膜体系，想得到top文件，但显示atomtype CB没有怎么办？

bingzan · 发表于 Post on 2021-7-9 12:19:23

各位老师好，我需要构建膜蛋白体系。先由CHARMM-GUI得到混合脂质的膜，然后我在pymol中，导入了我的两个蛋白和该混合脂质膜，得出了合并的pdb。加水后，我需要给该pdb加离子。这需要top文件，在用gmx pdb2gmx操作的时候，发现该报错：（file ffnonbonded.itp line 258）atomtype CB not found ，但是在ffnonbonded.itp 的line 258 明明就是CB这个原子，所以我不明白为什么？
此前已经从gromacs网站上下载了lipid.itp，并且按照教程操作了如下6步。

Copy [atomtypes] from lipid.itp to ffnonbonded.itp and add a column for atomic number
Copy [nonbond_params] from lipid.itp to ffnonbonded.itp
Remove the ;; parameters for lipid-GROMOS interactions and all subsequent lines in the [nonbond_params] section in ffnonbonded.itp
Remove all lines containing "HW" in [nonbond_params] or otherwise rename them to "H"
Copy [pairtypes] from lipid.itp to ffnonbonded.itp
Copy [dihedraltypes] from lipid.itp to ffbonded.itp

所以不明白为什么还报错？谢谢指教！！

bingzan · 发表于 Post on 2021-7-9 12:21:08

另外请问为了构建两个蛋白插入混合脂质膜的这个体系，我的操作： “在pymol中，导入了我的两个蛋白和该混合脂质膜，得出了合并的pdb。”是正确的吗？新手求教，感谢指导！！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-10 08:59:04

[atomtypes]里没有CB原子类型的定义，仔细检查

bingzan · 发表于 Post on 2021-7-14 09:53:37

谢谢sob老师，后来检查发现确实没有。但是应该怎么解决呢？难道要人为加一个么。。

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[综合交流] 膜体系，想得到top文件，但显示atomtype CB没有怎么办？

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