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[GROMACS] Gromacs NEMD 计算viscosity

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发表于 2015-12-17 09:47:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我想请问一下有没有哪位大神会用Gromacs Non-equilibrium MD 计算粘度啊?我在网上看到的说法五花八门,那个van der Speol 说只需要设定cos-acceleration 选项,但是那个Junstin Kimmel 又说必须选择acc-grps, 问题是我一但选择acc-grps就必须设定accelerate的值,不然会报错,那不就和cos-acceleration的设置冲突了吗?我尝试过只设定cos-acceleration ,但是结果得到的粘度在cos-acceleration=0.01 时有 65 cP, cos-acceleration=0.03时就只有15 cP了,差别太大了吧。我的体系是离子液体,实验粘度大约 85 cP. 请大神们指导一下,谢谢!

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发表于 2016-1-26 09:49:38 | 显示全部楼层
请问你最后解决了这个问题吗?

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 楼主| 发表于 2016-1-27 00:04:49 | 显示全部楼层
huidaoguoquo 发表于 2016-1-26 09:49
请问你最后解决了这个问题吗?

没... ...

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发表于 2016-1-29 16:16:03 | 显示全部楼层
我看了文献这个加速度的振幅对粘度得到的结果影响很明显。还有个问题请教一下,你的粘度最后是怎么处理得出均值的?用g_energy计算的吗?谢谢

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 楼主| 发表于 2016-1-29 23:08:23 | 显示全部楼层
huidaoguoquo 发表于 2016-1-29 16:16
我看了文献这个加速度的振幅对粘度得到的结果影响很明显。还有个问题请教一下,你的粘度最后是怎么处理得出 ...

是g_energy 算 1/viscosity. 你看的哪篇文献啊?

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发表于 2018-8-8 20:11:00 | 显示全部楼层
请问您可以把粘度的那个mdp文件发给我参考一下吗?我不知道该怎么将cos-acceleration加进去,加上总是有不知道cos-acceleration是什么的报错

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 楼主| 发表于 2018-8-9 01:40:26 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2018-8-8 20:11
请问您可以把粘度的那个mdp文件发给我参考一下吗?我不知道该怎么将cos-acceleration加进去,加上总是有不 ...

见我在你帖子里的回复

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
你好 我也遇到了把cos-acceleration加进去就会出现不认识的报错 能把你的mdp文件也给我参考一下吗

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
glzped 发表于 2020-9-16 11:25
你好 我也遇到了把cos-acceleration加进去就会出现不认识的报错 能把你的mdp文件也给我参考一下吗

已解决
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