计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 19072|回复 Reply: 17
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教在GROMACS加电场的参数设置

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

61

eV
积分
67

Level 2 能力者

在GROMACS模拟电势为3V条件下电解液的运动,建了周期盒子5x5x10nm,在Z方向左右两石墨烯电极相距6nm(Z方向另加4nm真空),现施加一个恒定强度的电场,在mdp文件中,电场的单位是V/nm,请问,是直接写E-z  =  1  3  0  ?还是用3V除以6nm,得到0.5V/nm,写E-z  =  1  0.5  0  ?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-4-11 03:32:20 | 只看该作者 Only view this author
electric-field-z = 0.5 0 0 0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

61

eV
积分
67

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 19:53:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-11 03:32
electric-field-z = 0.5 0 0 0

谢谢Sob老师!我提交任务计算一下。

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2021-4-14 20:26:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-11 03:32
electric-field-z = 0.5 0 0 0

这里请教一下,等号右边的第一个数字是余弦的数目,第二个数字是电场大小和方向,第三个数字是余弦的相位,这个余弦的数目是什么意思,为什么要在第一个数字的位置写上0.5

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-4-15 07:22:17 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的幻灯片


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

6#
发表于 Post on 2022-12-17 22:17:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

老师您好 请问一下这里第二个参数omega是角频率的话,单位是rad/s还是s-1呢?比如我想加一个100THz的电场,因为100THz=100ps-1,所以第二个参数直接设置为100是吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-12-18 11:31:18 | 只看该作者 Only view this author
zhaizhidong 发表于 2022-12-17 22:17
老师您好 请问一下这里第二个参数omega是角频率的话,单位是rad/s还是s-1呢?比如我想加一个100THz的电场 ...

估计是rad/ps,ps是gmx的标准时间单位,三角函数里又要求弧度表示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

8#
发表于 Post on 2022-12-19 10:36:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-18 11:31
估计是rad/ps,ps是gmx的标准时间单位,三角函数里又要求弧度表示

好的 感谢老师

39

帖子

0

威望

282

eV
积分
321

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2023-3-28 15:48:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

请问一下老师,此公式可以实现周期性的高斯脉冲电场吗?如在0.1ps,0.2ps,0.3ps等分别达到最大值

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2023-3-29 04:29:44 | 只看该作者 Only view this author
yyy1996 发表于 2023-3-28 15:48
请问一下老师,此公式可以实现周期性的高斯脉冲电场吗?如在0.1ps,0.2ps,0.3ps等分别达到最大值

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

282

eV
积分
321

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 2023-3-29 09:25:51 | 只看该作者 Only view this author

好的  谢谢社长

42

帖子

0

威望

233

eV
积分
275

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2023-3-30 15:49:33 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想问一下是平衡后加外电场还是能量最小化前加外电场

2

帖子

0

威望

37

eV
积分
39

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2024-8-25 22:52:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

老师您好,我想在我的体系中加上一种非均匀电场,体系左侧为一针尖,右侧为平面,中间连着DNA分子,然后施加偏压,我们想通过添加电场的方式实现偏压,然后进行MD。请问这样的非均匀电场gromacs可以添加吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2024-8-26 03:28:21 | 只看该作者 Only view this author
周晨 发表于 2024-8-25 22:52
老师您好,我想在我的体系中加上一种非均匀电场,体系左侧为一针尖,右侧为平面,中间连着DNA分子,然后 ...

没有关键词实现
但某些情况下可以考虑对两端原子分别赋予合适的正、负电荷来制造局部的外加电场来实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

46

帖子

0

威望

380

eV
积分
426

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2024-8-29 11:32:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-26 03:28
没有关键词实现
但某些情况下可以考虑对两端原子分别赋予合适的正、负电荷来制造局部的外加电场来实现

老师,请问我在DNA两端通过在盒子中添加点电荷的方式形成非均匀电场(DNA左侧添加类似于针尖形状的点电荷,右侧添加一个平面的点电荷)(我看有一篇文章是这样添加的(J. Phys. Chem. A, Vol. 113, No. 47, 2009)),再进行MD,这样合理吗?我们主要是想看体系中的cl-在这个非均匀电场中的运动状态。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 01:13 , Processed in 0.234320 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list