计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2724|回复 Reply: 16

[CP2K] CP2K计算OT和K点时卡住

[复制链接 Copy URL]

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-7-14 11:28:03 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 16:46 编辑

    老师您好,我按照《CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法》一文编译了cp2k,编译过程没报错,随后使用GFN1-xTB进行几何结构优化和晶胞参数优化(命令是mpirun -np 24 cp2k.popt directxtb.inp |tee directxtb.out),发现OT计算一步卡住,进一步测试发现,同一个inp输入文件,提交给官方预编译的CP2K可以计算,说明inp文件没问题,是我自己编译cp2k的问题。不过,我自己编译的cp2k可以成功运行文中的test.inp。    随后发现,我的问题不是个例,群里有人对我说,按《CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法》一文,编译cp2k的过程中没报错,可OT和k点计算的时候会卡住不动,如果./install_cp2k_toolchain.sh--with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install这一步不安装openmpi,而选择自己手动安装openmpi,也无法解决这个问题。如果把openMPI卸载后重新编译,也无法解决该问题。并且发现CP2K版本8.1,8.2都这样,但7.1版按相同流程编译,没有问题。
  我个人觉得出现这种问题,可能已经不是openMPI的问题了,不知道该怎么解决该问题,还请老师指导一下,感谢
202107141117124242..png


160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 11:30:21 | 显示全部楼层 Show all
自己手动安装openMPI,也试过采用《量子化学程序ORCA的安装方法》一文中提及的安装方法,但是无效,OT和K点计算会卡住

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 11:31:53 | 显示全部楼层 Show all
OT和K点计算会卡住,一直卡着,没有报错

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 12:45:51 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 13:03 编辑

会不会是有未知病毒感染了官网的CP2K ,导致其瘫痪,我系统CENTOS 8.0 不是最新的 , 我CP2K 8.1 也不是最新的, 那么我就没有什么新的插件出现,也就是说,以前相同的系统、 相同的CP2K软件版本号,编译下来,是没这问题的,但现在不行了,只能说明什么,现在下载的CP2K安装包,跟以前不一样了哇...个人猜测的,不过问了下别人,应该可能性不大,因为这个安装包是在GitHub挂着的

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 13:28:41 | 显示全部楼层 Show all
运行./install_cp2k_toolchain.sh --help可以查看toolchain的帮助。可见有的库默认是安装的,有的默认不装,通过选项来决定,可以按需调整。可能是这些默认安装的库之间兼容性出了问题,所以要手动调整,不用toolchain的默认安装了,这是一个推测

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 13:29:55 | 显示全部楼层 Show all
我们查一下cp2k7.1默认安装哪些插件 照搬到8.2版  7.1版本默认不安装的那些插件 8.2这边也就取消选择别让他默认安装  这样就有可能成功 因为7.1是成功了的

1514

帖子

1

威望

3408

eV
积分
4942

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2021-7-14 14:13:50 | 显示全部楼层 Show all
猜测是编译中使用了部分优化参数,而导致兼容性有问题。

如果无特殊需求,采用官方提供的二进制版本即可,可能稍微慢一点。

或许,
给我你的输入文件,
我测试一下。 签名信息中可以找到电邮。

另,你有测试,你编译的版本,算例均通过吗?
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

3万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
81661

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2021-7-14 15:19:44 | 显示全部楼层 Show all
a9471163 发表于 2021-7-14 11:30
自己手动安装openMPI,也试过采用《量子化学程序ORCA的安装方法》一文中提及的安装方法,但是无效,OT和K点 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

别人回答你的问题得连着看好几楼的帖子,累死了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 16:10:58 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 a9471163 于 2021-7-14 16:12 编辑
abin 发表于 2021-7-14 14:13
猜测是编译中使用了部分优化参数,而导致兼容性有问题。

如果无特殊需求,采用官方提供的二进制版本即可 ...

好的,非常感谢您,没有测试很多算例,因为第一个文件跑POPT版就过不了,就没来得及测其他算例

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 16:11:26 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-7-14 15:19
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

对不起,我再仔细看一下版规,以后注意

1514

帖子

1

威望

3408

eV
积分
4942

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2021-7-14 16:14:05 | 显示全部楼层 Show all
a9471163 发表于 2021-7-14 16:10
好的,非常感谢您,没有测试很多算例,因为第一个文件跑POPT版就过不了,就没来得及测其他算例

编译完毕,
官方推荐的算例测试, 都不搞一下子.

你敢确认你编译的版本就不会带来可怕的数值错误?
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-14 16:16:23 | 显示全部楼层 Show all
abin 发表于 2021-7-14 16:14
编译完毕,
官方推荐的算例测试, 都不搞一下子.

对不起,现在就测一下。编译是按着sob老师教程,一点没改的,所以一开始比较放心,觉得应该没问题,您指出的这点很有道理

143

帖子

0

威望

2189

eV
积分
2332

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2021-7-26 22:36:58 | 显示全部楼层 Show all
我也遇到同样问题,后来断掉了,提示 无法分配内存,请问你是怎么解决的?

160

帖子

0

威望

373

eV
积分
533

Level 4 (黑子)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-29 18:11:29 | 显示全部楼层 Show all
ZHANGZY 发表于 2021-7-26 22:36
我也遇到同样问题,后来断掉了,提示 无法分配内存,请问你是怎么解决的?

工程师安的,popt也不能用 工程师说8.X之后的版本就用psmp即可

2

帖子

0

威望

63

eV
积分
65

Level 2 能力者

发表于 Post on 2022-1-15 08:57:06 | 显示全部楼层 Show all
我也遇到同样的问题,8.2用psmp版本也是同样的问题

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-5-22 19:45 , Processed in 0.263662 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list