charmm36力场模拟磷脂膜，预平衡过程磷脂膜总是跑的不对求助

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-6-6 14:20:30

因为后续模拟的原因，前期要用charmm36力场模拟磷脂膜，再将自己的分子加进去。磷脂膜结构用packmol搭建（因为还是新手想先搭建小点的体系，水层每层500分子，磷脂层每层30分子），能量最小化结构没太大变化，但预平衡过程磷脂膜总是跑的不对，想请教一下是什么问题，如何解决？是否对应的参考资料，我前期已查找过但始终没找到合适的资料借鉴。附图是初始结构和预平衡后得到gro结构，附件em.mdp 是能量最小化参数文件，em.gro是预平衡初始结构，E1.mdp是预平衡参数文件。

topolpopc.top (38.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

posre.itp (1.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

index.ndx (244.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

em.mdp (386 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)

em.gro (485.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

E1.mdp (1.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-7 09:03:30

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“charmm36力场模拟磷脂膜”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-7 09:11:33

你的初始结构就太烂，磷脂根本都没并排形成膜，结果不奇怪才怪。目前模拟膜体系起码每层64个磷脂。看看膜模拟的文章里的模型都是什么样了解点基本常识，模型可以用genmixmem建立

生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

另外，没必要把SOL设消除平动的组
tau_p对于berendsen偏大

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-6-7 09:48:11

建议用CHARMM-GUI建模

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-6-7 10:34:23

sobereva 发表于 2021-6-7 09:03
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

下次一定注意，谢谢社长。

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-6-7 10:54:42

fhh2626 发表于 2021-6-7 09:48
建议用CHARMM-GUI建模

你好我想请教一下，我后续要模拟的体系是要在磷脂膜上放进自己的有机分子，相当于有机分子替代跨膜蛋白，是可以用charmm-gui先建好膜再用vmd将分子放进去手动删除分子周围磷脂吗，这样搭建的结构去模拟方便些，还是用Packmol直接堆积的好些呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-6-7 14:59:50

Publicl42y 发表于 2021-6-7 10:54
你好我想请教一下，我后续要模拟的体系是要在磷脂膜上放进自己的有机分子，相当于有机分子替代跨膜蛋白， ...

CHARMM-GUI直接就可以把分子放膜里面

stuisfine · 发表于 Post on 2023-9-24 08:40:53

Publicl42y老师您好，发现我目前遇到的问题和您有些类似，请您最后是怎样将磷脂膜和小分子进行组装的？我试过CHARMM-GUI，但是好像是只能让小分子被磷脂包埋？不能自由调整位置关系。

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