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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理:2015.11.25 10 ~ 2015.11.26 15

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本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-1 18:33 编辑

相关概况请阅读:http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html


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2015.11.25 10 ~ 2015.11.26 15.txt (25.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

  1. 2015.11.25 10:05:48
  2. Q:
  3.     SOB老师你好,用03 优化所计算的三线态能应该小于等于用 td计算的三线态垂直激发能吧,我算了发现03所得的绝热三线态能高一些,怎么会出现这种情况啊

  4. A:
  5.     如果确认你数值没搞错,0 3高也不是没可能的

  6. ----------------------------------------------------
  7. 2015.11.25 10:42:00
  8. Q:
  9.      老师,我怎么样可以像查看top文件一样来查看inpcrd文件呢?

  10. A:
  11.     没办法
  12.     amber的拓扑文件就是不灵活

  13. Q:
  14.     嗯哪,好的
  15.      那老师,我有没有什么办法,可以得到两个同分异构的坐标文件inpcrd文件,在文件里只有分子的坐标是有差异的呢?
  16.     可能是因为两个体系的inpcrd文件很不一样,所以在用同一套参数的时候就出现了问题

  17. A:
  18.     inpcrd里就只有坐标信息

  19. Q:
  20.      因为两个体系是同一个分子的两个同分异构,因为是相同的分子,就选择用相同的参数

  21. A:
  22.     从头到尾同样过程leap走一遍,别直接拿A的prmtop给B用

  23. Q:
  24.      老师,我在生成top及inpcrd文件的时候是各自用各自的,是后来跑能量最小化及后续的动力学的时候,会用同一套参数

  25. A:
  26.     虽然力场参数本身通用,但是同分异构体,同一个序号的原子的原子类型可能不一样,此时直接套用同样的prmtop文件就会有问题
  27.     还有连接关系也是,不同结构下也会不一样

  28. Q:
  29.      我确认过原子类型,全是一致的
  30.     有额确认过键的情况,全是有的

  31. A:
  32.     重新生成一遍prmtop又不麻烦

  33. Q:
  34.     我的想法是,即使重新生成,方法不改变的情况下top文件是不会有什么变化的

  35. A:
  36.     你先重新生成跑跑再说
  37.     小地方偷懒,可能会在大地方浪费时间

  38. ----------------------------------------------------
  39. 2015.11.25 10:57:54
  40. Q:
  41.     请问以下这句话是否正确:
  42.     [图片]

  43. A:
  44.     正确,但是最后一句话表述有点不严谨

  45. Q:
  46.     那严谨的说法是怎样?我很不希望误导人,所以特地上来请教一下。

  47. A:
  48.     经过ZPE校正是0K下的内能(等价于0K下的焓、自由能)
  49.     经过其它热力学校正也可以得到不同温度下的各种热力学性质,包括U(T)、H(T)、G(T)

  50. Q:
  51.     等价于0K下的焓、自由能
  52.     这里的自由能同时指A和G吧?因为G=H-TS,A=U-TS,0K下应该G=A,是吧?
  53.     0K下应该G=A=U=H,是吧?

  54. A:
  55.     对

  56. Q:
  57.     0K下S不变
  58.      G=A?这个不是取决于模拟系综么?
  59.     G中包含体积变化做功项啊

  60. A:
  61.     对

  62. Q:
  63.      sob老师,对于虎王提出的在0K下G=A我很疑惑啊,可否解答一下
  64.     这两个不是一个概念的自由能啊

  65. A:
  66.     G=A+RT
  67.     T=0时自然就相等了
  68.     对比一下就知道了

  69. Q:
  70.     G=U+PV-TS,A=U-TS
  71.     我是根据MD模拟算自由能的,不是量化但本质没区别吧

  72. A:
  73.     恩

  74. ----------------------------------------------------
  75. 2015.11.25 11:05:22
  76. Q:
  77.       请教下  STO-3g为什么说是Slater型轨道,又是高斯型轨道

  78. A:
  79.     是通过3个高斯函数拟合一个slater轨道
  80.     所以是高斯基函数的基组,而不是slater轨道的基组

  81. Q:
  82.     [图片]  Slater 轨道不是这种特定形式的吗

  83. A:
  84.     对啊
  85.     STO-nG不是这种形式的,只是用高斯函数的线性组合近似表现这种形式

  86. ----------------------------------------------------
  87. 2015.11.25 11:20:00
  88. Q:
  89.     哪个大神现在能传一个molpro优化的输入文件吗?急用。谢谢了

