强
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2015.11.24 09:45:30
Q:
请教各位一个问题，高斯计算的时候如何加上分子的对称性限制，譬如CS对称性，用symmetry关键词，参数如何设置？
A:
和symmetry关键词毛关系也没有。
输入文件里先把体系对称化成Cs结构，然后照常优化，若不能维持Cs到时候再说
Q:
主要是我看了晶体结构分子本身并无对称性，想算激发态，但是文献中却说考虑分子的对称性，
A:
激发态该有对称性优化完了自然就有对称性了
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2015.11.24 09:50:22
Q:
请教各位老师　　Multiwfn除高斯外还能处理哪些第一性原理计算软件的计算结果　　主要是波函数的处理
A:
波函数分析部分不支持第一性原理程序，高斯的PBC功能除外
高斯不是第一性原理程序
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2015.11.24 09:51:50
Q:
老师您好，画华德华表面穿透的时候，这个绿色的mol1：C是表示单位吗？这个我怎么不让它显示出来呢？另外这个数字的颜色能选择吗？[图片]我在选择范德华表面穿透的点的时候就是分别选择两个分子在这块区域的极大值或者极限值点可以吗？谢谢老师
A:
graphics-label，把那个标签删掉
C是元素
不是选择极值点，是能选衡量对应最大穿透距离的两个点
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2015.11.24 09:52:57
Q:
因为我计算的数据和发射光谱的实验值相差很大，我就是没考虑对称性计算的，所以我在想对称的部分是不是有问题，那老师您的意思是不用考虑他提的对称性了？
A:
优化时不用考虑什么对称性。
反倒是如果本身激发态不是Cs对称性，你非得弄成Cs对称性，结果才是错的
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2015.11.24 09:56:10
Q:
算wiberg键序时，如果不加density=current 结果可以吗？？@Sobereva
A:
什么理论方法？
Q:
mp2 如果不加是hf
A:
你都已经知道不加就是HF的结果，自不必说了
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2015.11.24 09:57:45
Q:
对于分析成键的强弱来说，除了计算键能之外，还可以通过什么分析一下呢？
A:
键级
ELF、AIM等等
还有力常数
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
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2015.11.24 09:58:35
Q:
sob老师，在优化激发态时的泛函应该怎么选择？我优化基态结构时用的是b3lyp, 在模拟紫外可见光谱时用的是wB97XD，那么在优化激发态结构时泛函如何选择呢？
A:
看是什么体系
Q:
有机体系
A:
以及哪种特征的电子激发
诸如B3LYP优化CT激发结果可能明显不对
Q:
有CT特征的电子激发
A:
就用wB97XD就完了
Q:
son老师，优化激发态, 我是在基态优化结构的基础上输入命令#p td opt wB97XD/6-311G** scrf=(cpcm,solvent=toluene)，可以么？
A:
可
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2015.11.24 10:07:14
Q:
谢谢老师，键级这个我知道如何去做了，ELF、AIM、力常数这几个如何计算呢？
A:
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2015.11.24 10:11:18
Q:
请教各位老师，是否能够确定在某一温度下体系中存在某种分子团簇的存在概率？
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
Q:
恩恩，谢谢sob老师
A:
同样用boltzmann分布来计算。
两个分子团簇存在情况实际上是二聚体+单体的自由能之和
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2015.11.24 10:47:46
Q:
sob老师，高水平下计算一个有机体系的单点能，M062X/6-31G** 可以么？
A:
你要说高水平，最最最起码也得是M062X/TZVP
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2015.11.24 10:48:16
Q:
[图片] 老师我这个Predicted change in Energy=-4.010068D-02是不是指能量收敛情况？能量是需要收敛到10-4 我这个初始构型是不是差远了？
A:
不用管那个
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2015.11.24 10:49:11
Q:
请教sob老师，我看了http://sobereva.com/165 这个帖子，另外也下载了文献J. Nat. Prod. 2011, 74, 1061看了一下。我发现这里面说的不同构象是同一个分子的不同显示方式，那么如果我要比较的是不同大小的分子团簇（如两个分子的团簇和三个分子的团簇）在某一个温度的存在比例，是不是也是使用的？
sob老师，算的两个分子的log文件中的自由能加上修正后不能直接用吗？需要加上单体的自由能吗？
A:
你比较的是三聚体而二聚体情况的出现几率，显然原子数必须相同自由能才有可比性，出现二聚体的情况对应的自由能就是二聚体+一个孤立的单体的自由能
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2015.11.24 12:19:49
Q:
[图片],请问这个能够说明有弱相互作用了么?
