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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用

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发表于 Post on 2023-3-13 16:32:26 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请教一个问题。
您在本文中提到“使用Multiwfn文件包里的examples\scripts\IRIscatter.gnu脚本,还可以得到彩色的散点图,”
我做出了这个彩色的散点图,为了更明确的说明spike的范围,我想着和黑白散点图一样,
在彩色散点图的横坐标轴上的主刻度之间添加一个分刻度。

我自己试着在IRIscatter.gnu脚本中添加,但是没成功。
所以我想请问老师,应该如何更改?谢谢老师,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-13 21:49:08 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2023-3-13 16:32
老师好,我想请教一个问题。
您在本文中提到“使用Multiwfn文件包里的examples\scripts\IRIscatter.gnu脚 ...

还不如把主刻度间隔改小
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发表于 Post on 2023-3-14 08:34:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-13 21:49
还不如把主刻度间隔改小

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2023-4-13 04:56:32 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,关于IRI方法,我想请教一下,如果是用其他DFT软件计算的电子密度,比如FHI-aims,能不能通过您引入的电子密度及其微分的IRI公式进行计算呢,可不可以理解为DFT获得电子密度后,进一步计算可以通过数学软件实现?这方面您有没有经验或者有可以实现的code没?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-13 21:57:20 | 只看该作者 Only view this author
flying~ 发表于 2023-4-13 04:56
卢老师好,关于IRI方法,我想请教一下,如果是用其他DFT软件计算的电子密度,比如FHI-aims,能不能通过您引 ...

如果程序只能产生电子密度格点数据,你可以尝试用三维B-spline插值通过有限差分计算各个位置的电子密度的导数,然后代进IRI公式。如果程序直接就能产生电子密度梯度矢量的格点数据,那做很简单的运算就能得到IRI。
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发表于 Post on 2023-4-13 23:12:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-13 21:57
如果程序只能产生电子密度格点数据,你可以尝试用三维B-spline插值通过有限差分计算各个位置的电子密度的 ...

好的,谢谢卢老师指点,我再和计算合作者沟通一下,看看他们会不会操作,发表文章时候肯定要引用您的这篇IRI的文章。

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发表于 Post on 2023-6-3 13:25:31 | 只看该作者 Only view this author
请问下vmd画IRI,导出pdb的时候,出现libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile,导不出pdb是什么问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-4 02:40:00 | 只看该作者 Only view this author
xptracy 发表于 2023-6-3 13:25
请问下vmd画IRI,导出pdb的时候,出现libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile,导不出pdb是什 ...

没见过。重启VMD重新操作一遍再试,或者把保存路径设到诸如D盘再试
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发表于 Post on 2024-2-22 20:55:25 | 只看该作者 Only view this author
想请教sob老师一个问题,比如研究十几个原子的有机分子的几个构象。用IRI看有些构象只有共价作用,有些构象分子内还存在范德华作用,但是存在范德华作用的构象是不是也不一定是最低能的构象,是否能用IRI说明或者解释不同构象之间能量差异的原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-22 21:47:04 | 只看该作者 Only view this author
Melvin 发表于 2024-2-22 20:55
想请教sob老师一个问题,比如研究十几个原子的有机分子的几个构象。用IRI看有些构象只有共价作用,有些构象 ...

得把所有因素全都考虑进去,诸如静电吸引/排斥作用、位阻作用等等。如果牵扯到溶剂模型,诸如带显著电荷部分是露在外面还是包埋在里面还会对溶解自由能有很大影响。
例如下面这篇文章在讨论片段间作用能的时候就把不同因素做了对比分析
直观解释分子间相互作用如何影响不对称催化:Nature Chemistry上一个很好的IGMH分析范例
http://sobereva.com/700http://bbs.keinsci.com/thread-43122-1-1.html
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发表于 Post on 2024-2-22 23:07:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Melvin 于 2024-2-22 23:09 编辑
sobereva 发表于 2024-2-22 21:47
得把所有因素全都考虑进去,诸如静电吸引/排斥作用、位阻作用等等。如果牵扯到溶剂模型,诸如带显著电荷 ...

感谢sob老师的解答。是的,我就是看到了您最近的这篇讲解Nature Chemistry的博文学到了很多但产生的一点疑惑,您博文的案例中是IGMH分别对两个过渡态统计了相互作用说明能量差异。
我想详细再请教一下不同的地方是,如果是一个分子的两个构象,结构差别较大,比如气相条件下乙醚扭转120°C-O键优化后形成的不同构象,扭转后的结构虽然所有的共价作用一样但是静电/位阻/范德华作用都发生了变化,是不是没法像您博文里这个情况一样仅靠IGMH或IRI图很好的去说明呢?IGMH和IRI只能说明共价/位阻/范德华作用,因此还需要补充静电作用的分析?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-22 23:16:12 | 只看该作者 Only view this author
Melvin 发表于 2024-2-22 23:07
感谢sob老师的解答。是的,我就是看到了您最近的这篇讲解Nature Chemistry的博文学到了很多但产生的一点 ...

不同情况适合的分析方式不同,如果分子内相互作用看起来没显著差异,也可以考虑用刘述斌的能量分解,参考Multiwfn手册4.21.2节的例子和里面引用的相关文章

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发表于 Post on 2024-2-22 23:19:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-22 23:16
不同情况适合的分析方式不同,如果分子内相互作用看起来没显著差异,也可以考虑用刘述斌的能量分解,参考 ...

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-29 20:45:43 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn给IRI分析后处理菜单中加入了选项9 Screen out covalent bond regions (set IRI to 100 for regions with sign(lambda2)rho < -0.1 a.u.)。选了这个再导出格点数据、照常绘制IRI图后,共价键的区域就看不到了。相应地在本文3.1节末尾举了例子。
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发表于 Post on 2024-7-9 10:49:38 | 只看该作者 Only view this author
苯酚二聚体的等值面图
4  //绘制平面图
24  //IRI
1  //填色图
直接按回车  //使用默认的格点数
0  //设置体系向四周的延展距离(用于定义作图范围)
2  //2 Bohr
1  //XY平面
0  //Z=0
此时图像蹦出来了。在上面点右键关闭图像,然后输入下面的内容改进作图效果
8  //显示键
14  //棕色
19  //设置色彩变化方式
2  //Reversed rainbow
4  //设置原子标签颜色
1  //红色
1  //设置色彩刻度下限和上限
0,2
-1  //重新绘制
为什么我做到设置色彩刻度下限和上限输入0,2之后就闪退

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