  90. A:
  91.     下个MOLPRO quickstart,里面有现成的例子

  92. ----------------------------------------------------
  93. 2015.11.25 11:26:20
  94. Q:
  95.      sob老师,拉普拉斯电子密度图是否可以编辑,比如标注原子序号,旋转方向啥的,谢谢。

  96. A:
  97.     自行ps

  98. ----------------------------------------------------
  99. 2015.11.25 11:37:24
  100. Q:
  101.     谢sob老师,用moread的方法初测了一下,好像加了iroot之后输出的gbw还是基态.

  102. A:
  103.     那很正常,和高斯一样

  104. ----------------------------------------------------
  105. 2015.11.25 13:51:59
  106. Q:
  107.     CASSCF计算激发态是用基态波函数做初猜好还是激发态波函数做初猜?

  108. A:
  109.     “激发态波函数”这个概念很含糊
  110.     CASSCF就是要一套轨道当初猜,但激发态没有确切的轨道的概念

  111. ----------------------------------------------------
  112. 2015.11.25 13:55:19
  113. Q:
  114.       这个指数该正1/2 还是-1/2 ne [图片][图片]

  115. A:
  116.     1/2

  117. ----------------------------------------------------
  118. 2015.11.25 14:01:15
  119. Q:
  120.     sob老师好,紫外能带变化是看基态优化结构的homo与lumo,而荧光能带变化是看激发态优化结构的homo与luomo吗?

  121. A:
  122.     看激发能,不是看轨道

  123. ----------------------------------------------------
  124. 2015.11.25 14:02:33
  125. Q:
  126.     有什么算法可以提高SCF迭代的速度吗?

  127. A:
  128.     incremental fock可以加快fock矩阵构建速度,构建fock矩阵时不去计算一些贡献很小的积分,SCF初期用低质量积分格点等等都可以加快迭代速度
  129.     这些虽然使SCF迭代加快,但对于收敛有害

  130. Q:
  131.     这些方法可以指定吗?

  132. A:
  133.     前两种是高斯默认的
  134.     要关闭就noincfock、novaracc

  135. ----------------------------------------------------
  136. 2015.11.25 14:10:27
  137. Q:
  138.     哦,轨道右侧的数字就代表激发能吗?
  139.     [图片]
  140.     差值才是激发能对吗?

  141. A:
  142.     做电子激发计算,诸如常用的TDDFT方法#p PBE1PBE/6-311G** TD(nstates=5)
  143.     找这样的输出
  144.    
  145.     [图片]

  146. ----------------------------------------------------
  147. 2015.11.25 14:11:19
  148. Q:
  149.     直接从sto-3g投影到6-311+G(d,p)合理吗?

  150. A:
  151.     差得太大,如果成功也罢,不成用就用6-31G*做跳板

  152. Q:
  153.     这里的成功是什么意思

  154. A:
  155.     能得到想要的结果,顺利收敛

  156. Q:
  157.     顺利收敛能不能作为唯一的评判标准

  158. A:
  159.     总得人为看一下结果才成,免得万一收敛到奇怪的地方去

  160. ----------------------------------------------------
  161. 2015.11.25 14:30:43
  162. Q:
  163.     紧急求教呀,高斯里算的dipole moment是怎么算的呀?
  164.     xyz*q再累加起来和高斯给的差好远。

  165. A:
  166.     [图片]

  167. Q:
  168.     什么又是标准朝向下和初始朝向下呢?不懂

  169. A:
  170.     [图片]

  171. ----------------------------------------------------
  172. 2015.11.25 14:36:33
  173. Q:
  174.     嗯,现在大致明了。但是我的一个分子我想自己计算其中部分结构所表现出来的偶极矩,怎么样计算呢

  175. A:
  176.     没有严格方法计算,根本没法严格定义

  177. ----------------------------------------------------
  178. 2015.11.25 14:43:46
  179. Q:
  180.     各位老师,我想设置LC-wPBE泛函分离参数,请问在高斯中 都要设置吗?
  181.     [图片]

