MD完成后如何统计分析分子的取向

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-4-25 21:01:15

各位老师好，从文献中了解到下图所示的统计分析，他统计了所有客体分子的长轴方向与体系的x,y,z轴之间的夹角分布情况，请教各位老师在通过GROMACS得到轨迹文件后，有什么命令可以帮助实现这种分析吗？谢谢老师指导！

ggdh · 发表于 Post on 2021-4-25 23:52:27

安装最新版anaconda
安装最新版MDAnalysis
使用附件中的脚本
python directionAna.py -m MCN -d 1,2,3 -a 4,5,6 prod.gro prod.trr
其中 MCN 是你需要测量分子的resname，然后测量的是1，2，3号原子中心和4，5，6号原子中心的连线的方向和底座，也就是XY平面的夹角。

侧耳倾听 · 发表于 Post on 2021-4-26 08:57:30

ggdh 发表于 2021-4-25 23:52
安装最新版anaconda
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使用附件中的脚本

非常感谢老师的指导！

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-3 10:36:17

ggdh 发表于 2021-4-25 23:52
安装最新版anaconda
安装最新版MDAnalysis
使用附件中的脚本

老师您好，最近我也在做这个方向的东西，对于1，2，3号和4，5，6，号原子中心这个问题有点搞不懂，就比如我需要测量分子有很多原子，我该怎么选择让它保证这个连线方向是XY平面的夹角呢

ggdh · 发表于 Post on 2021-9-4 00:06:45

飒飒萨达发表于 2021-9-3 10:36
老师您好，最近我也在做这个方向的东西，对于1，2，3号和4，5，6，号原子中心这个问题有点搞不懂，就比如 ...

没明白你的意思，测量的是123的中心和456原子的中心的连线，和xy平面的夹角
具体怎么取这个连线，根据你自己的分子形状决定。

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-4 12:07:03

ggdh 发表于 2021-9-4 00:06
没明白你的意思，测量的是123的中心和456原子的中心的连线，和xy平面的夹角
具体怎么取这个连线，根据你 ...

不好意思老师我的问题对您造成了误解，不过我想问的也正是老师说的这个怎么取这个连线的问题，就还是搞不太懂这个连线方向具体跟分子形状有什么关系，该怎么取，目前我有尝试取发光分子TDM的这个方向，但还是不是很清楚，希望老师能帮帮我

naoki · 发表于 Post on 2024-9-8 20:55:19

本帖最后由 naoki 于 2024-9-8 22:00 编辑

ggdh 发表于 2021-4-26 00:52
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使用附件中的脚本

znorm = np.array([0,0,1])
看起来是和z轴的夹角，而不是和xy平面？

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[GROMACS] MD完成后如何统计分析分子的取向

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