在grompp时出现“Atomtype opls_113 not found”的错误

whsnd · 发表于 Post on 2021-5-22 18:19:13

我用的版本是gromacs2021.1。我首先用"$ gmx editconf -f zetwGlycine_GMX.gro -o box.gro -c -d 1.01 -bt cubic"建了一个含有甘氨酸的盒子,
再用"$ gmx solvate -cs tip4p -cp box.gro -o conf1.gro -p topol.top -maxsol 275" 命令添加了tip4p模型的水溶剂，
最后用"$ gmx insert-molecules -f conf1.gro -ci Sulfurdioxide -o conf.gro -nmol 1"加入一个二氧化硫分子，
在运行"$ gmx grompp -f min.mdp -o min -pp min -po min"时，说"Atomtype opls_113 not found"，但是我在topol文件里已经用"#include oplsaa.ff/tip4p.itp"包含了oplsaa.ff/tip4p.itp，请问这个问题应该如何解决？我用的二氧化硫和甘氨酸的.gro、.itp和.top都是在acpype网站上生成的。附上我的conf.gro和topol.top文件。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-23 03:28:00

产生OPLS-AA的拓扑文件应建议用ligpargen而不是acpype

你的top里明明都是用的GAFF的原子类型，怎么能和OPLS-AA搅合到一起去。逻辑完全混乱，缺乏gromacs和acpype基本常识

没有特殊情况就用GAFF力场描述溶质，结合SPC/E水模型就完了

whsnd · 发表于 Post on 2021-5-23 12:56:50

sobereva 发表于 2021-5-23 03:28
产生OPLS-AA的拓扑文件应建议用ligpargen而不是acpype

你的top里明明都是用的GAFF的原子类型，怎么能和O ...

好的，谢谢老师，我再改改。主要我是个新手，所以还有很多不了解

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[GROMACS] 在grompp时出现“Atomtype opls_113 not found”的错误

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