A:
有
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2015.11.24 13:06:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
挺有想法的，用颜色标注
[图片]
----------------------------------------------------
2015.11.24 13:37:29
Q:
敢问下，hub是不是不能用了
/大哭
A:
能用，看群规
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2015.11.24 13:37:44
Q:
Sob老师，请问split-valence basis set是怎么回事？我理解的是6-31G基组是这种劈裂价基组的一种，可又有人说不对，所以真的不知道那个是对的了。
A:
你说得对
说不对的人是小白
Q:
/呲牙
老师，我看到高斯说明书里边还说道一种基组，“Ahlrichs 等人的SV, SVP，TZV，TZVP [Schaefer92, Schaefer94]，和QZVP [Weigend05]基组。”说这样的基组通过给基组关键词添加AUG-前缀（而不是使用+和++符号——见下），用弥散函数增大基组。这些基组是什么？翻了好久也没有看懂。
A:
高斯里aug-没法给这些基组用
必须自定义基组实现
[图片]
[图片]
Q:
就是说这些基组，在本质上，是区别于pople系列的，但是计算精度跟pople基组差不多，或者更优？
A:
同样计算量下比pople基组好
不是一派人搞的基组
Q:
恩恩，了解。
都叫劈裂价基组吗？
A:
pople搞的STO-nG系列不算
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2015.11.24 13:51:28
Q:
NICS(1)_ZZ>0说明没有芳香性，且其值越大，环越不稳定是吧？
A:
确切来说是没有pi芳香性
Q:
如果用NICS(1)_ZZ对比不同取代基对芳香环稳定性的影响，是否合理？
A:
一般可以，但最好也同时结合其它指标
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2015.11.24 13:59:01
Q:
老师，对于中午绘制静电势的问题，我回头有仔细玩了一下，在选择vtx文件的时候，在Drawing Method 里面选择的是Lines时候绘制出来的是[图片]，如果选在points，我的图像显示框里面是一片空白，但是选择CPK的时候[图片]
到有点像，但是太丑了
老师，对于中午绘制静电势的问题，我回头有仔细玩了一下，在选择vtx文件的时候，在Drawing Method 里面选择的是Lines时候绘制出来的是[图片]，如果选在points，我的图像显示框里面是一片空白，但是选择CPK的时候[图片]到有点像，但是太丑了
A:
别选line
注意rendermode要用normal模式
如果选了point就是显示不出来，尝试用其它机子
Q:
我在选POINTS的时候[图片]什么都没有啦
换电视试试？这个意思吗
电脑
A:
y
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2015.11.24 14:01:13
Q:
诺诺问一句，基组对频率影响会多大
A:
>6-31G*后就不会有多大影响
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2015.11.24 14:39:25
Q:
老师，请问，用mopac2012算了弱相互作用能，是否有什么办法将得到的总能量分解成氢键键能和其他呢？
A:
无
----------------------------------------------------
2015.11.24 14:39:25
Q:
老师，在绘制静电势的帖子里面所将的Molekel4.3绘制的时候，针对我们所用的G09计算的结果是不是只要将Gaussian09改为Gaussian98，Mulliken改为Total也就行了
A:
没印象了，我挺讨厌molekel，平时根本不用它
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2015.11.24 14:47:10
Q:
老师，有没有什么计算方法可以表现化合物可以被蒸馏@Sobereva
A:
动力学模拟
Q:
那么gaussian可以实现么
A:
否
Q:
那老师能否推荐个相关的帖子？@Sobereva
A:
多读书
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2015.11.24 15:08:24
Q:
请问如何能判断哪个轨道属于哪个对称性呢
[图片]
请问这几个态对称性是什么
如果在molpro中要指定算这四个态该怎么做呢
A:
调整初猜时不同不可约表示轨道的占据方式
或者CASSCF之类算多个态
不懂含义的话先看看levine书里关于双原子分子谱项的介绍
Q:
那molpro中如何指定算这几个态呢@Sobereva
A:
没法去“指定”
----------------------------------------------------
2015.11.24 15:13:25
