计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10214|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助:将onimo中低层离子部分当作背景电荷计算NTO是否可行

[复制链接 Copy URL]

54

帖子

0

威望

543

eV
积分
597

Level 4 (黑子)

  1、将此分子PhCOO-部分作为onimo的高层部分,NH4+作为onimo的低层,不冻结原子,全部开放,进行opt oniom(b3lyp/def2SVP:b3lyp/def2SVP)优化.
  
  2、优化后用背景电荷代替低层NH4+部分,计算得到PhCOO-的nto.


  请问此方法是否可行?得到的NTO是否可靠?

  

202107131055444292..png (8.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

202107131055444292..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-7-13 16:38:33 | 只看该作者 Only view this author
1 这属于瞎用ONIOM。级别都是b3lyp/def2SVP,还用ONIOM做什么
2 可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

54

帖子

0

威望

543

eV
积分
597

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-13 17:52:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-13 16:38
1 这属于瞎用ONIOM。级别都是b3lyp/def2SVP,还用ONIOM做什么
2 可以

好的,十分感谢sob老师答疑^^

请问老师我是不是可以不用onimo优化,就直接opt b3lyp/def2svp优化,然后还是用背景电荷代替铵根得到nto

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-7-14 16:17:02 | 只看该作者 Only view this author
Lapheal 发表于 2021-7-13 17:52
好的,十分感谢sob老师答疑^^

请问老师我是不是可以不用onimo优化,就直接opt b3lyp/def2svp优化,然 ...


强烈建议加上D3校正
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

54

帖子

0

威望

543

eV
积分
597

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 09:59:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lapheal 于 2021-7-20 10:11 编辑
sobereva 发表于 2021-7-14 16:17

强烈建议加上D3校正

好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上,这样他们之间就不再是离子键了
请问有没有办法在优化后仍然保持NH4+的完整性呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-7-20 18:58:18 | 只看该作者 Only view this author
Lapheal 发表于 2021-7-20 09:59
好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上,这样他们之 ...

加上键长的限制

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

8998

eV
积分
20752

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2021-7-20 19:44:54 | 只看该作者 Only view this author
Lapheal 发表于 2021-7-20 02:59
好的老师。十分感谢sob老师答疑
我加上了D3优化
在优化后发现铵根上一个H转移到了phcoo-上,这样他们之 ...

虽然可以限制键长,但是那样你模拟的就不是真实体系了。
应该仔细确认实验上质子到底在不在N上,以及确认你计算的设置是不是和实验真实情况一致。比如如果你想算的是固相的PhCOO- NH4+,那就不应该算单独的一个PhCOO-和一个NH4+,而是要从PhCOO- NH4+的实验晶体结构里截取超胞出来做ONIOM或其他QM/MM计算。你现在这么算,算的是PhCOO- NH4+的气体,在气相里面弱酸弱碱盐分解成弱酸和弱碱再正常不过了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

54

帖子

0

威望

543

eV
积分
597

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 21:22:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-20 18:58
加上键长的限制

在Gaussian中做限制性优化的方法

好的再次感谢sob老师答疑
我加上限制再去试一下

54

帖子

0

威望

543

eV
积分
597

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 21:24:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-20 19:44
虽然可以限制键长,但是那样你模拟的就不是真实体系了。
应该仔细确认实验上质子到底在不在N上,以及确 ...

十分感谢老师的指点
之前只想计算离子键对PhCOOH的影响,所以忽略了这个问题。就这去再确认一下。再次感谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 14:41 , Processed in 0.204637 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list