  182. A:
  183.     将3/107和3/108都设为MMMMM00000,就相当于用了ω参数为MMMMM/10000的范围分离泛函

  184. ----------------------------------------------------
  185. 2015.11.25 15:03:37
  186. Q:
  187.     各位老师 请问做CDA电荷分解分析时候怎么看化合物的轨道是什么原子跟什么原子之间形成的轨道 ?
  188.     求指教

  189. A:
  190.     看轨道图形
  191.    
  192.     字号小点

  193. Q:
  194.     能够画出来轨道图形  但是不明白其中化合物的轨道到底表示的是哪个原子跟哪个原子的轨道
  195.     [图片]这个是我画的轨道相互作用图,化合物是CH3AuF   片段1是CH3片段2是AuF
  196.     中间化合物轨道这一栏的轨道编号指的是哪个原子跟哪个原子的作用啊?
  197.     [图片]这个是我的化合物结构
  198.     拜托大家了

  199. A:
  200.     字号小点!

  201. Q:
  202.     还有,我看了 sobereva 老师的使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图的博文,但还是有好多不明白的地方

  203. A:
  204.     看群规,最大不得超过12号

  205. Q:
  206.     好的

  207. A:
  208.     载入复合物.fch文件,看相应编号的轨道图形,一看就清楚

  209. Q:
  210.     老师您好,我想问这个.fch问件是指生成NBO文件时同时生成的chk文件转化而来的.fch文件还是其他的什么?老师我是初学者,自己琢磨好几天了,是在看不明白。

  211. A:
  212.     跟NBO没任何关系
  213.     单点得来的
  214.     算复合物的时候直接就产生了

  215. Q:
  216.     您说的是在用高斯计算复合物的输出文件的同时生成的.fch文件吗?

  217. A:
  218.     对
  219.     本来CDA也可以直接用.fch来做

  220. Q:
  221.     哦 谢谢老师  老师您说的是不是这个[图片]

  222. A:
  223.     y

  224. ----------------------------------------------------
  225. 2015.11.25 15:26:53
  226. Q:
  227.     请问在《S**2》
  228.     请问在《S**2》中,检查的是湮灭前还是湮灭后的值
  229.     [图片]

  230. A:
  231.     看和你取的能量值对应的<S**2>

  232. Q:
  233.     怎么说 ?没太明白 我是用的能量值就是scf done后面的值 这是哪一个

  234. A:
  235.     对应湮灭前的

  236. Q:
  237.     湮灭后的能量值在输出哪里?

  238. A:
  239.     做MP2的时候才输出,PUHF

  240. Q:
  241.     dft呢

  242. A:
  243.     没有

  244. ----------------------------------------------------
  245. 2015.11.25 15:42:34
  246. Q:
  247.     我在一个dft方法的势能面扫描中,s2逐渐变大,如何设置能使s2值保持与设定一致?

  248. A:
  249.     没法设

  250. ----------------------------------------------------
  251. 2015.11.25 15:43:56
  252. Q:
  253.     请问gaussian b01能否在win下并行

  254. A:
  255.     能

  256. ----------------------------------------------------
  257. 2015.11.25 16:03:46
  258. Q:
  259.     Sob老师,一个作业不加极化正常收敛,加了极化后却无法收敛

