求助提取xtc文件中指定区域的轨迹的脚本

iueh · 发表于 Post on 2021-7-7 20:38:14

想问一下在gromacs中，指定一个区域，然后在总的xtc文件中提取这个区域的xtc文件，用来分析这个指定的区域。或者还有什么方法在gromacs中分析一个指定的区域的轨迹文件，谢谢各位。

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-7 21:09:42

试试select命令

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 11:38:51

交代清楚具体什么体系、提取什么区域
“总的xtc文件中提取这个区域的xtc文件”一般来说不现实。xtc里原子数是固定的，不允许不同帧有不同原子数，而特定区域里原子数可能发生变化
至于有什么其它办法，说清楚要分析什么问题

iueh · 发表于 Post on 2021-7-9 21:01:22

两片石墨烯中间，填充了离子液体，想在Z方向上按距离分层，然后计算不同层的氢键和阴阳离子在每个层间的停留时间。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-18 02:13:00

层间的停留时间只能自己写脚本分析，用VMD的tcl脚本没什么难的

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[GROMACS] 求助提取xtc文件中指定区域的轨迹的脚本