分析球状液滴粒子数/密度的脚本

jimulation

  初学VMD脚本编写，于是选了个简单体系（真空中的水滴）来模拟和分析。看到公社里有讨论过类似问题，思路是以盒子中心为参考点，计算落在不同半径球壳内的粒子数。但发现即使采用trjconv -center命令将液滴置于盒子中心，实际得到的轨迹也不是完全如此，液滴或多或少会偏离盒子中心。考虑到这样可能带来误差，于是参照社长培训中提供的脚本自己试着写了一个。
  对比两个脚本的分析结果，包括粒子数（图A）、粒子密度（图B）。采用box-center的算法，在临近液滴半径处并未逐渐衰减到0，原因见示意图C：假设液滴实际r=10，但因为盒子中心与液滴中心的偏离，采用box-center的算法在r=12处依然发现有粒子。此外，在r较小时，采用sphere-center算法的抖动要小一些（图B），这一点从图A中两幅插图的比较可以解释。所以采用sphere-center的算法更符合实际。更新了spherecenter-2.tcl，相比sphere-center.tcl快了很多。  

961106

老师您好我也是模拟气相中的液滴，想分析粒子数、密度，发现液滴会偏离盒子中心，所以用了您的脚本，我的盒子是999.99nm的正方体，我想计算0-500ps从液滴中心处到周边8nm的密度，于是用您的脚本修改了一下一些参数提交了，但是生成的结果只有横坐标，请问这是为什么呢，是我有些参数没调对吗，谢谢老师！还有老师我看sob老师的脚本里还需要输入盒子的中心，您的脚本里不需要吗？谢谢