  260. A:
  261.     gdiis小步长上限ultrafine不行再换基组实在不行再calcall
  262.     还不灵用loose

  263. Q:
  264.     小原子用6-31g已经优化收敛了,
  265.     只是加了d之后不收敛

  266. A:
  267.     6-31G收敛了也没意义,因为结果无用

  268. Q:
  269.     Sob老师,我不太明白您说的“gdiis小步长上限ultrafine”是?

  270. A:
  271.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
  272.     http://sobereva.com/164

  273. Q:
  274.     我先试试,谢谢Sob老师

  275. A:
  276.     发现这个链接3个月内贴了23遍
  277.     SCF那个贴了25遍

  278. Q:
  279.     [表情]

  280. A:
  281.     高自引博文

  282. Q:
  283.     可以外挂一个机器人,当有人问道关键词的时候,自动回复
  284.     问到收敛,回复什么

  285. A:
  286.     自引再多就觉得不好意思了

  287. Q:
  288.     这要是一篇论文,估计就得成为最高自引文章了
  289.     Sob老师,如果用calcall的话,那么串联反应的过渡态是否都得用这个关键字?

  290. A:
  291.     没必要

  292. Q:
  293.     恩,好的

  294. A:
  295.     一年来计这博文引用约摸100次了

  296. Q:
  297.     [表情]快写成论文发表吧

  298. A:
  299.     编辑直接拒

  300. Q:
  301.     为什么呢
  302.     这么实用的东西

  303. A:
  304.     sobereva.com建立以来群里被引用662次

  305. Q:
  306.     [表情]

  307. A:
  308.     得写成八股文人家才给发

  309. ----------------------------------------------------
  310. 2015.11.25 16:43:43
  311. Q:
  312.     请问如何衡量两个分子之间的结构的相似度?我记得叠加,然后看RMS,请问什么程序可以做

  313. A:
  314.     在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
  315.     http://sobereva.com/290

  316. ----------------------------------------------------
  317. 2015.11.25 16:56:19
  318. Q:
  319.     有什么指标可以计算分子的稳定性吗? 谢谢Sob老师

  320. A:
  321.     关于稳定性参考这些帖子和回帖
  322.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
  323.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
  324.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
  325.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272

  326. ----------------------------------------------------
  327. 2015.11.25 16:57:49
  328. Q:
  329.     别的还好,写论文是最头疼的是要在introduction里把前几辈子的事都总结一遍,不写审稿的还不乐意。就这个至少占一页

  330. A:
  331.     对

  332. ----------------------------------------------------
  333. 2015.11.25 16:58:28
  334. Q:
  335.     老师明年,我从so_freq.fchk,so_opt.fchk, so_td.fchk这三个文件提取分子轨道,是不是都是一样的?

  336. A:
  337.     td和freq如果用的都是优化后的结构就是一样的

  338. Q:
  339.     so_opt.fchk这个对应的也可以认为是优化好的结构对不对?

  340. A:
  341.     y

  342. ----------------------------------------------------
  343. 2015.11.25 19:37:09
  344. Q:
  345.     金属与金属之间形成的是什么化学键
  346.     [图片]/疑问比如类似这样的配合物 两个Cr之间的化学键是什么键@冷泠
  347.       金属间多重键是什么键 共价键吗?/疑问
  348.       金属间多重键是什么键 共价键吗?[表情]

  349. A:
  350.     是

  351. ----------------------------------------------------
  352. 2015.11.25 20:16:39
  353. Q:
  354.     请问Sob,!  Q=32., MEFIT, WB, SO potential for [Rn] core, Ref 21, Ref 33.
  355.     ECP,U,60,5,3;
  356.     1; 2,1.00000000,0.00000000;
  357.     1; 2,16.41403869,536.51662778;
  358.     1; 2,9.06055606,169.54492465;
  359.     1; 2,8.83183198,142.61559837;
  360.     1; 2,7.01851629,60.39307602;
  361.     1; 2,12.80408844,-60.12998958;
  362.     1; 2,9.06055606,14.90142900;
  363.     1; 2,8.83183198,2.72712409;
  364.     1; 2,7.01851629,0.65455772;
  365.     这样的赝势在G09该如何输入
  366.     我不太明白SO potential的3应该如何与 ECP 5 60放在一起

  367. A:
  368.     高斯不支持旋轨势

  369. Q:
  370.     那就是我直接写入前5行就可以了吧,不写SO?
  371.     6行

  372. A:
  373.     直接选高斯输出格式就完了
  374.     此时只给出赝势部分

  375. ----------------------------------------------------
  376. 2015.11.25 21:02:33
  377. Q:
  378.     我想考察一个分子的光稳定性该怎么办?应该算激发态一些什么性质能表征分子稳定或者不稳定? 谢谢老师!
  379.     一个分子被光照,一开始可以发磷光,可是照一段时间以后,就不再发磷光了,也就是分子失活了。想考察为啥它不稳定了,好像只看gap不大管用
  380.     因为这个分子已经变成了其他分子,不能够再发磷光了,所以这个分子的光稳定性不好,是我表答得不清楚吗?
  381.     我说得有些歧义吧,最近这个问题一直解决不了,很苦恼,希望大家能给点建议

  382. A:
  383.     考察激发态势能面,做激发态优化、计算导致解离的激发态过渡态,或者做激发态动力学之类的

  384. Q:
  385.     可是我不知道生成了什么产物,可以做激发态的过渡态吗?
  386.     激发态动力学可以用什么软件来做?分子中包含Pt

  387. A:
  388.     慢慢折腾,猜
  389.     newtonX等等

  390. Q:
  391.     谢谢Sob老师

  392. A:
  393.     属于nontrivial的研究

  394. Q:
  395.     你是说这个研究很难?还是什么意思?
  396.     略感不懂啊。
  397.     求Sob指点
  398.     从前没有做过激发态动力学研究,我想请教一下Sob老师,分子中含有一个Pt,其他分子都是CNHO,分子数大概130,用您说的newton-X计算动力学,跑10个P秒,得多久啊?

