请问羟基自由基拔氢反应应选用何种溶剂模型

fffff · 发表于 Post on 2021-4-23 16:15:02

本帖最后由 fffff 于 2021-4-23 16:17 编辑

请问各位老师，做羟基自由基拔氢的反应（水或乙醇环境）的过渡态搜索是否需要使用杂化溶剂模型呢？体系见下图，我感觉溶剂会和羟基自由基或者氢形成氢键，是否会影响过渡态结构以及反应能垒的数值呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 16:20:15

普通的隐式溶剂模型就可以

fffff · 发表于 Post on 2021-4-23 16:26:59

sobereva 发表于 2021-4-23 16:20
普通的隐式溶剂模型就可以

老师，我看到博文里讲到：“隐式溶剂模型的缺点是无法表现溶剂与溶质之间的强相互作用，如氢键。”这里可以用隐式溶剂模型是因为溶剂和这种体系形成的氢键对体系/过渡态影响不大吗？

Accelerator · 发表于 Post on 2021-4-23 16:39:00

如果你去尝试优化OH自由基与水的复合物，就会发现在隐式溶剂化模型下这一复合物的形成是吸热的。
通常类似的情况也会延续在这类过渡态中，如果不放心，你也可以多找几个过渡态对比能量。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 17:00:28

fffff 发表于 2021-4-23 16:26
老师，我看到博文里讲到：“隐式溶剂模型的缺点是无法表现溶剂与溶质之间的强相互作用，如氢键。”这里可 ...

得考虑水对当前反应起到什么作用
如果不太可能对机理产生直接的影响，就用隐式溶剂模型。当前考虑隐式溶剂也不会令这个过程发生得更容易

fffff · 发表于 Post on 2021-4-23 18:41:37

Accelerator 发表于 2021-4-23 16:39
如果你去尝试优化OH自由基与水的复合物，就会发现在隐式溶剂化模型下这一复合物的形成是吸热的。
通常类似 ...

好的,谢谢老师,刚刚算了一下形成氢键确实是吸热过程.学到了一种新思路

fffff · 发表于 Post on 2021-4-23 18:49:24

sobereva 发表于 2021-4-23 17:00
得考虑水对当前反应起到什么作用
如果不太可能对机理产生直接的影响，就用隐式溶剂模型。当前考虑隐式溶 ...

谢谢sob老师,再请问一下,sob老师可以举一些氢键直接影响反应机理的例子吗?我好像没遇到过氢键直接影响反应的机理,不太会判断氢键对于反应是否有直接的影响

fffff · 发表于 Post on 2021-4-24 12:23:28

Accelerator 发表于 2021-4-23 16:39
如果你去尝试优化OH自由基与水的复合物，就会发现在隐式溶剂化模型下这一复合物的形成是吸热的。
通常类似 ...

老师，我算出来形成氢键是放热的

几何优化用M06-2X-D3/def-TZVP,SMD隐式溶剂模型，优化完之后把水和羟基自由基分别抠出来算能量，算能量用的MP2/jul-cc-pVTZ，算出来水+羟基自由基两者之和：-151.9734994，复合物：-151.9787273。

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