用castep过渡态搜索成功该怎么办？

计算小白请关照

反应物    生成物： 。这里是Ni3Al的2*2*2的超晶胞。图中粉色原子为Al原子，蓝色为Ni原子，这里主要为了计算Al原子从Al位点扩散到Ni空位所需要的跃迁壁垒的能量。然后我用castep进行TS search（反应物和生成物之前进行了结构优化）。 相关的计算参数为：RMS convergence :0.01 eV/A, cut off : 500 eV,  K points : 5*5*5.
结果如下:




text 文件里显示：

Transition State Found!
Energy of reactant:                 -32546.43073 eV                           
Energy of product:                  -32545.83044 eV                           
Energy of transition state:         -32545.54188 eV                           
Location of transition state:            0.64681
Barrier from reactant:                   0.88885 eV                           
Barrier from product:                    0.28855 eV                           
Energy of reaction:                      0.60029 eV。


在这里想请教大家：接下来我需要怎么去做？所述的 barrier from reactant 救是我需要的从Al原子从Al位点扩散到Ni空位所需要的跃迁能量壁垒的值吗？是否还需要继续优化？

恳请大家指导，谢谢。

计算小白请关照

自己顶顶

计算小白请关照

需要计算现在找的对应的过渡态的phonon性能吗？然后看是否其有虚频？

yz-97

您好，这个问题您解决了吗？我也是计算出结果以后不知道用哪些参数去分析了。可以请教您一下吗？能垒图要用哪些参数呀？

计算小白请关照

yz-97 发表于 2023-5-27 12:06
您好，这个问题您解决了吗？我也是计算出结果以后不知道用哪些参数去分析了。可以请教您一下吗？能垒图要用 ...

迁移能 “Barrier from reactant" 。

hpq

用过渡态的结构算个频率 看是否只有一个虚频

土拨鼠lt

您好，如何知道自己算过渡态算成功呢，我看视频上说需要对底部原子进行固定，我固定上层原子后，能量偏低，而且算得的barrier of reactant 的能量低于产物，求助求助

Yyyw

hpq 发表于 2023-5-29 14:39
用过渡态的结构算个频率 看是否只有一个虚频

老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是这样的一张结果，是为啥呀

卡开发发

Yyyw 发表于 2024-6-27 22:55
老师您好，我想问下我用CASTEP TSsearch搜索出来的过渡态.xsd文件，用Vibrational Analysis计算得到的是 ...

你需要对过渡态结构进行与结构优化完全相同计算参数（包括计算精度和赝势还有理论方法）的声子谱，然后再做振动分析。

Yyyw

卡开发发 发表于 2024-6-28 01:40
你需要对过渡态结构进行与结构优化完全相同计算参数（包括计算精度和赝势还有理论方法）的声子谱，然后再 ...

请问是算完声子谱里面的结果文件里面的这部分有个虚频就说明找对了是吗

卡开发发

Yyyw 发表于 2024-6-28 08:34
请问是算完声子谱里面的结果文件里面的这部分有个虚频就说明找对了是吗

虚频对应的振动模式按道理要沿着你反应/迁移方向，不过这个虚频值也太小了，找过渡态CASTEP的短板比较严重。

Yyyw

卡开发发 发表于 2024-6-28 10:23
虚频对应的振动模式按道理要沿着你反应/迁移方向，不过这个虚频值也太小了，找过渡态CASTEP的短板比较严 ...

能再详细请教一下“虚频对应的振动模式按道理要沿着反应/迁移方向”这个应该怎么看呢，以及如果频率算出来有两个负数应该怎么办，感谢

卡开发发

Yyyw 发表于 2024-6-28 10:48
能再详细请教一下“虚频对应的振动模式按道理要沿着反应/迁移方向”这个应该怎么看呢，以及如果频率算出 ...

你可以在上面那个vibrational analysis的框当中选中负的频率值（实际应当是虚频），看看那个animation是否能预览，如果可以得到xtd的轨迹，看看其箭头是否沿着反应路径。

Yyyw

卡开发发 发表于 2024-6-28 11:20
你可以在上面那个vibrational analysis的框当中选中负的频率值（实际应当是虚频），看看那个animation是 ...

好奇怪，我咋算完声子谱后vibrational analysis的框当中还是没有负的频率值，懵了

卡开发发

Yyyw 发表于 2024-6-28 11:39
好奇怪，我咋算完声子谱后vibrational analysis的框当中还是没有负的频率值，懵了

在Vibraitonal Analysis->Options->Calculation当中去除勾选Project out zero frequency modes试试。但大概率你的过渡态的虚频可能只是噪声引起的，这体系还是不太建议CASTEP做。