Q:
[图片] 老师这种结果该怎么办？
A:
这也算是半周经问题了
Q:
[表情]Gaussian应该默认把TS做opt=tight
A:
不不不，因不收敛而叫苦不迭的初学者更多了
----------------------------------------------------
2015.11.24 15:42:26
Q:
[图片]，请问是什么原因呢？
[图片]网盘中显示orca_linux有1.36G，而下载下来却只有1.35G[图片]，在linux上用“tar -xjvf file.tbz”命令解压时会出现[图片]，请问是什么原因呢？
A:
没下完整
Q:
中间断过网后来接着下
显示是[图片]
A:
重下一遍3.0.3再试
Q:
请问3.0.3有哪些显著提高？
----------------------------------------------------
2015.11.24 15:46:59
Q:
sob老师，我想明白ADNDP分析多中心键的具体原理，要从哪里看？
A:
博文、手册里都写了，或者看adndp原文
Q:
sob老师，就是里面的一些计算方面的原理不是很懂，我想寻找一些资料。
人家不都说了么，博文手册或者原文
A:
是啊
你想明白到甚至自己都能编程实现，先钻研NBO，搞明白NAO怎么产生的，NBO轨道怎么搜索出来的等等，都弄明白那就且了
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2015.11.24 16:10:42
Q:
natural orbitals怎么处理双自由基啊，直接占据数为2
A:
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
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2015.11.24 16:14:12
Q:
想配个集群，有没有靠谱的服务器供应商，市场的水很深，没有经验压力山大，思想云的销售qq一直加不上，也没有回复。大家是在淘宝上查散件的价格的吗？
A:
可以打思想云的电话咨询13901240378
----------------------------------------------------
2015.11.24 17:16:00
Q:
[图片]Discovery Studio 怎么把这些水弄得少一点，只显示有相互作用的水呢？@Sobereva
A:
俺不用DS
VMD比这强太多
Q:
VMD怎么实现呢？
A:
诸如same resid as within 5 of xxx只显示xxx附近5埃内的水
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2015.11.24 17:17:52
Q:
请教一个问题：激发态计算中采用了开壳层，但输出结果中只有beta轨道的没有a轨道的，问题来了：1）跃迁系数之和该是1还是0.5？2）此时b轨道和a轨道一致了所以只显示了b轨道跃迁？还是恰好全部是b轨道跃迁？
Sobereva老师:[图片]
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
[图片]
但我开壳层，为什么也只输出了b轨道的没有a轨道的？
A:
列出关键词
Q:
[图片]
A:
输出文件压缩后传上来
恰好算出来的那些态就是没有Alpha的跃迁
Q:
哦那跃迁系数之和应该是1 谢谢老师
----------------------------------------------------
2015.11.24 17:35:27
Q:
请问各位老师，有没有软件可以一次性提取IRC或势能面上的点并进行计算的呢？谢谢
A:
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
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2015.11.24 17:36:24
Q:
咨询一个问题，假如说要比较一个D-A分子和一个D*-A分子，两个分子D的强弱。我是不是应该对D-A分子，分别计算基态的NPA电荷，看看D上的电荷数，然后计算激发态的NPA电荷，看看D上的电荷数，然后两个电荷数做差？同理计算D*的电荷的变化，然后比较两个变化谁大谁小来说明共电子能力的强弱？
还是说，我只计算激发态的NPA电荷，看看D和D*上的电荷量，来比较，谁的绝对值大，谁的供电子能力强？
谢谢指点。
A:
前者
Q:
谢谢老师。
也就是需要看这个变化量？不能单纯的看激发态的NPA电荷数值？如果说我的A是一样的。可否通过看激发态的NPA的电荷数值的大小来区别两个D的强度？比如说，在s1态，D上是0.2，而D*上是0.3.说明D*的共电子能量强？谢谢老师
A:
看变化量
----------------------------------------------------
2015.11.24 19:27:13
Q:
老师，如果我想仔细研究一下prmtop文件，是不是用rdparm就可以？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.11.24 19:22:23
Q:
求帮助，对于在amber中，关于同分异构的小分子能否用同一套参数进行动力学模拟？
