CP2K 经典分子动力学报错：GEOMETRY wrong or EMAX_SPLINE too small!

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-6-4 16:49:42

大家好，我尝试使用CP2K官网的一个MD教程例子跑一个水盒子的NVE系综动力学。体系是用packmol生成的11.2*11.2*11.2的水盒子，输入文件来自网站（https://www.cp2k.org/exercises:2018_uzh_acpc2:mol_sol），报错信息提示

WARNING| Particles: 67 5 at distance [au]: 1.84725440 less than: 2.00430963; increase EMAX_SPLINE.

但是我看我了盒子结构挺正常的，67（氧）和5（氢）号原子距离是2.35埃，但是为什么会报错呢？请各位专家不吝赐教

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-19 15:36:34

请问问题解决了吗，网上说有可能是结构不合理或者LJ参数有问题

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-6-19 19:23:16

waitingseven 发表于 2021-6-19 15:36
请问问题解决了吗，网上说有可能是结构不合理或者LJ参数有问题

我没有找到具体原因，但是把笛卡尔坐标后面加上H2O后就可以正常计算了。官方给出的模板输入里都是有H2O的。

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-21 10:13:34

函数与激情发表于 2021-6-19 19:23
我没有找到具体原因，但是把笛卡尔坐标后面加上H2O后就可以正常计算了。官方给出的模板输入里都是有H2O的 ...

这样啊，如果体系中有带电离子的话就不知道怎么办了，是不是说缺少键连接的拓扑信息才报错

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-6-21 14:50:19

waitingseven 发表于 2021-6-21 10:13
这样啊，如果体系中有带电离子的话就不知道怎么办了，是不是说缺少键连接的拓扑信息才报错

我问过一个老师老师就是这么说的，缺少键的连接。我后来CP2K分子动力学用的都是AMBER力场，AMBER的TOP和inpcrd文件就不会有问题了。

elpa · 发表于 Post on 2021-6-27 23:25:53

函数与激情发表于 2021-6-19 19:23
我没有找到具体原因，但是把笛卡尔坐标后面加上H2O后就可以正常计算了。官方给出的模板输入里都是有H2O的 ...

坐标后面不加H2O，相当于在算一堆原子。如不加H2O，cp2k有个GENERATE section，判断成键信息。另可在TOPOLOGY 设置dump psf，输出psf文件看连接信息。欢迎交流

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-28 08:43:17

elpa 发表于 2021-6-27 23:25
坐标后面不加H2O，相当于在算一堆原子。如不加H2O，cp2k有个GENERATE section，判断成键信息。另可在TOPO ...

我看manual 里说坐标后面加MOLNAME以提供成键信息，但是除了水没有看到其他的例子，具体怎么操作网上目前也没搜到，比如说对于离子液体，阴阳离子包含多个原子就不知道该怎么操作了

elpa · 发表于 Post on 2021-6-29 12:53:29

waitingseven 发表于 2021-6-28 08:43
我看manual 里说坐标后面加MOLNAME以提供成键信息，但是除了水没有看到其他的例子，具体怎么操作网上目前 ...

比如OH,就直接写OH。我试过Al(OH)4也可以。其他不太清楚，欢迎交流。
太麻烦的按说可以用TOPOLOGY里GENERATE产生连接 CREAT MOLECULES创建分子，而不是自己定义

waitingseven · 发表于 Post on 2021-6-29 15:00:58

elpa 发表于 2021-6-29 12:53
比如OH,就直接写OH。我试过Al(OH)4也可以。其他不太清楚，欢迎交流。
太麻烦的按说可以用TOPOLOGY里GENE ...

TOPOLOGY里的GENERATE总感觉对模型太挑剔了，建模如果某一个分子过了周期性边界或者模型密度高一些就报错，而且bondlength不知道为啥要设置的很大，比如我设置成3埃就不行，设置成6埃就行，总结一下就是盒子大一些，模型里的分子零散一些，所有离子或分子都在盒子内。我还发现就算模型没事儿，运行后也会莫名奇妙提示缺少一些力场的信息，比如说FORCEFIELD| WARNING: A non Critical ForceField parameter is missing! CP2K GOES! 或 FORCEFIELD| Missing Urey-Bradley，总之感觉还是LAMMPS省心些，CP2K更适合算AIMD

elpa · 发表于 Post on 2021-7-2 20:44:20

waitingseven 发表于 2021-6-29 15:00
TOPOLOGY里的GENERATE总感觉对模型太挑剔了，建模如果某一个分子过了周期性边界或者模型密度高一些就报错 ...

对，cp2k肯定不适合纯mm。我做qmmm，在摸索。

elpa · 发表于 Post on 2021-7-10 00:36:33

谁有能检查结构不合理的脚本吗？检查原子间距离的

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-9-2 15:31:00

Before running the QM/MM simulation we need to amend our prmtop file, because in the classical forcefield, several hydrogen atom types do not have separate Lennard-Jones parameters or they are set up to 0.0. [1]
今天发现通过AMBER的tleap程序生成的prmtop文件如果不修改默认TIP3P氢原子的LJ势的势井深度和半径会提示这个错误，需要使用AMBER自带的parmed程序修改，其实十分简单，过程如下：
parmed complex.prmtop
changeLJSingleType :WAT@H1 0.3019 0.047
changeLJSingleType :WAT@H2 0.3019 0.047
outparm complex_LJ_mod.prmtop
quit
改完后我的体系就不会再报这个错误了。
reference:
[1] https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm
[2] https://ask.bioexcel.eu/t/error- ... emical-systems/1583

王一伊 · 发表于 Post on 2021-12-3 22:40:54

函数与激情发表于 2021-6-19 19:23
我没有找到具体原因，但是把笛卡尔坐标后面加上H2O后就可以正常计算了。官方给出的模板输入里都是有H2O的 ...

请问具体在哪个位置加H2O啊老师？是在&COORD板块里咩

疯狂的阿太 · 发表于 Post on 2022-11-27 21:20:14

想请问下楼主，我最近也用CP2K跑QM/MM，也是用的amber力场文件，加了LJ参数。
还是会出现结构错误或EMAX_SPLINE过小的错误。
根本原因是随着模拟时间，我的水分子会与组氨酸的氮距离变短甚至成键，有什么办法吗？

tbw@zyc · 发表于 Post on 2022-12-7 23:36:41

疯狂的阿太发表于 2022-11-27 21:20
想请问下楼主，我最近也用CP2K跑QM/MM，也是用的amber力场文件，加了LJ参数。
还是会出现结构错误或EMAX_S ...

请问楼上解决了吗？同样的问题，也是加了LJ，run一段时间就报错了
这种报错似乎对CP2K QM/MMM 体系很常见，但是也没有在网上找到合适的解决方案

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