residue contact map 这种图如何画

xking · 发表于 Post on 2021-4-8 22:55:17

本帖最后由 xking 于 2021-4-8 22:56 编辑

请问大家这种图该怎么画啊
需要什么文件

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-4-8 23:07:03

using cpptraj or MDanalysis (python library) you can do such graph

xking · 发表于 Post on 2021-4-8 23:14:02

rpestana94 发表于 2021-4-8 23:07
using cpptraj or MDanalysis (python library) you can do such graph

想问一下，这个图是gromacs命令跑出来的数据吗

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-4-8 23:49:49

xking 发表于 2021-4-8 10:14
想问一下，这个图是gromacs命令跑出来的数据吗

It can be, yeah, I just find gromacs have its own command to get the data, gmx mdmat - Calculate residue contact maps

xking · 发表于 Post on 2021-4-9 21:25:32

thanks, gmx mdmat produce what kind of file to make map
and I can make the contact map by import the .gro file into VMD ,but the print file is .ps,
so,I want to ask what method to convert .ps to png

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-10 06:03:11

xking 发表于 2021-4-9 21:25
thanks, gmx mdmat produce what kind of file to make map
and I can make the contact map by import t ...

xking · 发表于 Post on 2021-4-10 16:31:27

本帖最后由 xking 于 2021-4-10 16:39 编辑

sobereva 发表于 2021-4-10 06:03

老师，我用gromacs跑了gmx mdmat，xpm文件转化成eps文件之后，出现了残基接触图，但是paper里都是彩色的图，想问一下学习什么方法可以将图片转为彩色的啊

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 08:53:07

xking 发表于 2021-4-10 16:31
老师，我用gromacs跑了gmx mdmat，xpm文件转化成eps文件之后，出现了残基接触图，但是paper里都是彩色的 ...

可以试试这个，不过我没用过
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html

xking · 发表于 Post on 2021-4-12 14:14:19

sobereva 发表于 2021-4-12 08:53
可以试试这个，不过我没用过
http://bbs.keinsci.com/thread-20056-1-1.html

太感谢了，多谢sob老师

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