求助金底板上修饰SAMs层的体系gromacs控压问题

wenshang956 · 发表于 Post on 2021-5-1 19:40:59

构建了一个金底板上修饰SAMs层的体系，当加入蛋白进行npt平衡时，发现随着时间变化，Z轴box不断拉长，请问这是什么原因？mdp参数如附件所示，金底板冻住，只在z轴方向拉伸盒子！

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-1 23:26:45

EnerPres明显不适合带真空区的体系，去掉
半各项同性控压应当把Z方向可压缩系数设成0，估计你设反了
控压的时候不建议和冻结一起用。建议改成通过位置限制来固定

wenshang956 · 发表于 Post on 2021-5-2 02:53:52

sob老师，我上面可能没有说清楚：首先，这个体系本来设置的是充满溶剂的体系，真空是因为npt平衡过程中盒子不断拉长导致的；另外，作为一个周期性的金底板体系，我如果要控压时，为了保证晶格间距不变和体系完整性，不应该只设置z方向可压缩吗？鉴于上述问题，只是把把冻结改为位置限制，好像不太能够解决上面问题吧！

我现在考虑是不是建模时，SAMs链间密度过大导致无法达到参考压力（目前正在测试），但是之前看到有的文献中，密度要比我的体系还高，所以想问一下：是不是可以在npt模拟时，将SAMs链限制住，然后在md模拟时再解除限制？以及这样做的合理性如何？

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-5-5 21:14:15

wenshang956 发表于 2021-5-2 02:53
sob老师，我上面可能没有说清楚：首先，这个体系本来设置的是充满溶剂的体系，真空是因为npt平衡过程中盒子 ...

同学，能请教一下SAM是怎么建的吗

aweqar · 发表于 Post on 2022-5-6 21:32:45

行行真的行发表于 2022-5-5 21:14
同学，能请教一下SAM是怎么建的吗

对单个分子做平移复制就行了，可以写一个tcl脚本

行行真的行 · 发表于 Post on 2022-5-9 20:32:27

aweqar 发表于 2022-5-6 21:32
对单个分子做平移复制就行了，可以写一个tcl脚本

金原子层也是这样吗？然后在上面放置整齐的单分子链吗？

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[GROMACS] 求助金底板上修饰SAMs层的体系gromacs控压问题

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