求助分子动力学密度分析的时候多次出现inconsistent shifts

cmd27 · 发表于 Post on 2021-7-7 23:22:21

本帖最后由 cmd27 于 2021-7-8 15:16 编辑

能正常跑完gromacs的nvt，但是后面做密度分析的时候多次出现There were 632 inconsistent shifts. Check your topology.
请教大神原因是什么？

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-8 11:22:16

为啥不做npt的呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 11:40:48

没细节没法说，说清楚用的什么分析命令，什么版本。并且确保轨迹看起来正常，

cmd27 · 发表于 Post on 2021-7-8 15:17:50

本帖最后由 cmd27 于 2021-7-8 21:46 编辑

sobereva 发表于 2021-7-8 11:40
没细节没法说，说清楚用的什么分析命令，什么版本。并且确保轨迹看起来正常，

老师您好，我上传了一个图片，麻烦您看一下，辛苦老师，我用gromacs 跑完nvt 就会出现这个提示，有不一致的位移，让检查topol文件，但我确保我的topol文件和gro文件原子顺序一致，跑minim时势能也是小于零的，也不知到哪里有问题

cmd27 · 发表于 Post on 2021-7-8 15:19:02

Kangtor 发表于 2021-7-8 11:22
为啥不做npt的呢

先跑nvt ,然后用g density 去分析z轴的一个密度分析想看一下想要的东西的高度

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-2-12 22:46:57

本帖最后由 Wenchuan 于 2024-1-16 10:47 编辑

这个是因为体系中有周期性分子，从轨迹中去除周期性分子后再算密度就不会有上述问题了。

ccccc123 · 发表于 Post on 2023-3-14 16:57:56

请问有解决办法了吗，遇到了同样的问题

thor · 发表于 Post on 2024-12-3 09:31:35

Wenchuan 发表于 2023-2-12 22:46
这个是因为体系中有周期性分子，从轨迹中去除周期性分子后再算密度就不会有上述问题了。

好像有点麻烦，tpr也要同时转换，这样直接计算应该没有影响吧。对比了直接计算和提取轨迹的结果看起来是一样的

Wenchuan · 发表于 Post on 2024-12-3 20:13:00

thor 发表于 2024-12-3 09:31
好像有点麻烦，tpr也要同时转换，这样直接计算应该没有影响吧。对比了直接计算和提取轨迹的结果看起来是 ...

应该是没有影响的，直接算就行。

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