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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS做MM/PBSA结合自由能计算最理想的工具:gmx_MMPBSA

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发表于 Post on 2024-10-22 14:59:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lele123 于 2024-10-22 15:01 编辑
sobereva 发表于 2022-7-21 11:18
对于配体受体结合能,最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA> ...

sob老师,请问如果我跑100ns的动力学模拟,从5ns体系比较平稳(RMSD稳定),有必要用后面95ns来计算gmx_MMPBSA吗?还是截取一部分轨迹就可以了?

比较纠结的是,选取的时间跨度越长,计算结果应该更准确(我的理解),但是耗时也更长。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 15:28:20 | 只看该作者 Only view this author
lele123 发表于 2024-10-22 14:59
sob老师,请问如果我跑100ns的动力学模拟,从5ns体系比较平稳(RMSD稳定),有必要用后面95ns来计算gmx_M ...

如果95ns轨迹期间都没什么区别,蛋白质构象、和配体结合方式都一样,则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而很快收敛。拿不准就做个收敛性测试,比如5ns和10ns的轨迹对比。从统计精度的原理上来说取得越长越好但越耗时
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发表于 Post on 2024-10-22 20:22:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-22 15:28
如果95ns轨迹期间都没什么区别,蛋白质构象、和配体结合方式都一样,则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而 ...

好的,谢谢sob老师
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发表于 Post on 2024-10-23 12:11:18 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,gmx_MMPBSA是不是不支持过渡金属离子?即便我在立场包里补充了MN原子类型,仍然有这个报错:

我是补充到gmx_MMPBSA环境下的立场包里。(gromacs下top文件夹也也补充了,但这个应该不影响.)
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