公社群聊Q&A整理：2015.12.01 14 ~ 2015.12.02 18

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-3 21:48:17

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.12.01 14:24:05
Q:
老师，[图片]这里的轨道序号和当初输入文件选定的活性空间轨道序号一致吗？
A:
是
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2015.12.01 14:41:51
Q:
老师，我的体系一直使用的是B3LYP/3-21G进行优化，但有一个结构不收敛却在6-311G条件下收敛，结构太多，不想全部从头再优化一遍。我可以把6-311G优化后的坐标再放到3-21G优化后作为我的最终结果吗？@Sobereva
A:
既然6-311G能优化得动，干吗不用6-31G*？
3-21G即便都算完了，到时候也会被喷
----------------------------------------------------
2015.12.01 14:43:23
Q:
下次开班什么时候
A:
待定
----------------------------------------------------
2015.12.01 14:48:54
Q:
sob老师，t-index在X Y Z三个方向上都是负的，但norm输出是正的，这对吗？文献里就只用norm的值判定，您手册里提到三个方向都是负值说明重叠的严重，是不是得具体用三个方向的来判断呢
A:
模当然只可能是正的
原文只考虑了单一方向的CT，Multiwfn考虑得更多，三个方向都给了
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2015.12.01 15:08:53
Q:
老师好，请问，高斯09里的amber力场文件是这2个吗？
[图片]
A:
图裂了
Q:
怎么样才能把高斯里的amber力场替换成最新版的？
A:
自己按高斯的格式写参数文件，然后引用
Q:
完了，高斯自己的格式完全不懂。
哪位有写好的，支持我一份。
A:
看手册forcefield部分的介绍
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:12:35
Q:
请问Sob老师mdp文件里为什么还要定义水模型define = -DFLEXIBLE ; use Ferguson's Flexible water model，top文件里不是已经包括水模型了么
A:
不是定义水模型，而是使用水模型中的柔性设定，而非默认的刚性设定。打开水的itp文件就知道了。
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:15:32
Q:
sob老师，我还不太明白您昨天和我说的这句话，“最后剩下两个电子，实际上就是B-C-C-B的两个单占据反键轨道的那两个单电子，四中心搜索时候这两个轨道占据数都是精确的1.0。文中可以提一下。”这个1您是从哪里看到的，如果我把阈值设成1，是不是可以搜索出来呢？
A:
阈值设为小于1.0，到时候就能搜出来
Q:
那我的过程应该是怎么样的呢，先搜索两中心的，然后退出程序，再设定阈值，还是直接可以设置在程序里继续设置阈值？
A:
两中心搜完用这个
4 Set occupation threshold in the next exhaustive search
设个<1.0的数
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:15:48
Q:
高斯能不能调用外部的最新版amber ?
@Sobereva
A:
没法直接调用
Q:
又是个坑
哪怎么间接调用？
A:
Sobereva(190258442) 15:13:00
自己按高斯的格式写参数文件，然后引用
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:19:53
Q:
太好了，谢谢sob老师，我是不是可以这样解释那两个单电子？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:38:05
Q:
[图片] CASSCF满64次迭代了。。还差一点到阈值。。唉。。die了
各位老师 MaxIt里好像没改改的吗？
A:
IOp(5/7=x)设MCSCF最多迭代x次
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2015.12.01 15:39:48
Q:
求教，VMD里载入gro是正常的，再载入trr之后总是error reading timestep，file does not match format，是我文件算的不对么
A:
文件有毛病
----------------------------------------------------
2015.12.01 15:48:54
Q:
sob老师，我怎么把这两个轨道取出来呢[图片]
A:
取，然后输入编号
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:05:27
Q:
请问：网上说介电常数一般的设置静电借点常熟就行了。不算激发态，或者TDDFT就不用设置动态静态常数。这个是这样吗？
