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[GROMACS] 质心牵引问题求助

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本帖最后由 sun666 于 2021-6-3 23:50 编辑

请教老师一个问题SMD时,A(参考组)---B(牵引组)===C(弹簧点),在使用pull=umbrella时,B组永远向着弹簧点受力,umbrella sampling时,pull-geometry=distance,pull-coord*-rate=0时,岂不是B会慢慢接近C,相对于初始位置在一个方向移动,怎么在初始位置范围完全采样呢(不向负方向移动)。

另外对培训的一张PPT不理解,在对金属进行pull的时候,对left和right都在Y、Z上冻结,对left没有在X方向冻结对right进行拉伸的时候left不会跟随一起动吗。另外pull的设置中是怎么体现对left拉还是right拉的。您的讲解中说只想要把两个片的距离变成才做的1组拉伸因此pull-ncoords=1 是什么意思。既然只做了一组拉伸(也就是对right)为什么动力学时left向做运动呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 17:16:57 | 只看该作者 Only view this author
自己弄了两个离子做了半天测试总结一下:constraint 必须pull-ngroups=2,对一个组全部冻结则这个为参考组,对两个组没有完全冻结时两个组都移动 。但是不管如何两组质心之间距离的变化都是设定的那样。
pull_pullx输出的为参考组与牵引组的距离。pull_coord1-init 为参考组与弹簧点的初始距离,弹簧点可以在牵引组右边也可以在参考组与牵引组之间,但是不能在参考点左边,pull_coord1-init不设置值时弹簧点在参考组上

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