粘度计算问题求助

huangtingyanyi · 发表于 Post on 2021-4-14 13:06:43

我想问一下通过这个gmx_mpi energy -f nvt3.edr -vis viscosity.xvg，为什么得不到粘度的这一行？

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Pres-XX                   -185.543       12 424.578 -55.544  (bar)
Pres-XY                   19.7671       8.9    283.91 43.3455  (bar)
Pres-XZ                   37.8259    0.87 284.705 -1.16128  (bar)
Pres-YX                   19.7698       8.9    283.91 43.3473  (bar)
Pres-YY                   -183.1       13 421.371 51.7859  (bar)
Pres-YZ                   0.174657    0.27 283.912 0.996379  (bar)
Pres-ZX                   37.8344    0.87 284.712 -1.12743  (bar)
Pres-ZY                   0.168495    0.27 283.917 1.00811  (bar)
Pres-ZZ                   -118.825    0.65 420.039 3.16445  (bar)
Temperature                299.997    0.0025 4.09332 -0.00241307  (K)
Angle                      16303.3       13 240.938 -55.4835  (kJ/mol)
Pressure                   -162.49       4.8 265.465  -0.197888  (bar)

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 13:11:33

如果是周期扰动法，别写-vis，直接gmx energy提取粘度的倒数1/Viscosity的平均值，然后再取倒数就完了。如果是想用Green-Kubo方法，见https://gromacs.org-gmx-users.ma ... cosity-calculations里面的讨论

huangtingyanyi · 发表于 Post on 2021-4-14 13:23:08

sobereva 发表于 2021-4-14 13:11
如果是周期扰动法，别写-vis，直接gmx energy提取粘度的倒数1/Viscosity的平均值，然后再取倒数就完了。

非常感谢，去掉后就会显示1/Viscosity这一行了。
1/Viscosity -7.7364 7 71.8782 -12.4582 (m s/kg)

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