求助：分析团簇尺寸分布

x^x · 发表于 Post on 2021-6-8 14:56:20

模拟的是两种有机药剂在水溶液中的缔合体形态，两种有机药剂在水溶液中形成了团簇，查看gromacs手册，使用gmx clustsize 可以导出每一时刻平均出现的簇数，想请教各位老师：
1、如何导出某一帧每个团簇中分子的个数和这个团簇中两种不同分子各占多少呢？
2、使用gmx clustsize命令，想以分子为基本单元，创建了包含两种有机药剂分子原子的索引，使用 -mol 后出现如下错误，请问各位老师如何解决呀？

万分感谢各位老师指导！

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-8 19:44:48

1 没法直接导出。得自己编程

naoki · 发表于 Post on 2021-6-9 20:08:44

gmx clustsize我就一直没搞懂怎么用，魔性

x^x · 发表于 Post on 2021-6-17 09:23:26

sobereva 发表于 2021-6-8 19:44
1 没法直接导出。得自己编程

谢谢老师的解答，请问老师编程的话有没有可以参考学习的模板呢

x^x · 发表于 Post on 2021-6-17 09:33:03

naoki 发表于 2021-6-9 20:08
gmx clustsize我就一直没搞懂怎么用，魔性

感觉真的得去跟着老师去学一学

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-17 11:51:05

x^x 发表于 2021-6-17 09:23
谢谢老师的解答，请问老师编程的话有没有可以参考学习的模板呢

归簇的算法有很多，一些轨迹分析库里也有簇分析功能，google搜搜

x^x · 发表于 Post on 2021-6-17 19:51:13

sobereva 发表于 2021-6-17 11:51
归簇的算法有很多，一些轨迹分析库里也有簇分析功能，google搜搜

好的，谢谢老师

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