求助：以那个文件为参考建立一定空间的索引？

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-19 10:26:44

老师，您好，我在体系npt过程结束之后，准备进行产品模拟，首先我想准备先用脚本建两个索引组，都是选择一定空间的原子，一组冻结，一组加速，但是我发现npt.gro文件中有些原子再盒子外了，请问老师我用脚本选择一定空间的原子时，我应该从那个结构文件选取呢？npt.gro还是通过gmx trjconv -pbc mol命令生成的gro文件呢？请老师可以讲解一下疑问。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 22:32:26

gmx跑MD直接产生的gro文件对应于-pbc mol的情况，所以自然有些分子里的原子露在盒子外头
如果你就是想严格地取特定几何范围内的原子作为索引组（即便截断分子也无所谓），应当用-pbc atom处理gro文件，让所有原子都在盒子里，然后再建立。
如果不希望分子里的不同原子可能处在两个不同的组里，就直接用原先的gro文件建立索引文件

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