模型优化好了,吸附不知道怎么弄。。

lc00 · 发表于 Post on 2015-12-2 11:14:11

小弟用建模工具Medea，建立了MoS2表面模型，Medea默认的是上下都有真空层，实际计算中把红色框中的原子固定住。现在结构优化已经做好了。接下来在弛豫的一端吸附噻吩，不知道这个模型需不需要考虑偶极修正。具体的偶极修正怎么设置呢？求大神指导。。

jiewei · 发表于 Post on 2015-12-3 14:43:31

Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

lc00 · 发表于 Post on 2015-12-3 14:51:32

jiewei 发表于 2015-12-3 14:43
Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

谢谢大哥。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-12-3 15:19:30

lc00 发表于 2015-12-3 14:51
谢谢大哥。

你的MedeA是否是单个电脑固定使用一个软件？？

曹波波 · 发表于 Post on 2015-12-5 18:09:06

你好，我也再在算MoS2能否加个qq（343976290），方便交流谢谢

lc00 · 发表于 Post on 2015-12-20 13:12:22

jiewei 发表于 2015-12-3 14:43
Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

吸附过程，30核，算了大概12天。吸附过程的力收敛标准是0.02，能量标准是10-5，具体怎么分步才能让吸附算的稍微快一点呢。

jiewei · 发表于 Post on 2015-12-22 15:44:40

lc00 发表于 2015-12-20 13:12
吸附过程，30核，算了大概12天。吸附过程的力收敛标准是0.02，能量标准是10-5，具体怎么分步才能让 ...

这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应该是你建模有问题。
你的体系不是特别大，照理应该不会算这么久。让这个优化过程变快的最有效的方法就是建好模型。

lc00 · 发表于 Post on 2015-12-22 18:41:35

jiewei 发表于 2015-12-22 15:44
这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应 ...

应该是初始的分子位置没有放太好。。

lc00 · 发表于 Post on 2015-12-30 12:45:53

jiewei 发表于 2015-12-22 15:44
这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应 ...

大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正常呢。

jiewei · 发表于 Post on 2015-12-31 09:11:26

lc00 发表于 2015-12-30 12:45
大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正 ...

算了多少步？如果是步数比较多这个是正常的。因为你弛豫的原子有点多。

lc00 · 发表于 Post on 2016-1-1 09:47:25

jiewei 发表于 2015-12-31 09:11
算了多少步？如果是步数比较多这个是正常的。因为你弛豫的原子有点多。

离子步跑了52步。

晨曦 · 发表于 Post on 2016-10-11 18:03:09

lc00 发表于 2015-12-30 12:45
大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正 ...

我觉得这个结构在优化结构时，就是很费时间。你的k点你觉得小不小?

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[VASP] 模型优化好了,吸附不知道怎么弄。。