请问一下能量最小化和能量平衡充分结束的判断标准问题

WVzzz · 发表于 Post on 2021-6-30 22:01:02

本帖最后由 WVzzz 于 2021-7-1 09:58 编辑

请问一下：1.NAMD中关于能量最小化和能量平衡是都用RMSD是否稳定表述的。是不是能量最小化用RMSD，能量平衡用能量比较好
            2.对于最小化，取势能面的极小值。小分子是否会转动、振动、平动共同进行，即小分子移动和自身构象变化同时进行
            3.NAMD中初始速度的选择默认是怎么的，文件中我只找到了关于继续文件的启动和速度温度有关，没有找到别的
            4.盒子中均匀加入一定数量的某种分子的方法是什么
谢谢各位老师

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[NAMD] 请问一下能量最小化和能量平衡充分结束的判断标准问题

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