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[GROMACS] 请教一下大家通过acpype得到的新pdb文件能直接用于GROMACS嘛

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本帖最后由 xryao 于 2021-7-20 19:21 编辑

利用Gaussview建立的mol2文件导入到acpype中得到基于GAFF力场的_NEW.pdb,_GMX.gro,_GMX.itp,_GMX.top文件,利用该_NEW.pdb文件

运行如下gmx pdb2gmx -f dipeptide_NEW.pdb -o dipeptide.gro -water spce命令报错如下:
请教一下大家怎么解决,谢谢


202107201919471987..png (64.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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发表于 Post on 2021-7-21 02:52:34 | 只看该作者 Only view this author
如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件,而且这是二肽的话,根本就不应该用acpype。二肽属于蛋白质一类,用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件,用acpype完全多余。
从你的描述上看,你对acpype的用处和pdb2gmx的用法也有着错误的理解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-21 13:38:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-21 02:52
如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件,而且这是二肽的话,根本就不应该用acpype。二肽属 ...

好的 谢谢老师的回复,我在去多了解以下GROMACS中命令的使用,初学GROMACS,还有许多不懂的地方,谢谢老师提醒

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-24 11:37:03 | 只看该作者 Only view this author
老师,“二肽属于蛋白质一类,用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”,这个我还是不了解该怎么做,没有二肽的.PDB文件如何能使用pdb2gmx呢

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发表于 Post on 2021-7-24 13:15:30 | 只看该作者 Only view this author
xryao 发表于 2021-7-24 11:37
老师,“二肽属于蛋白质一类,用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”,这个我还是不了解该怎么 ...

你的二肽是啥文件啊,mol2吗?用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式,openbabel也可以转
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-24 13:24:43 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-7-24 13:15
你的二肽是啥文件啊,mol2吗?用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式,openbabel也可以转

用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

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发表于 Post on 2021-7-24 13:42:33 | 只看该作者 Only view this author
xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

建议你去看看标准pdb格式长啥样,再看看gaussview转出来是啥样,动动手就能改好。
懒得改建议用openbabel转格式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-24 13:57:10 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-7-24 13:42
建议你去看看标准pdb格式长啥样,再看看gaussview转出来是啥样,动动手就能改好。
懒得改建议用openbabe ...

好的 谢谢你

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发表于 Post on 2021-8-12 05:03:48 | 只看该作者 Only view this author
xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符,pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建蛋白质结构的工具,原子名都是符合标准的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-15 22:08:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-12 05:03
gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符,pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建 ...

好的 谢谢老师

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