求助，acpype.py报错，找不到命令

karme · 发表于 Post on 2021-4-9 20:35:37

本帖最后由 karme 于 2021-4-10 15:43 编辑

2021.4.10 15.43

问题自己解决了，答案是只用conda下载的ambertools是不能完全运行acpype的
我下载了amber18+ambertools18，之后使用，一切正常。
其次就是github上面下载的acpype.py应该是有问题的，我用了sob大的py文件后正常了

下面是之前的问题

我通过anaconda下载了ambertools20，但是没有amber20.
然后下载了acpype，在调用.py时候，报错为找不到命令
antechamber经过检测，是可以正常使用的，所以是哪里出问题了呢?

........好像是要给权限? 我chmod +x 后，再跑一次，能运行，但是还是报错
我的mol2文件也是用obabel转换pdb过来的，为什么会出错呢

补充：

进行-d显示错误，请问一下怎么修改呢
mol2文件如下，希望各位大神能指点一下

ros.mol2 (3.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

再补充：
当我换成一个很普通的小分子结构，加载没有问题了，但是running的时候又报错了，请教一下怎么解决
难道这是因为anaconda下载下来的ambertools不能运行该脚本吗，是要下个完整的吗
报错截图为最后一张

牧生 · 发表于 Post on 2021-4-9 22:59:40

本帖最后由牧生于 2021-4-9 23:45 编辑

用在线服务器试试，速度也还可以

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-9 23:44:11

加上-d显示debug信息试图理解原因
看不明白就上传mol2文件

wangdefa28 · 发表于 Post on 2021-11-22 17:35:10

你好，我想问一下ambertools18是在哪里下载的，我网上找遍了也没有找到。amber官网上都没有出现18的版本。我之前用ambertools21和acpype用，一直出现mopac.sh找不着这个问题，看到有几个帖子说用了18的版本就可以了。如果能告诉一下哪里下载，或者分享一下，感激不尽了~

yannis · 发表于 Post on 2022-2-14 14:47:34

wangdefa28 发表于 2021-11-22 17:35
你好，我想问一下ambertools18是在哪里下载的，我网上找遍了也没有找到。amber官网上都没有出现18的版本。 ...

可以给amber官方写邮件申请amber18源码，“Waivers for the license fee are available for scientists outside of North America, Western Europe and Japan. Please send email to dacase.ambermd@gmail.com, explaining your situation, and your need for the pmemd program (all other parts of Amber are available for free).” 网址为：http://ambermd.org/GetAmber.php

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助，acpype.py报错，找不到命令

评分 Rate

浏览过的版块