老师，对于在amber中，关于同分异构的小分子能否用同一套参数进行动力学模拟？希望老师能给我建议
A:
只要力场参数不缺就行
如果另一个同分异构体的成键方式显著改变，需要定义一个新的原子类型才能描述，那就不行了
Q:
老师，我有两个同分异构分子，其中有一个会跑着跑着键就跑断了，这是因为什么呢？
是参数文件有问题吗？
A:
是
Q:
老师，关于在amber中，分子的键跑断了以后，我该怎么处理呢？是重新生成参数吗？
A:
参数有问题，仔细检查
有bond项的话不可能跑远
Q:
老师，我检查过bond项，那两个原子之间是有bond值的
老师，在参数文件里那两个原子之间的bond值是有的，可是为什么那个地方还是跑断了
A:
double check
Q:
老师，我再次确认过，的确是有bond参数的.老师，我在想会不会是跟两个文件里的原子的编号不一致导致的
A:
参数对，原子类型对，就不会有问题
跟序号没关系，这在saveamberparm的时候自动会搞好
----------------------------------------------------
2015.11.24 20:14:06
Q:
老师您好，对于这种[图片]局部定量分子表面分析，老师您有写相关教程吗？我也想做个这样的分析，非常感谢老师
A:
http://sobereva.com/196
讨论见Struct. Chem., 25, 1521 (2014)（http://link.springer.com/article/10.1007/s11224-014-0430-6#）
----------------------------------------------------
2015.11.25 06:13:19
Q:
请教sob老师 nanjing大学的lsqc程序公开吗？
A:
公开
----------------------------------------------------
2015.11.25 06:13:26
Q:
为什么non－standard basis set 跟准确？
A:
这话说得不对
Q:
我在写实验报告
然后结果显示non－standard
好
那non－standard 和 standard 具体区别在哪里啊，老师？
A:
问得太含糊
基组根本就不是这么分类的
----------------------------------------------------
2015.11.25 08:48:48
Q:
sob老师，请问对于同一泛函（比如说B3LYP和B3LYP-D3），含色散校正和不含色散校正在能量上的差别仅仅体现在色散能能上吗？对色散项之外的其它成分，二者是一样的结果吗？
A:
不一样
Q:
那这个差别不会很大吧？
A:
不可忽略
----------------------------------------------------
2015.11.25 08:56:15
Q:
[图片]opt+Freq计算一直震荡——好忧伤/试过opt=(maxcycle=200) scf=(maxcycle=300)和op=(maxstep=3)，是否需要加大循环或者减小步长呢？恳请各位老师指点一下！/抱拳/抱拳/抱拳
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2015.11.25 08:53:05
Q:
老师，您好！
请教一个问题
[图片]
这个夺氢的过渡态，怎么扫描甲级的转动能垒？
按照文献说的做法，固定并逐步改变二面角，其他变量都优化，OH就跑远了
A:
扫描时把O-H、C-H键长固定住
Q:
[图片]
有道理，这段话似乎就是这个意思
只固定键长可以吗？
A:
...
Q:
是否需要固定键角
A:
Sobereva(190258442) 8:53:05
扫描时把O-H、C-H键长固定住
Q:
您看我这个输入文件，就是固定了两个键长，可还是OH跑远了
A:
怎么通过冗余内坐标自定义要固定的变量好好看看手册opt关键词部分
你弄的根本不对
Q:
老师，怎么实现扫描二面角的同时固定那两个键长呀？
?? sr 'com.tencent.mobileqq.data.TroopFileData
I bisIDJ entitySessionIdJ lastTimeJ lfileSizeL FromUint Ljava/lang/String;L
dspFileNameq ~ L
dspFileSizeq ~ L fileNameq ~ L fileUrlq ~ L sha1q ~ L uuidq ~ xp f /棒棒糖?pt jbts-ch3oh-scan.outt 1.28MBt jbts-ch3oh-scan.outt %/bfaf620d-831b-4427-8fa0-31d3c322c77ct (77b31e436e3067c120cfdda579b2d6e9ad2d4c4dp
A:
RTFM
Q:
请阅读该死的使用手册
请先阅读该死的使用手册
我尝试用F冻结那两个键长，可是不行呀
还有什么办法呀，请指教
单独冻结某个变量，或者单独柔性扫描都没有问题，合在一起就不知道怎么做了，请教@SET
，你会吗？请教！
A:
扫描、冻结设定都写一起去
尽力尝试，太懒的人是做不好科研的
还往群里传两个一模一样的文件，什么意思嘛，都没加上冻结设定
Q:
sob老师，你好，是这样写吗
F B 15 12
F B 16 15
D 14 12 4 5 S 36 10.
