本帖最后由 牧生 于 2021-6-15 15:36 编辑
有学生想试试做金属表面和小分子的作用。
我照着培训班的教程也试了一下，按照教程，将金的参数加入到了top文件夹里面相应的itp里面。然后用VMD做了金板，延展，向真空加入水，直接进行模拟，整个过程都没问题。金板仍然保持为板状，原子都没有发生明显的移动。
我初步做的是金板-乙醇水溶液，希望将来可以举一反三，拓展到铁板-酸液和缓蚀剂。。但是在做金-乙醇水溶液就有问题了。我需要请教的如下：
① 使用VMD建立了4×4×2 nm的金板 （第一个方面的问题：如果我要建立VMD没有自带的，比如我需要建立一个铁板，尽管查到了铁的L-J参数 FE 26 0 0 A 0.01514608 0.0000022873928，但是下一步该如何像建立金板那样来建立铁板啊？虽然VMD有new material的选项，看起来应该是可以建立铁板的，但由于没有实例，理解起来有点困难。能否讲解一个实例来帮助理解，铁的unit cell pdb，和top，到底是一种什么样的文件）
经过一天折腾，第一个问题已经解决，使用MS建立晶胞很容易，另存为pdb格式，gromacs也是可以识别的，原子数量，以及盒子尺寸都是可以从MS读取出来的，
② 回到金-小分子水溶液的模拟上面来。
继续延展金板，出现真空层，gmx editconf -f Au.pdb -o Au_plate_box.gro -box 4.078 4.078 6
③然后使用insert命令加入2个ATB得到的乙醇分子， gmx insert-molecules -f Au_plate_box.gro -ci yichun-u.pdb -nmol 2 -o out_box.gro 得到图像；
④ 加水填充盒子的真空部分；
gmx solvate -cp out_box.gro -ptopol.top -o Au_wat.gro
此处有个小问题未解决：gmx solvate是向已经定义好尺寸的盒子里面加满水，但是为什么到盒子外面去了？
⑤ 使用gromos54a7_atb.ff力场，使用教程中的mdp进行npt平衡相模拟，此时就有第三个大的问题了。 始终提示有角度大于30度，不能继续。于是修改mdp中的dt=0.001，仍然提示角度大于30，不能运行。再减小dt=0.0005，可以跑起来了，但是得到的npt.gro图像如下，金原子跑散了，乙醇也跑到了中间位置。
npt如下：
define = integrator = md dt = 0.0005 ; ps （一般这里是0.001或者0.002，但是都跑不起来，改成0.0005可以跑） nsteps = 1000000 ; comm-grps = system energygrps = ; nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstlog = 500 nstenergy = 500 nstxout-compressed = 1000 compressed-x-grps = system ; annealing = single single annealing_npoints = 2 2 annealing_time = 0 100 0 100 annealing_temp = 0 298.15 0 298.15 ; pbc = xyz cutoff-scheme = Verlet coulombtype = PME rcoulomb = 1.2 vdwtype = cut-off rvdw = 1.2 DispCorr = EnerPres ; Tcoupl = V-rescale tau_t = 0.2 0.2 tc_grps = SOL non-water ref_t = 298.15 298.15 ; Pcoupl = Berendsen pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.5 ref_p = 1.0 1.0 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ; gen_vel = no gen_temp = 298.15 gen_seed = -1 ; freezegrps = freezedim = constraints = hbonds
⑥ 由于一直提示角度大于30，应该是没有做能量最小化导致的。如果我进行了能量最小以后再npt，结果会怎样呢。我找了教程中CNT_wat的能量最小化的mdp文件进行能量最小化，跑完以后，发现金原子还是全部都散了。 能量最小化的mdp文件如下： define = -DFLEXIBLE integrator = cg nsteps = 10000 emtol =200.0 emstep = 0.01 ; nstxout = 20 nstlog = 50 nstenergy = 50 ; pbc = xyz cutoff-scheme =Verlet coulombtype = PME rcoulomb = 0.9 vdwtype =Cut-off rvdw = 0.9 DispCorr = EnerPres ; constraints =none
现在我就陷入这个死循环了，能量最小化，或者直接npt，金原子都跑散了。但是和教程中的操作相比，仅仅是多加入了两个乙醇，为何会导致结果差异十万八千里。
经过一天多折腾，金板不会跑散了。
使用相同的方法建立铝板和表面活性剂水溶液，也不会跑散。
使用相同的方法建立铂板和表面活性剂水溶液，也不会跑散。
但是使用相同方法建立铁板和表面活性剂水溶液，铁就会跑散。
培训班好像讲过，只要LJ参数适当，那么，原子就不会跑散。现在，虽然我觉得我自己的操作可能有问题，但又察觉不到问题在哪。
2021.6.15 感觉是铁晶型的问题，用的是α铁的晶体，但用了γ铁的参数。。但是查了一阵，没查到γ铁的晶胞。。
大佬们，能否帮助找一下γ铁晶胞的pdb文件或cif啊，我觉得这个很常规，但是没找到。
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发表于 Post on 2021-6-10 13:15:16
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