后面是动态介电常数
A:
前头都写着啊
Sobereva(190258442) 12:27:56
还有些任务，诸如含频极化率，epsinf也影响结果
Sobereva(190258442) 12:00:45
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:20:23
Q:
vmd 中，怎么将3个原子弄到xy平面？
index 为 1 2 11
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
看方法2
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:33:01
Q:
想请教一下想要比较两个弱酸根离子结合氢离子的能力强弱，通过计算结合能的方法可行吗，就是用中性分子的能量减去酸根离子和氢离子的能量？
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:36:25
Q:
不能完全在xy面上啊
有些偏移
这对吗？
A:
视角问题
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:45:46
Q:
sob老师，做轨道分析的时候这个阈值可以设置吗，如果去除了一些更小的，其它的是否还是归一化的[图片]
A:
settings.ini里设compthres
不是去除，而是控制是否显示
Q:
嗯嗯，那其它剩下的加起来也不是百分之百，对吧，老师
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:48:05
Q:
请教各位老师，mdun能量最小化结果显示经历了6000+步，但是trr文件只有300+K是轨迹保存有问题吗，要怎么解决
A:
和保存频率设定有关
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:56:50
Q:
谢谢老师，是用nstxout和dt设定是吗？但是我查到的教程上说dt只用于md不用于em是什么意思
A:
跟dt没关系。nstxout控制trr输出频率
----------------------------------------------------
2015.12.01 16:58:31
Q:
账号主目录路径为 /gpsfTMP/chem/lili/ , 另外还有一个可用目录为 /gpfsDATA/chem/lili/ 我的文件默认是第一个路径，怎么移到第二个路径呢，怎么cp sob老师
A:
把绝对路径写全就完了
Q:
[lili ~]$ cp chw /gpfsTMP/chem/lili/ /gpfsDATA/chem/lili/
这样写不对吗
chw是文件名字
A:
cp /gpfsTMP/chem/lili/chw /gpfsDATA/chem/lili/chw
----------------------------------------------------
2015.12.01 17:18:46
Q:
谁有gromas的安装包
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.01 17:23:38
Q:
用pop=nboread ...plot file 计算，
分子轨道系数在哪能找到？
之前算过，忘了
A:
NBO plto文件搞什么MO
要看MO系数pop=full
Q:
我搞错了，应该用NAOMO吧
A:
这是NAO组合成MO的系数
Q:
我想计算homo和lomo中分子中双键两个原子的轨道系数，naomo行吗？
A:
可
Q:
alignplane 1 2 11 后，z轴与 1 2 11 不是垂直的啊
我再试试，不行就截个图给老师看看，谢谢老师
A:
[图片]
还怎么垂直？
都说了，用正交视角
----------------------------------------------------
2015.12.01 17:37:00
Q:
[图片]咨询一下，这两个分子化学上称呼？或者通过什么网站或者软件能给他命名？谢谢
A:
chemdraw就能命名
----------------------------------------------------
2015.12.01 17:41:09
Q:
分子中的数字是 vmd 用的index 吗？
A:
序号
serial
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
Q:
我调过后是这样的
[图片]
1 2 11在一个平面
序号和index是相同的
A:
serial=index+1
----------------------------------------------------
2015.12.01 18:55:47
Q:
[图片]请教一下，图中的V、B 的S、P轨道分波态密度是根据单个V、B原子的计算结果来画图的还是根据VB2分子的计算输出作图的？
A:
后者
Q:
但是后者的输出结果中好像不存在V、B单个原子的轨道布居数数据啊/委屈
A:
计算V、B的轨道成份再展宽就完了。
如果你这里说的VB2是分子体系，用Multiwfn绘制，看手册4.10节的例子。原理在3.12节讲得很清楚。
----------------------------------------------------
2015.12.01 19:20:03
