ASMD中py2脚本在py3中不适用，求助

知黑守白

在amber中做ASMD，stage1结束之后需要判断轨迹中最符合 Jarzynski Average 的那条轨迹


官方教程提供了 ASMD.py脚本用于判断


但是目测这个官方的脚本是基于python2版本做的，系统内置python3.6，运行这个脚本会报错，如图


求助，脚本如何修改能使之适配python3？


万分感谢！！！

snljty

108行

1.   print >> sys.stdout, "The file closest to the Jarzynski Average is:   %s" % asmdfile

复制代码

改成

1.   print("The file closest to the Jarzynski Average is:   %s" % asmdfile)

复制代码

然后70-72行

1. #open standard output/error files
   
2.   sys.stdout = os.fdopen(sys.stdout.fileno(),'w',0)
   
3.   sys.stderr = os.fdopen(sys.stderr.fileno(),'w',0)

复制代码

删去。这两个变量除了上面改的地方，压根没用到。而且python3不需要自己打开这两个文件。
顺便，python3自带的库里应该有个叫2to3（.py/.exe/没有后缀）的程序，直接用这个就能完成很多转换。没有测试文件只能改到这里，还有什么问题的话可以把测试文件贴上来。

知黑守白

snljty 发表于 2021-5-12 14:14
108行

改成

哇！！  已经好用了！！！！  感谢您！！！！！

amber菜鸟

楼主您好，我在执行ASMD.py这个脚本的时候，出现这个问题，请问如何解决呢？

python ASMD.py -i asmd*.work.dat.1 -o jar.stage1.dat        
Traceback (most recent call last):
  File "ASMD.py", line 11, in <module>
    raise ImportError("Unable to load the necessary modules")
ImportError: Unable to load the necessary modules