计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 退休老干部
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于跑MD步骤的问题

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2025-3-14 03:42:34 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2025-3-13 20:38
sob老师,您好!想请教一下NPT预平衡,温度的波动是比较稳定的,但是压力发生非常大波动,而且没有平衡是 ...

预平衡不适合PR压浴,这是基本常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

159

eV
积分
188

Level 3 能力者

17#
发表于 Post on 2025-3-14 15:49:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是都可以不用设置了呀?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2025-3-15 00:17:45 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-14 15:49
sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

159

eV
积分
188

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2025-3-15 12:43:20 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

315

帖子

0

威望

1249

eV
积分
1564

Level 5 (御坂)

20#
发表于 Post on 2025-12-13 00:33:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

sob老师,请问预平衡可以用P-R压浴吗?最近发现lammps的berendson压浴似乎有问题,导致水溶液密度明显增大,而P-R压浴不会,暂时不清楚什么原因

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2025-12-13 03:52:52 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-12-13 00:33
sob老师,请问预平衡可以用P-R压浴吗?最近发现lammps的berendson压浴似乎有问题,导致水溶液密度明显增 ...

很不适合用
那叫Berendsen
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 13:09 , Processed in 0.320185 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list