Q:
求教gromacs mdrun之后有一堆pdb是怎么回事[图片]
A:
模拟失败时候留下的，以便用户自行检查因何失败
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:11:16
Q:
请问把 ev和nm 单位的文本怎么转换成cm^-1和km/mol为单位啊？
A:
km/mol是红外强度单位，和这不是一码事
1eV=96.485354KJ/mol=23.058731765kcal/mol=1.602176462E-19J=8065.5447cm^-1
(1240.7011/n)eV n是nm数
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:19:08
Q:
用dalton跑吸收光谱遇到这个问题应该怎么解决呢？谢谢[图片]
A:
用各种辅助收敛的选项，或者换初猜、关闭DIIS、尝试换基组等等
Q:
sob老师，您说的那些我都不太懂，有没有相关的文献或者是帖子？麻烦您了
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:28:08
Q:
再请教下老师，VMD里能实现不显示水溶剂只显示溶质吗
好像有只显示蛋白质的命令，但是我的溶质不是蛋白质
A:
all not waters
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:29:18
Q:
/抱拳各位大神有没有能从百度文库下载的
World [表情]你有币吗我就下一篇
A:
用冰点之类的下载
绝对不能给百度之流送钱
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:31:54
Q:
老师，要是想要显示的是某个残基附近6埃距离呢？该怎么输？
A:
within 6 of resid xxx
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:42:04
Q:
[图片]我做出的静电势图为什么是这样的，调point的话，就透明了，为什么呢??
@Sobereva
A:
point时透明是显示芯片或驱动的事，换机子再试
Q:
哦，正常，应该是用point显示的吧？？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:49:25
Q:
sob老师，这是我重复博文例子算的键级[图片]帖子中的大了十倍[图片]1.22
A:
图是哪看的？
看最新版的博文
http://sobereva.com/138
----------------------------------------------------
2015.12.01 21:50:53
Q:
请教各位，想在Gauss里面做rigid scan, 在command line输入scan,在z matrix 末尾输入想要扫描的角度已经定义step，，，我的输入好像有问题
%chk=npropanol_t_t_mp2_augccpvtz_x_scan.chk
%mem=24GB
#p mp2/aug-cc-pvtz scan scf=(novaracc, maxcycle=200)
npropanol_trans_trans conformer for rigid scan at mp2/aug-cc-pVYZ level and prepare for tinker job
0 1
c
c 1 cc2
c 2 cc3 1 ccc3
o 3 oc4 2 occ4 1 dih4
h 1 hc5 2 hcc5 3 dih5
h 1 hc6 2 hcc6 3 dih6
h 1 hc7 2 hcc7 3 dih7
h 2 hc8 3 hcc8 4 dih8
h 2 hc9 3 hcc9 4 dih9
h 3 hc10 2 hcc10 1 dih10
h 3 hc11 2 hcc11 1 dih11
h 4 ho12 3 hoc12 2 dih12
cc2 1.522001
cc3
%chk=npropanol_t_t_mp2_augccpvtz_x_scan.chk
%mem=24GB
#p mp2/aug-cc-pvtz scan scf=(novaracc, maxcycle=200)
npropanol_trans_trans conformer for rigid scan at mp2/aug-cc-pVYZ level and prepare for tinker job
0 1
c
c 1 cc2
c 2 cc3 1 ccc3
o 3 oc4 2 occ4 1 dih4
h 1 hc5 2 hcc5 3 dih5
h 1 hc6 2 hcc6 3 dih6
h 1 hc7 2 hcc7 3 dih7
h 2 hc8 3 hcc8 4 dih8
h 2 hc9 3 hcc9 4 dih9
h 3 hc10 2 hcc10 1 dih10
h 3 hc11 2 hcc11 1 dih11
h 4 ho12 3 hoc12 2 dih12
cc2 1.522001
cc3 1.512000
ccc3 111.650
oc4 1.422000
occ4 108.000
dih4 180.000
hc5 1.093300
hcc5 110.490
dih5 55.829
hc6 1.094051
hcc6 111.517
dih6 176.477