  399. A:
  400.     一年吧

  401. Q:
  402.     /尴尬好吧,我还是放弃吧

  403. A:
  404.     违规一次,已记录
  405.     [图片]

  406. Q:
  407.     我放弃了,等它出来我就毕不了业了。

  408. A:
  409.     我按照2*8核来估算的,而且是最顺利的情况
  410.     再遇到些坎坷几年就过去了

  411. ----------------------------------------------------
  412. 2015.11.25 21:37:24
  413. Q:
  414.     各位请教个问题,绝热电离能和垂直电离能的本质区别是什么?我会求这两个值,但是这两个值分别是衡量什么的?

  415. A:
  416.     [图片]

  417. ----------------------------------------------------
  418. 2015.11.25 22:37:25
  419. Q:
  420.     请教一个问题 计算苯的nmr 用hf/def2tzvp算的话六个C以及六个H都是等价的,但是用b972/def2tzvp算C和H都有裂分 这是为什么 ,构型对称性 d6h 。

  421. A:
  422.     积分格点不满足体系对称性。用int=ultrafine或更好的格点再试

  423. Q:
  424.     dft方法是都要指定int=ultrafine吗? 是不是有些计算默认int=ultrafine?

  425. A:
  426.     没有默认的情况
  427.     默认是int=fine
  428.     觉得有必要提高时就提高

  429. Q:
  430.     哦 原来是这样 非常感谢 什么情况下需要提高格点的精度?有判断依据吗?

  431. A:
  432.     常见情况:几何优化不收敛,用明尼苏达系列泛函时想得到很可靠的数据
  433.     还有IRC走几步就停,收敛的几何结构下计算频率发现对应整体运动的频率数值不够接近0而污染了内振动
  434.     还有一些因数值因素造成的不应该出现的对称性下降、不可约表示判断不对等等
  435.     SCF不收敛也时常与此相关

  436. Q:
  437.     好详细 非常感谢 我记住了~
  438.     那只要采用m06 这类的泛函 都推荐加int=ultrafine咯?

  439. A:
  440.     没出问题时不是必须加,加了耗时增加不少
  441.     要是不差钱想省心就一直加上

  442. Q:
  443.     ····差····[表情]
  444.     不加的结果用于发表也没问题吧

  445. A:
  446.     无妨

  447. ----------------------------------------------------
  448. 2015.11.25 22:54:10
  449. Q:
  450.     抱歉,打扰了,如果我想在超算服务器上看cube轨道的图形,也就是server界面下,该装什么软件呢?(VMD就算了,感觉好复杂,我有60+个轨道需要去看,希望能快一些的)

  451. A:
  452.     multiwfn
  453.     使用Multiwfn观看分子轨道
  454.     http://sobereva.com/269

  455. Q:
  456.     Multiwfn可以装在server界面的linux下图形化显示轨道吗?

  457. A:
  458.     不晓得你说的具体是什么情况
  459.     若是纯文本终端显然不行

  460. Q:
  461.     因为一般超算中心都是纯文本终端,我有60+个cube文件,但是不想全部下载(流量费不起/流泪),所以想知道有没有什么办法能在超算终端下看看轨道形状,挑一些来下载(省流量/流泪)。

  462. A:
  463.     纯文本就注定不可能啊
  464.     也不能当成字符来显示
  465.     cube文件油水大得很,压缩完了下载没多大
  466.     也不知道你用的什么程序,如果能下载结果文件在自己机子上生成cube文件就解决了

  467. ----------------------------------------------------
  468. 2015.11.26 08:05:05
  469. Q:
  470.     使用multiwfn,如何查看键级呢

  471. A:
  472.     手册4.9节

  473. ----------------------------------------------------
  474. 2015.11.26 08:30:06
  475. Q:
  476.      老师,想用Multiwfn分析AdNDP,输入文件 # PBE1PBE/SDD pop=nboread scrf(SMD,Solvent=Generic,Read)
  477.     结构信息
  478.     空行
  479.     eps
  480.     空行
  481.     $NBO AONAO DMNAO $END
  482.     出错信息:Storage needed:    182189 in NPA,    241153 in NBO (1048574817 available)
  483.     Inconsistency:  RyDiag gets NKeep<NRydC.
  484.     怎么出现这种情况呢?

