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[GROMACS] 课后1cll生成top文件报错

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本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-6 12:14 编辑

老师们好,在做课后练习时发现1cll缺原子,于是通过what if得到了修补4号残基后的fixed.pdb文件,再将1cll.pdb的4号残基补全,并修改了CA为CA2+,但通过grompp生成gro文件还是报错,想请老师们看看该怎么解决,报错信息在grompp.log里

grompp.log

29.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

fixed.pdb

99.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

1cll.pdb

142.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2021-6-7 09:24:46 | 只看该作者 Only view this author
提示很清楚
Fatal error:                                                                                                                                          
Residue 'EOH' not found in residue topology database  

当前rtp文件里没有EOH残基的定义。
去pdb里搜EOH,可知这是乙醇
HETNAM     EOH ETHANOL   

乙醇肯定不是你感兴趣的,从pdb里删了就完了。

PS:以后说“课后练习”应当指代清楚,我假定你说的是“分子动力学与GROMACS程序培训班”(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-7 09:42:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-7 09:47 编辑
sobereva 发表于 2021-6-7 09:24
提示很清楚
Fatal error:                                                                             ...

了解了,谢谢老师,如果我想要考虑这个乙醇的话是应该在力场rtp文件里按照这个格式加入以下信息即可吗,如果想要这些信息是查找文献还是什么方法呢?
[ EOH ]
[ atoms ]
[ bonds ]
[ angles ]
[ impropers ]

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发表于 Post on 2021-6-15 19:07:20 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-6-7 09:42
了解了,谢谢老师,如果我想要考虑这个乙醇的话是应该在力场rtp文件里按照这个格式加入以下信息即可吗, ...

类似于我课上讲蛋白质-配体的模拟,乙醇当成配体处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-15 19:24:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 19:07
类似于我课上讲蛋白质-配体的模拟,乙醇当成配体处理

好的,谢谢老师
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