hc7 1.095768
hcc7 110.928
dih7 -63.328
hc8 1.099799
hcc8 109.107
dih8 -57.854
hc9 1.097739
hcc9 108.805
dih9 57.356
hc10 1.101530
hcc10 111.413
dih10 55.977
hc11 1.096317
hcc11 111.146
dih11 -63.412
ho12 0.961001
hoc12 107.820
dih12 180.000
dih12 180.000 12 30.000
1.512000
ccc3 111.650
oc4 1.422000
occ4 108.000
dih4 180.000
hc5 1.093300
hcc5 110.490
dih5 55.829
hc6 1.094051
hcc6 111.517
dih6 176.477
hc7 1.095768
hcc7 110.928
dih7 -63.328
hc8 1.099799
hcc8 109.107
dih8 -57.854
hc9 1.097739
hcc9 108.805
dih9 57.356
hc10 1.101530
hcc10 111.413
dih10 55.977
hc11 1.096317
hcc11 111.146
dih11 -63.412
ho12 0.961001
hoc12 107.820
dih12 180.000
dih12 180.000 12 30.000
有人帮我看看我的input file吗？谢谢啦
%chk=npropanol_t_t_mp2_augccpvtz_x_scan.chk
%mem=24GB
#p mp2/aug-cc-pvtz scan scf=(novaracc, maxcycle=200)
npropanol_trans_trans conformer for rigid scan at mp2/aug-cc-pVYZ level and prepare for tinker job
0 1
c
c 1 cc2
c 2 cc3 1 ccc3
o 3 oc4 2 occ4 1 dih4
h 1 hc5 2 hcc5 3 dih5
h 1 hc6 2 hcc6 3 dih6
h 1 hc7 2 hcc7 3 dih7
h 2 hc8 3 hcc8 4 dih8
h 2 hc9 3 hcc9 4 dih9
h 3 hc10 2 hcc10 1 dih10
h 3 hc11 2 hcc11 1 dih11
h 4 ho12 3 hoc12 2 dih12
cc2 1.522001
cc3
%chk=npropanol_t_t_mp2_augccpvtz_x_scan.chk
%mem=24GB
#p mp2/aug-cc-pvtz scan scf=(novaracc, maxcycle=200)
npropanol_trans_trans conformer for rigid scan at mp2/aug-cc-pVYZ level and prepare for tinker job
0 1
c
c 1 cc2
c 2 cc3 1 ccc3
o 3 oc4 2 occ4 1 dih4
h 1 hc5 2 hcc5 3 dih5
h 1 hc6 2 hcc6 3 dih6
h 1 hc7 2 hcc7 3 dih7
h 2 hc8 3 hcc8 4 dih8
h 2 hc9 3 hcc9 4 dih9
h 3 hc10 2 hcc10 1 dih10
h 3 hc11 2 hcc11 1 dih11
h 4 ho12 3 hoc12 2 dih12
cc2 1.522001
cc3 1.512000
ccc3 111.650
oc4 1.422000
occ4 108.000
dih4 180.000
hc5 1.093300
hcc5 110.490
dih5 55.829
hc6 1.094051
hcc6 111.517
dih6 176.477
hc7 1.095768
hcc7 110.928
dih7 -63.328
hc8 1.099799
hcc8 109.107
dih8 -57.854
hc9 1.097739
hcc9 108.805
dih9 57.356
hc10 1.101530
hcc10 111.413
dih10 55.977
hc11 1.096317
hcc11 111.146
dih11 -63.412
ho12 0.961001
hoc12 107.820
dih12 180.000
dih12 180.000 12 30.000
1.512000
ccc3 111.650
oc4 1.422000
occ4 108.000
dih4 180.000
hc5 1.093300
hcc5 110.490
dih5 55.829
hc6 1.094051
hcc6 111.517
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hc7 1.095768
hcc7 110.928
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hc8 1.099799
hcc8 109.107
dih8 -57.854
hc9 1.097739
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hcc10 111.413
