Fukui index和体系大小的关系？

agent99 · 发表于 Post on 2021-4-23 05:29:58

本帖最后由 agent99 于 2021-4-22 17:21 编辑

我计算了一个26个原子的有机小分子每个原子的Fukui index，然后又对该分子吸附在一个73个原子的团簇表面的构型（共99个原子）做了同样计算。结果发现该小分子上已知反应位点的f+在吸附之后反而降低，这和目前的实验和计算结果都相反。由于体系里所有原子的f+加起来等于1（f-也是一样），所以是不是在体系显著变大时（这里从26变成99，将近4倍）f+会一定程度上被更多原子平摊从而导致特定位点的f+值变小？这种情况下，可以把f+乘以体系原子数然后比较吗？谢谢指点！

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 12:26:34

福井函数应当对当前被研究的分子计算，而不要计算复合物。如果要考虑外环境的影响，可以用隐式溶剂模型、背景电荷等
实际上，有时候对于很大的分子，算福井函数的时候甚至只把局部感兴趣的区域挖出来单独算，避免不相干的基团影响福井函数分布进而影响对局部反应位点的判断

agent99 · 发表于 Post on 2021-4-25 06:47:34

sobereva 发表于 2021-4-22 22:26
福井函数应当对当前被研究的分子计算，而不要计算复合物。如果要考虑外环境的影响，可以用隐式溶剂模型、背 ...

谢谢版主。请问挖出来单独算这个怎么实现呢？怎样把1个负电荷只加在这个片段里？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-4-25 15:51:03

agent99 发表于 2021-4-25 06:47
谢谢版主。请问挖出来单独算这个怎么实现呢？怎样把1个负电荷只加在这个片段里？

说白了就是只取你的第一个计算（只算那个小分子）的结果说事，你的第一个计算本身就相当于挖出来算了。第二个计算的结果不讨论就行了

agent99 · 发表于 Post on 2021-4-30 13:07:58

wzkchem5 发表于 2021-4-25 01:51
说白了就是只取你的第一个计算（只算那个小分子）的结果说事，你的第一个计算本身就相当于挖出来算了。第 ...

我想说明的是吸附在团簇上之后小分子上的反应位点活性提高了，只用第一个计算的结果没法说明这个问题。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-4-30 16:10:16

agent99 发表于 2021-4-30 13:07
我想说明的是吸附在团簇上之后小分子上的反应位点活性提高了，只用第一个计算的结果没法说明这个问题。

如果团簇和小分子之间只有静电和范德华相互作用，可以考虑用MM描述团簇，避免它的轨道与小分子混合。
如果团簇和小分子之间有轨道相互作用，那么Fukui index不适合这种问题，靠电荷、自旋密度之类的更靠谱。对于同一个分子上不同位点的相对反应活性，Fukui index可能比电荷、自旋密度更靠谱，但是对于不同大小的分子之间的比较，电荷、自旋密度应该是更靠谱的，因为它们满足size consistency而Fukui index不满足。

agent99 · 发表于 Post on 2021-5-4 06:52:08

wzkchem5 发表于 2021-4-30 02:10
如果团簇和小分子之间只有静电和范德华相互作用，可以考虑用MM描述团簇，避免它的轨道与小分子混合。
如 ...

非常有用，感谢！

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-5-4 07:44:11

agent99 发表于 2021-5-4 06:52
非常有用，感谢！

最直接的应该就是拿一个反应体系结合对比算结合能看反应活性吧，这里波函数方法可能相对于这种直接方法是一种近似表达，说服力没有算结合能这么强。

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[波函数分析求助] Fukui index和体系大小的关系？

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