求助packmol建模后得到data文件的问题

txh · 发表于 Post on 2021-5-20 17:08:41

请问大家用packmol生成的xyz文件怎么才能得到正确的data文件呢？
两层是石墨烯，中间放了离子液体，通过vmd导出的data文件（图2）与之前使用packmol建模的离子液体（图3）的键/角/二面角等都不同。请问怎样才能得到正确的data文件呢？

Frank · 发表于 Post on 2021-5-20 18:45:36

阳光下的尘 · 发表于 Post on 2021-5-21 08:46:16

把data文件导入vmd中，通过vmd tcl脚本语言重设键角关系

txh · 发表于 Post on 2021-5-22 14:52:14

本帖最后由 txh 于 2021-5-22 16:21 编辑

Frank 发表于 2021-5-20 18:45
可以试试fftool https://github.com/paduagroup/fftool

好的但是fftool是不是只能考虑液体呢？

txh · 发表于 Post on 2021-5-22 14:52:40

阳光下的尘发表于 2021-5-21 08:46
把data文件导入vmd中，通过vmd tcl脚本语言重设键角关系

不太会写脚本怎么办

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