dih10 55.977
hc11 1.096317
hcc11 111.146
dih11 -63.412
ho12 0.961001
hoc12 107.820
dih12 180.000
dih12 180.000 12 30.000
我运行rigid scan出现错误，你能帮我看看嘛，我找不到问题
A:
别留空行
dih12写了两遍
----------------------------------------------------
2015.12.01 22:02:35
Q:
用RI加速时要加额外基组，/C和/J有什么区别吗
A:
这里有详细说明
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2015.12.01 22:11:19
Q:
sob老师，得到四中心的键级是负值[图片]
A:
什么基组？
Q:
aug-cc-pvdz
A:
别老用弥散函数
对你的体系用弥散函数本身就是没意义的
Mayer、多中心键级计算更是不能有弥散函数
Q:
老师，您有博文讲弥散函数的吗，还有如何选择合适的方法和基组？
A:
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
乱用弥散函数的人，比起该用弥散函数却没用的人，要多得多
----------------------------------------------------
2015.12.01 22:17:01
Q:
那如果算键级的时候习惯性不加弥散应该不会有坏的影响吧？
问题是不加不放心
A:
没有丝毫坏影响
干不同的事，用不同的基组
Q:
放心不放心倒是另外一回事，不过有点审稿人嘴巴也很jian
A:
胡来的意见驳回就完了
Q:
没事找事，就在基组或者方法上找问题
A:
给编辑打小报告
要么改投
Q:
其实就是半死不活最不爽，让你用大基组，或者莫
MP2之类的方法试试
A:
非要让弄MP2就用ORCA跑RI-双杂化
不能白糟蹋计算量
----------------------------------------------------
2015.12.01 22:29:59
Q:
AIM和RDG如果计算电子密度时，对基组考虑相对论效应但完全不加弥散函数，也问题不大吧？
A:
考察电子密度相关的性质不需要弥散函数
----------------------------------------------------
2015.12.01 22:31:15
Q:
有一次有个审稿人说我的方向是dead end，我直接批判了他一通，然后换了个杂志发表。
遇见不懂的审稿人就不能客气
A:
+1
----------------------------------------------------
2015.12.02 11:56:19
Q:
Sob老师：请问计算Freq时，在gaussian 的log文件中给出的Vibrational temperatrues和计算的频率是一一对应吗？它的物理意义是什么？[图片]
A:
[图片]
振动温度相当于写成RT=hv，因此可以说当温度到达T时，振动激发能正好是RT，也即是说到了这个温度时，这个最低振动模式有很大比例会被激发到第一振动激发态上
----------------------------------------------------
2015.12.02 12:03:27
Q:
是不是可以这样理解，在没有达到这个温度时，这个振动频率不会被激发！
就是要起振时的最低温度？？
A:
否。
仅是个比例问题
只要是>0K，总有分子会处在振动激发态上，根据玻尔兹曼分布来计算比例
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
----------------------------------------------------
2015.12.02 12:14:20
Q:
问一句英语表述：用Multiwfn3.3.8对log文件的UV线状谱做数据读取处理后得到UV-spectra Curve图。The oscillator strength of the UV spetra is calcuated by Gaussian 09, and data of the oscillator strength were further broadened(scaled/emulated??) by Multiwfn 3.3.8[Lu Tian, Chen Feiwu. DOI:10.1002/jcc.22885] to obtain the curve of the UV spectra.
A:
好多拼错
spetra
calcuated
Q:
后边的spetra calcuated 加在哪里，那三个单词broadened (scaled/emulated??) 用哪个比较合适？
A:
spetra calcuated 拼错啦！
The oscillator strengths and transition energies were calculated by Gaussian 09; based on these data, Multiwfn 3.3.8 [Lu Tian, Chen Feiwu. DOI:10.1002/jcc.22885] was employed to simulate the curve of the UV spectra.
