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楼主 Author: 黑色桃花
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[综合讨论] 离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质,CP2K和ORCA都能做吗?哪个更好?

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发表于 Post on 2022-6-17 15:45:09 | 只看该作者 Only view this author
zhidingding 发表于 2022-6-16 10:42
就比如甲烷的燃烧过程,反应物种类只有甲烷和氧气,但是反应物分子数目肯定是比较多的,反应体系也不是周 ...

显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事,稍微有点分子动力学模拟知识自然明白
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-2-25 12:14:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-17 15:45
显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事,稍微有点分子动力 ...

社长,我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化,然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程,合适做法是不是把固相模型放到一个比自身大很多的盒子里,在NPT系统下进行模拟?

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发表于 Post on 2023-2-26 03:11:53 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2023-2-25 12:14
社长,我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化,然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程,合适做法是 ...

带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-2-26 11:53:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 03:11
带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了

嗯嗯,感谢社长解答。再请教社长一个问题,固相模型如果是用晶体结构构建,那被晶胞边缘截断的键是不是应该手动补全?如果需要补全的话又面临一个问题:晶体结构不是0维的话有些键是无限连续的,不可能使模型里的所有原子都饱和化。想请教社长怎么考虑这个问题。

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发表于 Post on 2023-2-26 12:14:03 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2023-2-26 11:53
嗯嗯,感谢社长解答。再请教社长一个问题,固相模型如果是用晶体结构构建,那被晶胞边缘截断的键是不是应 ...

看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显,需要考虑这一点(可通过几何优化或动力学体现)。比如下文里有个表面重构后的Si的IRI图
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

多看点第一性原理研究表面体系的文章,自然就清楚怎么考虑了
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发表于 Post on 2023-2-26 13:02:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 12:14
看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显,需要考虑这一点(可通过几何优化或 ...

好的,我学习学习。感谢社长为我指明方向

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