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[GROMACS] 求助:查到的COMPASS中金属的LJ参数可以用到CHARMM之类的力场中吗?

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楼主
各位老师:
       您好!我有几个问题不懂,希望向您请教一下。
       1、请问我在文献中找到的COMPASS中金属的LJ参数,可以直接用到CHARMM27或者AMBER等力场中吗?
       2、如果需要拟合,又需要如何做呢?(实在是新手,没有思路,希望得到您的指点)
       2、文献中未给出该金属氧化物的键长、键角信息,在其与蛋白质的作用模拟中需要用到这些离子键的参数吗?我又应该如何获取?
       3、同一键长、键角信息在不同的力场中数据是有差异的吗?比如在COMPASS中是一个数,在AMBER中应该用另一个数?

       感谢您的阅读、回复!

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发表于 Post on 2021-4-16 21:43:37 | 只看该作者 Only view this author
1.COMPASS中用的应该不是12-6的LJ函数形式,所以不能用到AMBER或CHARMM中
2.金属氧化物可以看看INTERFACEFF或者CLAYFF中有没有,LJ参数参考一下里面的应该没问题
3.没看明白你的意思,如果是指平衡键长/键角是会有差异的,

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发表于 Post on 2021-4-21 16:01:30 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS里可以用列表势,原理上任何形式的势都可以在gmx里用,但需要额外提供各个作用距离处作用势的文件
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