A:
F写后头去
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2015.11.25 09:10:21
Q:
gaussian输出的波函数怎么不归一化？
而且正交性也不好
有的系数＞1
A:
什么波函数？
轨道波函数就是归一化的，没归一化说明你自己没算对
后HF波函数有的是间接归一化的，手册里写着
你都没考虑重叠积分
看群共享里分子轨道成分的计算中的一些讨论
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2015.11.25 09:25:28
Q:
[图片] 老师，在参数文件里，箭头所指的地方是表示的电荷吗？
同分异构的参数文件在这个地方有不同，这会是症结所在吗？
A:
是电荷
结构不同电荷肯定不同，不是这个事
bond是谐振势，注定了就不可能跑远
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2015.11.25 09:27:03
Q:
Sobereva老师，请问一下
[图片]这个错误看着是内存不足，但我只要修改内存部分，就出现
[图片]，不知道是什么原因，想请问一下老师，蓝色标注的句子具体是什么意思呢，其中的IEnd，LEnI还有Limit分别代表什么意思，这种情况下怎么办呢？
A:
用g09
不灵再增大%mem，还不灵就减小基组
----------------------------------------------------
2015.11.25 09:35:21
Q:
[图片]计算单点时，恰算到这块断电了，想跟老师问一下，根据现有的这些数据能求出CCSD(t)的值吗？
A:
不能，还没做(T)部分呢
你只能得到CCSD能量
----------------------------------------------------
2015.11.25 09:45:15
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0022328X84851906
求助文献
A:
[图片]
违规一次，已记录
----------------------------------------------------
2015.11.25 09:53:49
Q:
[图片]
请问老师，IRC依然是这种左右对称的，是怎么回事？按照昨天有位前辈的方法修改之后，还是这样
老师
A:
找过渡态和产生IRC用的关键词都贴出来
Q:
[图片]
IRC的命令行
[图片]
过渡态的命令行
A:
都用int=ultrafine和calcall
哎呦，TS和找IRC用的泛函都不一样！
这根本没意义
Q:
本来IRC用的和过渡态是一样的，昨天看到群里说用calcall就改了一下，也没什么变化
A:
泛函弄一样，int=ultrafine和calcall都加上，不行到时候再说
Q:
老师的意思是过渡态和IRC命令行，都要用int=ultrafine和calcall这两个关键词吗？
A:
scfcyc、optcyc弄那么大会遭人鄙视
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2015.11.25 09:59:02
Q:
SOB老师，Gamess能量分解时写$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=EDA DFTTYP=B3LYP MAXIT=30 MULT=1 $END
&dft idcver=3 &end对吗？想用密度泛函B3LYP-D3方法！
A:
$DFT里写DC=.T.
不用写idcver
----------------------------------------------------
2015.11.25 10:04:37
Q:
请问这种图是用什么软件做的呀
[图片]
A:
VMD
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2015.11.25 10:05:04
Q:
我的台式机加了块GPU，整天没日没夜的跑，会不会早早报废？
A:
不会，质保内坏了也可以换
Q:
终于明白K20这些专业计算卡比GTX980之类的显卡贵那么多的原因了。原来，GTX980之类的显卡，双精度运算会出错。
一分钱一分货，人家贵那么多，是有原因的。
A:
tesla还是很暴利的
高就高呗
不在于功耗，目的在于避免影响tesla销量
Q:
桌面显卡里，双精度没有一块能达到K20的水平。
看来我的K20C还是买对了
A:
不。
K20C双精度是1.17T，Titan的双精是1.3T
Q:
[表情]
A:
titan black还会更高一些
Q:
[图片]
蛋白质折叠的双精度浮点测试
A:
[图片]
Q:
[图片]
GTX 980Ti 的双精度性能数据一直查不到。
A:
http://www.geeks3d.com/20140305/amd-radeon-and-nvidia-geforce-fp32-fp64-gflops-table-computing/
980双精是156GFlops，980Ti应当大约是156*3/2
Q:
都达不到K20C的水平呀
A:
K20C实际上是titan阉割后的产物
Q:
哪个GK110的titan么
A:
对
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yopoxia · 发表于 Post on 2015-11-26 11:13:14

非常感谢

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