求助MMGBSA计算蛋白与蛋白之间的结合自由能时，每次计算的结果不同

957 · 发表于 Post on 2021-4-23 18:22:28

求问我用MMGBSA方法去计算蛋白与蛋白之间的结合自由能时，每次计算的结果相差十几二十，甚至四五十kcal/mol，可能是什么原因呢？我的体系是一个糖蛋白，不知道是不是因为糖基的影响。

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2021-4-23 19:19:47

蛋白-蛋白 loop区的运动是比较剧烈的不像小分底物-蛋白这样的体系稳定，加之MMGBSA本身误差就大，可以当体系RMSD稳定后再计算

957 · 发表于 Post on 2021-4-23 19:35:48

我的输出文件中出现了WARNING: INCONSISTENCIES EXIST WITHIN INTERNAL POTENTIAL TERMS. THE VALIDITY OF THESE RESULTS ARE HIGHLY QUESTIONABLE
在加糖之前，计算的结果没有，但是加糖的体系中都出现了，请问这个是什么意思呢？

冷血 · 发表于 Post on 2021-8-23 13:53:47

lijiayisjtu 发表于 2021-4-23 19:19
蛋白-蛋白 loop区的运动是比较剧烈的不像小分底物-蛋白这样的体系稳定，加之MMGBSA本身误差就大，可以当体 ...

师兄，你好，想请教一个问题，就是目前我用mmpbsa.py计算得到的GB与PB的ΔG都是正值，这个是为啥呀？

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