PMF计算窗口限制问题求助

sun666 · 发表于 Post on 2021-6-6 23:08:13

本帖最后由 sun666 于 2021-6-7 01:29 编辑

请问老师，做完SMD后。想在每个窗口进行限制进行伞状采样。但是在前几个窗口还是在限制的区域内。后面一些跑出了窗口限制，比如后面一些窗口想在限制在2.8-3.0nm，但是结果跑在了2.6-2.8nm区域。应该是在后面一些窗口体系作用力比较大，k设置的跟以前一样导致跑出了限制。请教老师每个窗口都要自己尝试一个不同的k吗，这样在后续计算PMF岂不是不能做了。其中一个mdp文件如附件

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-6-7 09:47:31

US就是这样的，建议用ABF或者metadynamics

sun666 · 发表于 Post on 2021-6-7 14:13:06

fhh2626 发表于 2021-6-7 09:47
US就是这样的，建议用ABF或者metadynamics

请问您说的ABF和metadynamics有教程吗

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[GROMACS] PMF计算窗口限制问题求助

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