  485. A:
  486.     去了scrf再试,还不行就换基组再试

  487. Q:
  488.     好的,谢谢
  489.     另外,sob老师,溶剂对AdNDP的结果有影响么?

  490. A:
  491.     不会有多大影响

  492. ----------------------------------------------------
  493. 2015.11.26 08:39:32
  494. Q:
  495.     咨询一下,如果我计算了一个发光波长是500nm,他是什么颜色光?我看了两个分类:[图片]和[图片]。应该是哪个?谢谢

  496. A:
  497.     [图片]
  498.     主观性很强

  499. ----------------------------------------------------
  500. 2015.11.26 08:41:18
  501. Q:
  502.     那我写文章的时候,怎么说?是blue还是green?还是blue-green?谢谢老师

  503. A:
  504.     green

  505. ----------------------------------------------------
  506. 2015.11.26 08:57:31
  507. Q:
  508.     老师,去了scrf没有解决但是换了方法def2tzvp就解决了,可是其他计算都是在sdd基组上做的,怎么办呢?一系列化合物分别含有La,Y,Lu,Er

  509. A:
  510.     要严谨就都换
  511.     要么用更新版本的NBO
  512.     基组对结果影响不会有多大

  513. ----------------------------------------------------
  514. 2015.11.26 08:58:37
  515. Q:
  516.     那def2tzvp基组适合这几个稀土元素么?

  517. A:
  518.     适合
  519.     记错了,def2对稀土没有定义

  520. ----------------------------------------------------
  521. 2015.11.26 09:11:07
  522. Q:
  523.     sob老师,如果想要对比激发态的几何构型与基态几何构型的差别,是不是激发态优化的方法要和基态的一致?还是应该选择做光谱的方法来优化激发态呢,谢谢老师

  524. A:
  525.     基态用张三泛函,激发态就用张三泛函加上TD优化。对于三重态用0 3直接优化

  526. ----------------------------------------------------
  527. 2015.11.26 09:43:50
  528. Q:
  529.     弱问一下,大家见过的最长的键长是多少的? 包括非正常情况下的键长(比如激发态、离子态等)。
  530.     弱问一下,大家见过的最长的键长是多少的(前100号元素)? 包括非正常情况下的键长(比如激发态、离子态等)。

  531. A:
  532.     Li2+是3.05埃,算是挺长的了

  533. Q:
  534.     前100号原子之间, 随意两原子, 最长的键长
  535.     我整了个 4.6 埃的
  536.     比如计算一下K2分子,或Rb2分子,看看键能弱到什么程度,键长大约多少

  537. A:
  538.     Cs2+优化了一下,是5.44埃

  539. ----------------------------------------------------
  540. 2015.11.26 09:52:18
  541. Q:
  542.     在做CDA分析时 ,使用.fch文件作为输入文件时,我看手册上是这么写的[图片][图片].我想请问,化合物和片段的输入文件是否还要将IOp(3/32=2)也删掉?

  543. A:
  544.     因为手册里已写明了不要用弥散函数,所以此时3/32=2没用。因为不用弥散函数时不会有线性依赖问题。
  545.     以前手册里是写不建议用弥散函数,现在写明了,不要用

  546. ----------------------------------------------------
  547. 2015.11.26 09:55:42
  548. Q:
  549.     那pop=full在化合物和片段的输入文件里都要删掉了是吧?

  550. A:
  551.     不用删,根本就不影响fch

  552. ----------------------------------------------------
  553. 2015.11.26 10:03:09
  554. Q:
  555.     [图片]
  556.     这种颜色渐变的图 用什么软件画?

