模拟体系进行MD之后，势能呈现正值，结果是否合理？如何修改才能让势能为负呢？

zdq · 发表于 Post on 2021-4-9 09:31:18

在进行PBI 的分子动力学模拟过程中，体系的势能为正值，这是不太合理的，但是有不太清楚是哪里不对，才会导致这种情况的发生呢？是因为分子的构型吗？还是因为力场参数不合理呢？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-4-9 12:47:25

本帖最后由 k64_cc 于 2021-4-9 12:49 编辑

有机物太多，势能为正挺正常的。用GAFF做个benzene liquid体系，不开constraint，总的势能多半也是正的，不炸就行。

zdq · 发表于 Post on 2021-4-9 14:38:04

谢谢您的回复。我发现调整我的力场参数后，体系的势能就为负了，不知道是因为什么。你知道怎么降低PBI的刚性，使整条链可以柔性一点吗？

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-18 11:18:39

zdq 发表于 2021-4-9 14:38
谢谢您的回复。我发现调整我的力场参数后，体系的势能就为负了，不知道是因为什么。你知道怎么降低PBI的刚 ...

您好，我的聚合物能量最小化之后势能也是正值？请问您是怎么修改力场参数的，可以大概说一下思路和方法吗？非常感谢。

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