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[Multiwfn使用咨询] 求助可视化分子孔洞并计算孔洞体积过程中计算效率的问题

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可视化分子孔洞并计算孔洞体积在计算过程中,计算了分子的fchk文件,投入了Multiwfn并输入以下代码200
14
2
1
3
<0.0001
1
-10
0
1


但是计算一直卡在了图一的界面,计算的效率也很低(系统设定为36核)图二。请问是什么原因导致的这个结果。
计算使用是版本是Gaussian 16 和 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux


CFAB[$%6@D8CQM4DM3J6T6K.png (80.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

图一

图一

Z(SYWBZGM%8)[WW~FR4DQ{I.png (86.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

图二

图二

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发表于 Post on 2021-6-7 09:17:24 | 只看该作者 Only view this author
上传输入文件,否则根本没法判断,甚至可能你的体系根本都不适合用这个功能
另外,不是每个环节的代码都做了并行化

你输入的叫做“命令”,不叫代码
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-7 19:53:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-7 09:17
上传输入文件,否则根本没法判断,甚至可能你的体系根本都不适合用这个功能
另外,不是每个环节的代码都做 ...

好的,输入结构已经上传了,因为fchk文件太大,无法上传所以用的是pdb文件,还麻烦老师您帮忙看下

4.pdb

15.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

输入结构

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发表于 Post on 2021-6-15 19:12:41 | 只看该作者 Only view this author
心辉 发表于 2021-6-7 19:53
好的,输入结构已经上传了,因为fchk文件太大,无法上传所以用的是pdb文件,还麻烦老师您帮忙看下

你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html

你的体系并不像文中例子那样有个完全封闭的,或者在特定盒子设置下封闭的区域。

你的这种体系不适合讨论孔洞体积,讨论内径之类的更有意义。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 13:55:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 19:12
你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sober ...

好的,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 13:57:50 | 只看该作者 Only view this author

请问,计算分子内径有没有相关的博文可以学习学习的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 13:58:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 19:12
你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sober ...

好的,谢谢您!
请问有没有相关的计算分子内径的相关博文可以学习的!万分感谢!

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发表于 Post on 2021-6-19 00:17:06 | 只看该作者 Only view this author
心辉 发表于 2021-6-17 13:57
请问,计算分子内径有没有相关的博文可以学习学习的。

看此文的“方法1”
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503http://bbs.keinsci.com/thread-14264-1-1.html

在VMD里显示出分子表面后,直接量一下内侧区域相对的两个表面顶点的距离就完了


我的Carbon 171 (2021) 514-523这篇文章的补充材料里的18碳环的内径就是这么测量的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 18:31:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-19 00:17
看此文的“方法1”
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503(http://bbs.keinsci.c ...

谢谢您
辛苦您了

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