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[新手求助] 请问在做金属负载石墨烯寻找过渡态的时候,金属原子偏离了原本的位点是什么原因?

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就是在寻找过渡态的时候,Na原子偏离了最初的位点,想知道是因为过渡态不对还是本就应该这样偏离?

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过渡态

过渡态

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喵星人

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发表于 Post on 2021-5-28 12:19:37 | 只看该作者 Only view this author
你说这叫金属负载石墨烯??

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-28 15:07:47 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-5-28 12:19
你说这叫金属负载石墨烯??

啊,就是把Na原子吸附到石墨烯的空心点位上

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发表于 Post on 2021-5-28 17:08:05 | 只看该作者 Only view this author
Dwwen 发表于 2021-5-28 08:07
啊,就是把Na原子吸附到石墨烯的空心点位上

首先,真正的石墨烯是在两个方向上无限延展的,所以金属的四周都要有石墨烯。当然金属吸附在石墨烯的边缘也是有可能的,但那就不叫“空心点位”了。
其次,石墨烯的所有边界碳原子都要饱和,包括和金属同一侧(但不和金属直接相邻)的碳原子。一般用氢原子饱和,如果有特殊理由也可以用其他基团,但不能不饱和。
再其次,氮杂、氧杂石墨烯几乎没有O-N键、N-N键,所有的O和N都只和C和H成键。除非有特殊理由,否则你画的掺杂方式非常不符合实际。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-28 17:20:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-28 17:08
首先,真正的石墨烯是在两个方向上无限延展的,所以金属的四周都要有石墨烯。当然金属吸附在石墨烯的边缘 ...

我这也是参考文献进行计算的,做这些类似的石墨烯大部分都是用未饱和的石墨烯来来进行吸附的,

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发表于 Post on 2021-5-28 17:58:02 | 只看该作者 Only view this author
Dwwen 发表于 2021-5-28 10:20
我这也是参考文献进行计算的,做这些类似的石墨烯大部分都是用未饱和的石墨烯来来进行吸附的,

这算的是燃烧之类的过程吧?石墨烯边缘都开始往下掉原子了,感觉是燃烧。
你要是研究的是稳定的金属负载石墨烯,不应该取这种明显不稳定的、乃至于会往下掉N2分子的结构。应该只参考金属负载石墨烯的文献。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 13:12:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-28 17:58
这算的是燃烧之类的过程吧?石墨烯边缘都开始往下掉原子了,感觉是燃烧。
你要是研究的是稳定的金属负载 ...

对,就是燃烧过程,以不饱和的石墨烯代替煤焦,来吸附NO呢,Na在边缘却发生了偏移,参考其他文献基本都是在固定位置不变的

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发表于 Post on 2021-5-30 00:40:03 | 只看该作者 Only view this author
Dwwen 发表于 2021-5-29 06:12
对,就是燃烧过程,以不饱和的石墨烯代替煤焦,来吸附NO呢,Na在边缘却发生了偏移,参考其他文献基本都是 ...

因为文献没有你的分子里的C21、C9这种两个带自由价的sp2碳相邻的情况吧?因为这种结构太不稳定了,所以其他原子容易往这里跑,和这两个碳原子发生相互作用。
这种结构估计即使在燃烧过程里也不会稳定存在,见到氧气就立刻反应掉了。应该从石墨烯燃烧涉及的物种里挑比较稳定的来负载Na。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-30 18:48:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-30 00:40
因为文献没有你的分子里的C21、C9这种两个带自由价的sp2碳相邻的情况吧?因为这种结构太不稳定了,所以其 ...

明白了,谢谢您的回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-30 19:38:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-30 00:40
因为文献没有你的分子里的C21、C9这种两个带自由价的sp2碳相邻的情况吧?因为这种结构太不稳定了,所以其 ...

但是这样的模型 在整个路径中Na原子还在原来的位点上的,所以就有点不明白,因为你现在的文献中做这些的都是用的这种不饱和的石墨烯来进行研究的

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发表于 Post on 2021-5-30 20:30:52 | 只看该作者 Only view this author
Dwwen 发表于 2021-5-30 12:38
但是这样的模型 在整个路径中Na原子还在原来的位点上的,所以就有点不明白,因为你现在的文献中做这些的 ...

因为你现在画的这个结构,没有更稳定的吸附Na的位点了啊
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-30 21:11:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-30 20:30
因为你现在画的这个结构,没有更稳定的吸附Na的位点了啊

意思就是说 我之前的结构在寻找过渡态的过程中 还有更稳定的吸附点Na原子就发生了偏移嘛

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发表于 Post on 2021-5-31 00:10:27 | 只看该作者 Only view this author
Dwwen 发表于 2021-5-30 14:11
意思就是说 我之前的结构在寻找过渡态的过程中 还有更稳定的吸附点Na原子就发生了偏移嘛


过渡态是在一个方向上能量为极大、在其他方向上能量为极小的点,如果Na在不同吸附位点之间移动属于后者,那么Na就会自动往稳定的方向上跑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-31 11:09:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-31 00:10

过渡态是在一个方向上能量为极大、在其他方向上能量为极小的点,如果Na在不同吸附位点之间移动属于后 ...

谢谢您的回答

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