----------------------------------------------------
2015.12.02 12:20:34
Q:
问下，优化的结构是0K下的吗，零点校正能是校正的273.15K下的能量吧
我记得优化和温度没关系
A:
否。错
优化根本和温度没关系！既不是0K也不是常温
Q:
我查到的都是提示在一些英文原版上，，我又拿不到英文原本。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.02 12:23:00
Q:
频率计算零点校正是把计算273.15下的能量校正到零点的能量，对吧
A:
否！
你先搞懂振动零点能是什么含义
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2015.12.02 12:26:36
Q:
sob:用openmpi编译gamess会不会出现下面这种错误：DDI Process 0: semget return an error.
semget errno=ENOSPC -- check system limit for sysv semaphores.
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
A:
不知道
没事就别用MPI，用socket，省事得多
Q:
输入文件内存也合理啊 $SYSTEM TIMLIM=525600 MEMDDI=300 MWORDS=500 $END
但是会出现上面这种错误，不能提交
A:
check system limit for sysv semaphores这句话放google里一搜也能找到答案
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2015.12.02 12:36:46
Q:
[图片] 老师，请问这个DeltaE是参考单点能最低的构象1计算的吗？
A:
对于构象问题，这里的E是指自由能
Q:
[图片] 就是这个log文件里的吉布斯自由能对吧？我还看到有人用的total energy[图片]
A:
那文章一看就是外行，用能量绝对数值，而且小数位数保留那么多
图省事就取箭头里那个值
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2015.12.02 13:17:10
Q:
sob老师有没有保留有效数字的一般准则呢？
A:
a.u.一般保留5位
kcal/mol或kJ/mol一般保留一或两位
eV建议保留两位
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2015.12.02 13:57:58
Q:
sob老师，一月份的培训定了吗？
那？我记得好像是一月份啊
A:
预计5月
Q:
感觉太晚了
A:
培训时间不可能对于每个人时间都恰好
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2015.12.02 14:03:29
Q:
sob老师，可以解释下DOS图是什么意思吗，可以说明什么吗
A:
DOS图随便网上一搜就能找到很多信息
衡量不同能量位置上能态的密度。或者说相应能量位置上，单位能量区间内态的数目
哪个能量区域能态密集哪里曲线就高
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2015.12.02 14:11:06
Q:
培训地点在哪儿？
A:
帝都
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2015.12.02 14:14:16
Q:
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO 老师，请问这种错误真的是磁盘空间问题吗？
A:
很有可能
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2015.12.02 14:17:27
Q:
[图片] 老师您看这是我的输入是我分配的太多了吗
A:
信息量不够，输出文件从后往前看仔细琢磨
给氢加弥散无意义
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2015.12.02 14:21:10
Q:
老师这个图是怎么画的呢[图片]
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
里面有说明
手册4.11.2节也有说明
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2015.12.02 14:27:19
Q:
请问Multiwfn需要购买吗？
A:
[图片]
Q:
百度了，没查到[表情]
A:
根本就没查！
multiwfn.codeplex.com
什么都在上面
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
[图片]用了几分钟找历史记录，我只想说明我真的去尝试找了，并不是不愿自己动手。多谢 [表情]
A:
用google不要用百度
别去小木虫
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2015.12.02 17:09:38
Q:
请问有人会算charge density difference吗
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2015.12.02 17:09:38
Q:
请教各位，使用G3组合方法计算得到的chk文件，不能用freqchk工具得到其他温度点的焓、自由能吗？
