求助，蛋白质和小分子的MD模拟

国小药

准备好蛋白质小分子复合物的拓扑文件后，在生成tpr文件的时候报错，报错内容如下：
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33508)
             does not match topology (topol.top, 33530)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
求解决方法

SpongeBob

gro文件和top文件里面原子数目对不上，检查一下是哪个文件有问题。

panernie

藐视是最初蛋白和小分子没做复合物gro文件，小分子应该是26个原子

国小药

SpongeBob 发表于 2021-6-20 22:00
gro文件和top文件里面原子数目对不上，检查一下是哪个文件有问题。

非常感谢，确实是complex.gro出现了问题，谢谢您

1764360701

国小药 发表于 2021-6-21 13:21
非常感谢，确实是complex.gro出现了问题，谢谢您

你好，我也出现了同样的问题，请问是怎么解决的

snljty2

1764360701 发表于 2023-9-22 15:25
你好，我也出现了同样的问题，请问是怎么解决的

检查你的gro和top/itp文件原子顺序是否一一对应，上面说很清楚了。