计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: minagami
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它量化程序] 用Dmol3预测反应位点的问题?

[复制链接 Copy URL]

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-23 00:44:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 minagami 于 2015-12-23 00:54 编辑

我把check2xsf编译成功了,不过似乎还是没办法用Multiwfn帮助分析orz
参考了小木虫的这个帖子http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5406515强势增强CASTEP输出的工具:check2xsf (Windows版),命令和可输出文件类型见附件: check2xsf.1 (10.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

我把其中关于输出文件的类型摘录如下:
.SH FORMATS

.LP
The following output formats are recognised.

.TP
.B \-\-cell
CASTEP .cell, cartesian cell, fractional co-ordinates. The output contains
just the lattice and positions blocks, so is not a valid input to CASTEP, but
can easily be made so.
.TP
.B \-\-cell_abc
CASTEP .cell, abc cell, fractional co-ordinates.
.TP
.B \-\-cell_abs
CASTEP .cell, cartesian cell, absolute co-ordinates.
.TP
.B \-\-cell_abc_abs
CASTEP .cell, abc cell, absolute co-ordinates.
.TP
.B \-\-cif
a very basic and rigid format which may be compatible with some CIF-reading
software.
.TP
.B \-\-cml
Chemical Markup Language.
.TP
.B \-\-cube
Gaussian cube. Atoms and at most one data set.
.TP
.B \-\-dx
Data Explorer. Data set only.
.TP
.B \-\-fdf
Siesta. Current support is very partial. If you want a density, you must
name the output file on the command line, the filename must end ".fdf",
and the density will appear in a corresponding ".RHO" file.
.TP
.B \-\-gnu
Gnuplot command file for 1D data.
.TP
.B \-\-null
Null output. Throw away all output, but still write some useful information
the input to stderr.
.TP
.B \-\-pdb
PDB
.TP
.B \-\-pdbn
PDB, but label the atoms with element symbol and number within that species,
e.g. C8, H24, Ca2, rather than just with element symbol. The whole string
can contain no more than four characters, so * is used for the numeric part
if it would not otherwise fit.
.TP
.B \-\-shelx
a subset of the SHELX97 format.
.TP
.B \-\-vasp
VASP output. One should almost certainly specify -R as well.
.TP
.B \-\-xplor
Xplor format. Data set only. The grid used in this format is offset by half
a grid cell compared to Castep, and as interpolating is inexact, this program
does not in this case. Also the grid axes are described in terms of a, b, c,
alpha, beta, gamma, so information about orientation in space is lost. To
produce a compatible pdb file of atomic co-ordinates, specify
.I \-Hc
when creating the pdb file.
.TP
.B \-\-xsf
XCrysDen format. Default. The only format in which multiple data sets are
supported.
.TP
.B \-\-xyz
XYZ format. Atoms only, no unit cell.
而在说明书里Multiwfn支持的文件格式如下:



虽然check2xsf里也可以输出.cube、.pdb、.xyz文件,不过这些文件里也只能包含有极少的一部分信息。
其中只有在.xsf文件里可以包含各种数据信息(毕竟这个程序的名字就是这个),我有时间再下个XCrysDen试试。。。



3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18429

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

17#
发表于 Post on 2015-12-23 06:45:49 | 只看该作者 Only view this author
minagami 发表于 2015-12-23 00:44
我把check2xsf编译成功了,不过似乎还是没办法用Multiwfn帮助分析orz
参考了小木虫的这个帖子http://emu ...

最多也就能显示一下周期体系的价带顶和导带底的波函数或者对密度做做AIM,ELF用CASTEP本身可以做。

固体当中,态的指标和k还相关。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-23 11:55:43 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-12-23 06:45
最多也就能显示一下周期体系的价带顶和导带底的波函数或者对密度做做AIM,ELF用CASTEP本身可以做。

固 ...

你是指选取不同的k点的数据来分析会得到不同的结果吗?我只知道k点是取样点,但是不知道具体是对什么的采样,难道是每个k点都对于着不同的波函数在空间中的分布?在http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5406515里作者是取Gamma点进行分析的,那如果没有k点中没包括Gamma有怎么办呢?

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18429

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

19#
发表于 Post on 2015-12-23 12:19:32 | 只看该作者 Only view this author
minagami 发表于 2015-12-23 11:55
你是指选取不同的k点的数据来分析会得到不同的结果吗?我只知道k点是取样点,但是不知道具体是对什么的采 ...

对,其他k点应当导出对应的波函数才行,这个在vasp也是一样的。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

20#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-23 12:29:46 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-12-23 12:19
对,其他k点应当导出对应的波函数才行,这个在vasp也是一样的。

那最终结果应当是各个k点的波函数在空间中分布的加权平均吗?

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18429

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

21#
发表于 Post on 2015-12-23 13:03:05 | 只看该作者 Only view this author
minagami 发表于 2015-12-23 12:29
那最终结果应当是各个k点的波函数在空间中分布的加权平均吗?

不是,各是各的
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-23 13:09:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 minagami 于 2015-12-23 13:13 编辑

那么在check2xsf里我们是应该用高对称性的k点进行分析吗?比如取Gamma点。

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18429

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

23#
发表于 Post on 2015-12-23 14:29:54 | 只看该作者 Only view this author
minagami 发表于 2015-12-23 13:09
那么在check2xsf里我们是应该用高对称性的k点进行分析吗?比如取Gamma点。

一般比较关注导带底和价带顶以及Gamma,看你需要分析什么了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
minagami + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

24#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-23 14:48:02 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-12-23 14:29
一般比较关注导带底和价带顶以及Gamma,看你需要分析什么了

多谢你的解答!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 03:52 , Processed in 0.200777 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list