[图片]
[图片]
xshell
A:
怎么得到其它温度下的结果看手册G3相应的关键词，写得很明白
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2015.12.02 17:10:00
Q:
125个原子，只有C H N，用高斯算基态频率，12核的服务器，24小时能算完吗
一般的，比如pbepbe/6-31g
是的
没算过这么大的
A:
能
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2015.12.02 17:11:32
Q:
请问蛋白和DNA结合用什么软件对接合适啊？罗塞塔？
A:
可以考虑用hex对接，适合大体系
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2015.12.02 17:12:15
Q:
用multiwfn画DOS图怎么将片段名改成元素符号像这样[图片]
A:
后处理界面有选项可以直接设定片段名称
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2015.12.02 17:23:36
Q:
老师，怎么得到激发态的电子分布
A:
问题太粗糙
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2015.12.02 17:15:46
Q:
OPLS力场被更新了。当年的OPLS能发在JACS，现在发在JCTC，真是此一时彼一时
[图片]
A:
以前UFF也是发在JACS
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2015.12.02 17:33:39
Q:
请问电离过程的振动分辨的电子光谱与激发过程的振动分辨的电子光谱有什么区别？
A:
前者电子跑一个，体系进入电离态势能面；后者电子数不变只是跑到更高激发态势能面上
Q:
谢谢Sobereva老师，再请问Sobereva老师电离过程中，电离态势能面怎么回事呢？应该怎样分析呢？
A:
电离态势能面就是图中绿色的
[图片]
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2015.12.02 17:46:24
Q:
老师，我最近做pcm，一直出现问题，不知道是输入的问题还是结构轨道的问题。
A:
尽量描述具体
至少贴出来关键词和报错提示
Q:
这是我的输入[图片]
A:
关键词写得脏死了
Q:
气象做完了，读气象的轨道做液相，基态和三态没有问题，激发单态只能做单点，优化一直交不上。
用高斯09交的错误[图片]
用高斯03交的错误[图片]
老师，优化圈数太多了吗，我试过优化2圈，也是同样的错误
A:
反复试试就知道，诸如先把态平均给去了
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2015.12.02 17:53:05
Q:
请教大神们，gromacs里mdrun之后多出来三排奇怪的输出
[图片]
不是应该只有三排坐标，多出来那三排是怎么回事啊
gro文件里
A:
后三列是速度
Q:
/尴尬这样啊，谢谢老师
那请问怎么能知道trr文件对不对啊
为什么我用同样的输入文件算一样的东西
之前算的trr就可以在VMD加载
后来算的怎么加载VMD都崩溃
A:
trjconv来回转转折腾折腾
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2015.12.02 17:11:51
Q:
老师，镁团簇的计算，您能给建议个基组吗？
尺寸大概20个原子
A:
TZVP
Q:
b3lyp/6-311g(d,p)
b3lyp/6-311g(d,p) 用这个算和你建议的TZVP能说说优劣吗？老师
A:
TZVP比6-311G**质量好，计算量只大一丁点
Q:
你说的是def2-TZVP
A:
高斯里的TZVP是指def-TZVP不是def2-TZVP
凡是我说def2-TZVP的时候一定不会省略def2
Q:
我在基组那个网站上只能看见def2-TZVP，没发现def-TZVP
A:
高斯里直接输入TZVP就完了
EMSL里你搜ahlrichs
Q:
老师，直接写TZVP是不是对gaussian的版本还有要求呢，03也可以写吗
A:
03忘了，一试便知
Q:
老师，直接写TZVP是不是对gaussian的版本还有要求呢，03也可以写吗
好的，基组网站已收到，谢谢老师
老师，如果我已经用6-311g(d,p)进行了结构优化，做单点能计算能量的时候还有没有必要换成TZVP
A:
没。算能量要想提高一档就提高到def2-TZVP
Q:
老师，你说像我们计算这种较小的团簇，有没有再用其他泛函或者CCSD, MP2呀这种方法再算算。
A:
可以用双杂化算个单点
Q:
我一直有个疑问，换了泛函以后前面计算的团簇结构不变吗？还能在前面泛函优化好的结构上换其他泛函做单点能计算
A:
不变
Q:
老师说的双杂化泛函是什么？
老师，关于泛函介绍的博文能不嫩发一下，我学习一下，基础知识太差，谢谢
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
更具体的知识得看书
Q:
谢谢老师，让我找找双杂化
A:
搞量化的不能没看过一本像样的量化书
[图片]
[图片]
[图片]
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2015.12.02 18:04:20
Q:
学的物理，搞得量化，我好尴尬呀
A:
搞物理的学过量子力学，这已经是比起搞化学的人的先天优势了
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