Gromacs NEMD 计算viscosity

wbn

大家好，我想请问一下有没有哪位大神会用Gromacs Non-equilibrium MD 计算粘度啊？我在网上看到的说法五花八门，那个van der Speol 说只需要设定cos-acceleration 选项，但是那个Junstin Kimmel 又说必须选择acc-grps, 问题是我一但选择acc-grps就必须设定accelerate的值,不然会报错，那不就和cos-acceleration的设置冲突了吗？我尝试过只设定cos-acceleration ，但是结果得到的粘度在cos-acceleration=0.01 时有 65 cP, cos-acceleration=0.03时就只有15 cP了，差别太大了吧。我的体系是离子液体，实验粘度大约 85 cP. 请大神们指导一下，谢谢！

huidaoguoquo

请问你最后解决了这个问题吗？

wbn

huidaoguoquo 发表于 2016-1-26 09:49
请问你最后解决了这个问题吗？

没... ...

huidaoguoquo

我看了文献这个加速度的振幅对粘度得到的结果影响很明显。还有个问题请教一下，你的粘度最后是怎么处理得出均值的？用g_energy计算的吗？谢谢

wbn

huidaoguoquo 发表于 2016-1-29 16:16
我看了文献这个加速度的振幅对粘度得到的结果影响很明显。还有个问题请教一下，你的粘度最后是怎么处理得出 ...

是g_energy 算 1/viscosity. 你看的哪篇文献啊？

shanxitaiyuan

请问您可以把粘度的那个mdp文件发给我参考一下吗？我不知道该怎么将cos-acceleration加进去，加上总是有不知道cos-acceleration是什么的报错

wbn

shanxitaiyuan 发表于 2018-8-8 20:11
请问您可以把粘度的那个mdp文件发给我参考一下吗？我不知道该怎么将cos-acceleration加进去，加上总是有不 ...

见我在你帖子里的回复

glzped

你好 我也遇到了把cos-acceleration加进去就会出现不认识的报错 能把你的mdp文件也给我参考一下吗

glzped

glzped 发表于 2020-9-16 11:25
你好 我也遇到了把cos-acceleration加进去就会出现不认识的报错 能把你的mdp文件也给我参考一下吗

已解决

libo371324

glzped 发表于 2020-9-16 15:06
已解决

你是如何解决的

glzped

libo371324 发表于 2020-12-4 09:50
你是如何解决的

字母拼错了