提交ORCA作业的PBS脚本如何调用OpenMPI

阿瞳

老师们好，由于集群里的orca是就版本，然后在自己的账号目录下重新安装了新版本的ORCA和OpenMPI,已经安装成功，但是不知道如何更改提交作业的脚本以调用新的ORCA和OpenMPI,附件是旧的提交作业脚本，麻烦各位老师指点下需要更改哪些地方，谢谢

biogon

#PBS段落后面加上openmpi和orca的环境变量即可

pwzhou

需要修改的地方其实就是这两个地方
ORCA_VERSION=4.1.2
module add orca/$ORCA_VERSION
两种解决方案，一种就是让管理员把新版本的module files给你写好，这样，只需要更换版本号即可。

另外一种方法，删除掉这两行，然后在原来的module add这个地方，把新版本的orca以及openmpi的环境变量加进来，记得export ORCA_BINDIR这个环境变量，因为后面调用的命令是 $ORCA_BINDIR/orca

阿瞳

pwzhou 发表于 2021-7-16 22:41
需要修改的地方其实就是这两个地方
ORCA_VERSION=4.1.2
module add orca/$ORCA_VERSION

老师这块不太懂“记得export ORCA_BINDIR这个环境变量，因为后面调用的命令是 $ORCA_BINDIR/orca
”这应该怎么操作，我是这样设置环境变量的，
export PATH=$PATH:/ZHP/orca
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/ZHP/orca

pwzhou

阿瞳 发表于 2021-7-16 22:58
老师这块不太懂“记得export ORCA_BINDIR这个环境变量，因为后面调用的命令是 $ORCA_BINDIR/orca
”这应 ...

加一句这个
export ORCA_BINDIR=/ZHP/orca

阿瞳

pwzhou 发表于 2021-7-17 10:50
加一句这个
export ORCA_BINDIR=/ZHP/orca

好的，谢谢老师

ridley

pwzhou 发表于 2021-7-16 22:41
需要修改的地方其实就是这两个地方
ORCA_VERSION=4.1.2
module add orca/$ORCA_VERSION

老师您好！请问在自己的服务器里面也是加export ORCA_BINDIR=/ZHP/orca这一句环境变量吗？

冰释之川

1. #!/bin/bash
   
2. #PBS -N ORCA
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=56
   
4. #PBS -l walltime=1440:00:00
   
5. #PBS -q CPU
   
6. #PBS -o jobID.$PBS_JOBID
   
7. 
   
8. # mkdir -p ~/tmp/$PBS_JOBID
   
9. # scp -r master:$PBS_O_WORKDIR/* ~/tmp/$PBS_JOBID
   
10. # cd ~/tmp/$PBS_JOBID
    
11. 
    
12. cd $PBS_O_WORKDIR
    
13. touch jobID.$PBS_JOBID
    
14. 
    
15. FILENAME=test.inp   # input file name
    
16. 
    
17. /home/yjy/softwares/orca-4.2.1/orca $FILENAME  > ${FILENAME/%inp/log} # running ORCA-4.2.1
    
18. #wait
    
19. #OfakeG ${FILENAME/%inp/log}
    
20. #wait
    
21. #orca_2mkl ${FILENAME%.inp} -molden
    
22. #wait
    
23. #mv ${FILENAME/%inp/molden.input} ${FILENAME/%inp/molden}
    
24. #rm ${FILENAME/%inp/gbw}
    
25. 
    
26. # scp -r ~/tmp/$PBS_JOBID/* master:$PBS_O_WORKDIR
    
27. # rm -rf ~/tmp/$PBS_JOBID

复制代码

pwzhou

ridley 发表于 2021-8-9 17:04
老师您好！请问在自己的服务器里面也是加export ORCA_BINDIR=/ZHP/orca这一句环境变量吗？

这个不是必需的

drizzt

冰释之川 发表于 2021-8-9 17:08

大佬，直接用这四句命令没有输出，是必须创建临时文件吗

火车头

冰释之川 发表于 2021-8-9 17:08

有大佬能给这个pbs脚本写个注释吗，，，