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[GROMACS] 利用54A7力场模拟蛋白配体复合物,No default Proper Dih. types

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楼主
我用54A7力场模拟蛋白配体复合物,但是使用gromacs的grompp命令时报错

Generated 168 of the 1653 non-bonded parameter combinations
ERROR 1 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 30133]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 2 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 30134]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 3 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 31494]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 4 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 31757]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 5 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 33184]:
  No default Proper Dih. types

请问这个如何解决?


topol.top

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发表于 Post on 2021-4-10 10:04:37 | 只看该作者 Only view this author
报错提示明确说的是itp文件,你没上传itp,别人也无从判断。
另外,你用的2021.1版非常新,不排除有bug的可能。如果你查不出毛病,也试试老版本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-10 10:41:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-10 10:04
报错提示明确说的是itp文件,你没上传itp,别人也无从判断。
另外,你用的2021.1版非常新,不排除有bug的 ...

老师,之前itp文件上传不了,现在压缩了一下

topol_Protein_chain_A.zip

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发表于 Post on 2021-4-10 12:55:38 | 只看该作者 Only view this author
用2019.6版本吧,稳定又好用

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发表于 Post on 2021-4-12 08:56:49 | 只看该作者 Only view this author
你去看报错上提示的itp里相应的行就知道,都没给参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-4-28 10:24:13 | 只看该作者 Only view this author
您好,打扰请问一下您的这个问题后来是怎么解决的呀,我也是这个错误

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