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[GROMACS] GROMACS做MM/PBSA结合自由能计算最理想的工具:gmx_MMPBSA

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这个近期发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

基于Python写的。比以往的同类工具都强大,而且更可靠,还有详细的文档和例子,还支持新版本GROMACS。g_mmpbsa等其它同类工具彻底没用了,会被彻底取代。此工具不仅令GROMACS用户可以像AMBER用户一样享受到MMPBSA.py,还做了额外扩展令分析更为方便。






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发表于 Post on 2021-6-26 11:30:06 | 只看该作者 Only view this author
谢谢社长推荐!

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发表于 Post on 2021-6-27 04:38:59 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-7-9 19:19:18 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,怎么安装啊,咋我按照官网的操作错误了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-10 09:38:13 | 只看该作者 Only view this author
HZW 发表于 2021-7-9 19:19
卢老师,怎么安装啊,咋我按照官网的操作错误了。

发邮件问作者
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-4 21:35:02 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-11-5 00:37:34 | 只看该作者 Only view this author
可惜不支持win

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-5 16:13:24 | 只看该作者 Only view this author

用虚拟机就完了
只会用windows什么也干不了
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发表于 Post on 2021-11-19 19:47:58 | 只看该作者 Only view this author
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场?OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 07:22:40 | 只看该作者 Only view this author
曦曦弗斯 发表于 2021-11-19 19:47
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场?OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗?

你看程序介绍里怎么说的

OPLS-AA力场跑生物分子体系相对于这俩来说没有什么优点,我没看出有什么使用的价值
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发表于 Post on 2022-3-4 19:36:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,我看说明里说,要用gmx_MMPBSA.py,首先需要安装Amber,那如果我们没有Amber收费组件,是不是就没有办法使用了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 23:20:05 | 只看该作者 Only view this author
大村驴 发表于 2022-3-4 19:36
老师,我看说明里说,要用gmx_MMPBSA.py,首先需要安装Amber,那如果我们没有Amber收费组件,是不是就没有 ...

AmberTools和AMBER完全是两码事,前者是免费的
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发表于 Post on 2022-7-20 10:40:46 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别,用那种方法比较有优势?谢谢!

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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2022-7-20 23:50:31 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

可参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/365654509

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-21 11:18:37 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

对于配体受体结合能,最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA>MMGBSA
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