关于charmm力场下的轨迹文件如何转换成amber力场下的轨迹

yl233 · 发表于 Post on 2021-4-13 22:58:49

我最开始跑模拟用的namd,并使用的charmm力场参数。想用amber计算结合自由能，发现amber力场下的PDB文件中原子类型和charmm不一样，并不能识别charmm下的原子类型。若用tleap重新生成amber识别的输入文件，则不能和轨迹文件中的原子类型相对应。所以想请问大家有办法可以将charmm力场下的轨迹文件（主要是原子类型的转变）转变成amber力场的吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-14 12:21:30

轨迹就是轨迹，和力场没关系。你可以用parmed把psf/pdb文件转换成prmtop/inpcrd文件（如果你指的是这个的话），如果你想用NAMD计算MM-PBSA的话可以用iAPBS模块
https://mccammon.ucsd.edu/iapbs/doc/namd.html

yl233 · 发表于 Post on 2021-4-14 19:43:39

fhh2626 发表于 2021-4-14 12:21
轨迹就是轨迹，和力场没关系。你可以用parmed把psf/pdb文件转换成prmtop/inpcrd文件（如果你指的是这个的话 ...

好的好的，谢谢。但是比如我在namd里面做的模拟，其中涉及到的PDB文件里面原子的类型和顺序与amber的是不一样的。所以就算我生成了prmtop文件，加载轨迹的时候也是有问题的。因为这个轨迹里写入的原子顺序和namd里的PDB一致，和amber需要的prmtop及PDB并不对应

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-15 09:43:58

yl233 发表于 2021-4-14 19:43
好的好的，谢谢。但是比如我在namd里面做的模拟，其中涉及到的PDB文件里面原子的类型和顺序与amber的是不 ...

用parmed转不会不一样

yl233 · 发表于 Post on 2021-4-15 10:15:58

fhh2626 发表于 2021-4-15 09:43
用parmed转不会不一样

不好意思，可能是我表示的问题。可以转换，也能得到对应的top文件，最后用MMPBSA.py这个脚本去计算这个top和轨迹文件会有问题，但是我计算其他用amber模拟得到的轨迹就不会有问题

木子玫 · 发表于 Post on 2021-6-16 08:57:09

yl233 发表于 2021-4-15 10:15
不好意思，可能是我表示的问题。可以转换，也能得到对应的top文件，最后用MMPBSA.py这个脚本去计算这个to ...

您好，请问你解决这个问题了吗？我也是用namd下的charmm力场做的模拟，用脚本会出现错误，困扰我好久了，您是如何解决的呢？

zyj47 · 发表于 Post on 2021-12-20 00:45:24

yl233 发表于 2021-4-15 10:15
不好意思，可能是我表示的问题。可以转换，也能得到对应的top文件，最后用MMPBSA.py这个脚本去计算这个to ...

请问解决了吗？我现在也遇到这种问题了

zyj47 · 发表于 Post on 2021-12-20 00:46:01

木子玫发表于 2021-6-16 08:57
您好，请问你解决这个问题了吗？我也是用namd下的charmm力场做的模拟，用脚本会出现错误，困扰我好久了， ...

您解决了吗，我也有这个困扰？期待回复

木子玫 · 发表于 Post on 2021-12-21 14:07:22

zyj47 发表于 2021-12-20 00:46
您解决了吗，我也有这个困扰？期待回复

没有，找不到哪里有问题，就先搁置了

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[NAMD] 关于charmm力场下的轨迹文件如何转换成amber力场下的轨迹