  557. A:
  558.     sigmaplot

  559. ----------------------------------------------------
  560. 2015.11.26 10:37:34
  561. Q:
  562.     [图片]

  563. A:
  564.     王司徒

  565. ----------------------------------------------------
  566. 2015.11.26 10:41:34
  567. Q:
  568.     请教sob老师 gaussian中加入点电荷之后还能算解析导数和解析二阶导吗?

  569. A:
  570.     能

  571. ----------------------------------------------------
  572. 2015.11.26 10:58:12
  573. Q:
  574.     请问高斯优化的置信半径和最大步长有什么关系呢

  575. A:
  576.     置信半径就是最大允许的步长

  577. ----------------------------------------------------
  578. 2015.11.26 10:59:00
  579. Q:
  580.     有的cpu虽然可以放入双路的主板 但是本身不能双路并行

  581. A:
  582.     单路、双路、四路、八路型号都不一样,价格差很多

  583. ----------------------------------------------------
  584. 2015.11.26 11:07:55
  585. Q:
  586.     E5640 这个怎么样O。O

  587. A:
  588.     太老了

  589. ----------------------------------------------------
  590. 2015.11.26 11:12:44
  591. Q:
  592.     请问,如果计算离子液体,每一部分离子还需要专门赋予电荷吗?还是作为一个整体计算?

