CGenFF生成有机小分子拓扑文件问题

sun666

在使用CGenFF在线生成网站时，运行cgenff_charmm2gmx.py后出现版本不兼容的报错：图1，请老师指点该如何解决，另外惩罚参数：param penalty=   0.600 ; charge penalty=   0.268，算大还是小呢，是否可以使用。

sobereva

penalty很小

sun666

sobereva 发表于 2021-5-15 16:45
penalty很小

好的谢谢老师，那python脚本运行不成功的问题怎么解决呢。

laoman

sun666 发表于 2021-5-15 18:35
好的谢谢老师，那python脚本运行不成功的问题怎么解决呢。

看清楚一点，你的报错信息跟Python版本不一样没有任何关系。这里提示的是你的mol2文件里的原子数和str文件里的对应不上，所以报错

sun666

laoman 发表于 2021-5-15 21:12
看清楚一点，你的报错信息跟Python版本不一样没有任何关系。这里提示的是你的mol2文件里的原子数和str文 ...

谢谢您，我是在网站上自动生成的，三个可选项都没有选，生成str文件时下面出现error/warning  是什么原因呢。

laoman

sun666 发表于 2021-5-15 21:46
谢谢您，我是在网站上自动生成的，三个可选项都没有选，生成str文件时下面出现error/warning  是什么原因 ...

这里说了，mol2输入文件格式有问题，“non-unique atoms”，应该是mol2文件里的原子命名有重名了吧。你之前就没仔细检查这一步的报错信息，后面一步当然会导致原子数目不一致的错误了。因为重名的两个原子，cgenFF网站会把它们当成一个原子来处理！

sun666

laoman 发表于 2021-5-15 21:56
这里说了，mol2输入文件格式有问题，“non-unique atoms”，应该是mol2文件里的原子命名有重名了吧。你之 ...

可是mol2文件C不都命名为C，H都命名为H吗，怎么算是重名。请老师指点

laoman

sun666 发表于 2021-5-16 00:03
可是mol2文件C不都命名为C，H都命名为H吗，怎么算是重名。请老师指点

还真不是

sun666

laoman 发表于 2021-5-16 01:23
还真不是

非常感谢老师，感谢感谢。但是我修改了mol2文件的原子名字没有重复的原子名了，依然同样的报错，提示重复，我的mol2文件时用open bable将pdb转换的。pdb文件与转换后改名的mol2文件上传到附件

laoman

sun666 发表于 2021-5-16 01:55
非常感谢老师，感谢感谢。但是我修改了mol2文件的原子名字没有重复的原子名了，依然同样的报错，提示重复 ...

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 150 才可浏览，您当前积分为 0

laoman

sun666 发表于 2021-5-16 01:55
非常感谢老师，感谢感谢。但是我修改了mol2文件的原子名字没有重复的原子名了，依然同样的报错，提示重复 ...

cgenff是可以直接上传PDB文件的。网站也是用openbabel来转化pdb文件的。

sun666

laoman 发表于 2021-5-16 04:32
**** 本内容被作者隐藏 ****

谢谢老师，非常感谢非常感谢

fanzhihua

sun666 发表于 2021-5-16 12:29
谢谢老师，非常感谢非常感谢

怎么解决的可以告知一下吗，我也遇到了相同的问题

fanzhihua

您好，可以有机会跟您请教一些问题吗

dlm

你好，我想问一下，我用mol2文件生程str时，没有bonds的信息；并且在python脚本运行后生成的小分子没有双键；我想请问一下，这里我是哪里错了吗？（我的mol2在python和薛定谔中都是正确的）