  593. A:
  594.     量化计算时当整体算。

  595. ----------------------------------------------------
  596. 2015.11.26 13:15:18
  597. Q:
  598.     老婆说明书
  599.     药品使用说明书:
  600.     【品名】民间俗称老婆,正式场合可称妻子或内人;现亦叫达令。
  601.     【化学名称】woman
  602.     【成分】水、血液和脂肪类碳水化合物,气味幽香。
  603.     【理化性质】性质活泼,根据情况可分为一价(嫁)、二价(嫁)、三价(嫁)。。。。n价(嫁)。易溶于蜜语、甜言;在真情、钻石,金钱、豪宅的催化下熔点降低。难溶于白丁
  604.     【性状】本品为可乐状的凹凸物,表面光洁,涂有各种化妆品、对钻石、铂金有强烈的亲和力;羞涩时产生红移现象;生气产生蓝移(绿移),本品随时间推移产生黄移,形状
  605.     会有所改变,但不影响继续使用。
  606.     【功能主治】
  607.     主治单身恐惧症顽疾,对失恋和相思病也有明显效果。
  608.     【用法用量】建议一生一片。
  609.     【注意事项】本品仅适用于单身之成年男性。服用时需小心谨慎,如药品导致使用者出现耳朵变软(钯耳朵)、惧内、气管炎等现象,则必须马上找相关专业医师咨询,并在医生指导下使用;没有则可继续使用。多吃有致命的过敏反应,吃2种以上即导致不良的相互作用!
  610.     【规格】通常为45千克至65千克,如出现特殊超重情况,请男人加强锻炼或找健康医生处理。
  611.     【贮藏】常温下妥善保存
  612.     ,室内通风处最佳;如在室外,则需避免女性、帅哥成群处。使用期间,尤忌本品夜不归宿
  613.     老公说明书
  614.     男人,是上帝生产的一种让女人既恨、又爱的产品,可以给女士的生活提供一个舒适的环境和保障,是您居家过日子之最佳选择。
  615.     一、产品特点:
  616.     男人外表粗狂、内心温存,体积适中,款式雅致,能与室内装饰融为一体。体内装配功能强大、结构紧凑,能承受巨大的生活负担和生活压力。其关键部分设计精妙、收缩自如,工作 平稳、效率高、可重复使用、使用寿命长。
  617.     二、主要性能及参数:
  618.     平均长度:170-180cm
  619.     ,平均净重:60-80kg;
  620.     使用环境:大于0摄氏度、小于43摄氏度;
  621.     本产品通过了ISO9000认证,是中国先进的性生产力的代表、中国先进的性文化的代表、中国最广大漂亮mm根本利益的忠实代表。
  622.     三、 安装、使用:
  623.     1、本产品应安装在避免阳光直射之处(因为男人不用“小护士”、也不打伞遮阳),一般安装于温柔贤惠的美人身旁为佳;
  624.     2、本产品的安装应远离轻浮的女孩;严禁上露乳沟、下露肚脐的女性在本产品面前晃悠,否则,将对本产品的关键部分造成意想不到的损害。
  625.     3、安装时用感情、理解、信赖
  626.     做固定,后面用结婚证垫好并加固;
  627.     4、安装以及使用时,注意保护男人的面子,如有损坏,应立即修复。
  628.     5、不许在本产品名称前面加“臭”字,因为据科学家的统计,患有脚气、狐臭的女人和狐狸等动物远远多于男人。
  629.     6、本产品在温饱以后性能最佳,因此要坚决保证其一日三餐的定时供给。
  630.     7、上帝造人的时候,给本产品安装了“好色驱动程序”、“关键部位快速反应、延长程序”,因此,不得以好色为理由对本产品进行性别歧视。要知道,老虎吃肉并不意味着残忍、牛羊吃草也不意味着道德高尚;这
  631.     是生理结构决定的、是上帝创造生命时设计好的。同样,男人好色也是如此,这也是没有办法的事情。
  632.     8、为了答谢广大消费者的支持和厚爱,每件产品免费赠送吃、喝、嫖、赌、抽系统软件一套。
  633.     9、本产品使用了绿色环保技术,可大限度地节约资源。包括:不洗澡、不洗衣服,晚上不刷牙、早晨不洗脸。
  634.     10、请爱惜使用本产品,不得以任何理由强迫其逛街购物。
  635.     11、当本产品对其他女性感兴趣时,严禁任何人跟踪、查手机、逼供和打击报复。
  636.     四、 注意事项:
  637.     1、 本产品使用范围应在国内,便于维护;
  638.     2、为保证本产品忠实地为您服务,请仔细阅读“男人使用说明书”;
  639.     3、凡用户在遵守产品说明书中所述的各项条件下,自销售之日起一年内,因制造质量、宣传失真引起的任何损坏,或者不能正常运行时,均由上帝负责免费调解,经调解无效的给予调换;
  640.     4、如果用户不按照说明书中规定的条件使用,或因外界条件、不可抗力因素等造成的损坏,上帝也可负责修理,但用户要付出一定的代价;
  641.     5、由于本产品故障而引起的其他经济损失,上帝不负赔偿责任,重要用户应准备适量的备用产品,以备应急使用;凡对本产品感兴趣之女士,请速拨打上帝的秘书格友联系电话,或者通过传真、email取得联系,预购从速!商品紧俏,数量有限,过时不候
  642.     ;
  643.     2、为保证本产品忠实地为您服务,请仔细阅读“男人使用说明书”;
  644.     3、凡用户在遵守产品说明书中所述的各项条件下,自销售之日起一年内,因制造质量、宣传失真引起的任何损坏,或者不能正常运行时,均由上帝负责免费调解,经调解无效的给予调换;
  645.     4、如果用户不按照说明书中规定的条件使用,或因外界条件、不可抗力因素等造成的损坏,上帝也可负责修理,但用户要付出一定的代价;
  646.     5、由于本产品故障而引起的其他经济损失,上帝不负赔偿责任,重要用户应准备适量的备用产品,以备应急使
  647.     用;凡对本产品感兴趣之女士,请速拨打上帝的秘书格友联系电话,或者通过传真、email取得联系,预购从速!商品紧俏,数量有限,过时不候
  648.     太有才了!

  649. A:
  650.     不要在工作日白天在群里发这种信息

  651. Q:
  652.     不好意思!

  653. ----------------------------------------------------
  654. 2015.11.26 13:17:20
  655. Q:
  656.     求教
  657.     vmd的tcl中要怎么实现
  658.     atomselect top  $sel and within $in of $sel2
  659.     这种语句?
  660.     好像top后面只能接一个字符串

  661. A:
  662.     加双引号括住那部分

  663. ----------------------------------------------------
  664. 2015.11.26 15:00:20
  665. Q:
  666.     请问gaussian算的红外的数据,通过multiwfn乘上矫正因子后,怎么导出这部分的数据呢?

  667. A:
  668.      选项-1

  669. ----------------------------------------------------
  670. 2015.11.26 15:00:42
  671. Q:
  672.     [图片]请问,这个静电势最大值和最小值如何得到

  673. A:
  674.      St?tile 使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
  675.     http://sobereva.com/159

  676. ----------------------------------------------------
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发表于 Post on 2015-12-1 20:54:34 | 只看该作者 Only view this author
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-1 23:09:36 | 只看该作者 Only view this author

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