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[Material Studio] 小分子动力学模拟的盒子设置问题

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各位老师,想请教一下在做动力学模拟的时候,把一个小分子放在盒子中,那这个盒子的大小设置应该遵循什么样的规则,而且发现在动力学模拟的时候分子就会跑出盒子,这种情况正常吗
谢谢大家

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发表于 Post on 2015-12-24 17:57:49 | 只看该作者 Only view this author
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
如果要设盒子,别太小就行,否则会和镜像分子相互作用上。
跑出盒子正常,由于PBC条件从另一头又回来了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-24 20:03:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
如果要设盒子,别太小就行,否则会和镜像分子相互作用上。
...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-1-28 17:09:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-28 17:11 编辑
sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
如果要设盒子,别太小就行,否则会和镜像分子相互作用上。
...

所以sob老师,盒子大小并没有严格规定,只需要大于cut off两倍就行吗?

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发表于 Post on 2020-1-29 01:05:36 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-28 17:09
所以sob老师,盒子大小并没有严格规定,只需要大于cut off两倍就行吗?

多大合适看具体体系。大于cut off两倍只是下限
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发表于 Post on 2020-1-30 16:21:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-29 01:05
多大合适看具体体系。大于cut off两倍只是下限

那足够大即可是吗?盒子过大会带来什么影响吗

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发表于 Post on 2020-1-30 22:31:17 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-30 16:21
那足够大即可是吗?盒子过大会带来什么影响吗

除了耗时高,没有别的坏处
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发表于 Post on 2020-5-18 16:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
如果要设盒子,别太小就行,否则会和镜像分子相互作用上。
...

请问sob老师,若是给一条高分子链设置盒子也是这样吗?只要盒子足够大就可以了?想用NVT得到一条高分子链的最概然构象用于后续构建多条高分子链以减少达到平衡的时间.但没有查到该聚合物的密度.
在此先谢过sob老师.

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发表于 Post on 2020-5-18 23:29:54 | 只看该作者 Only view this author
北京的大猫 发表于 2020-5-18 16:18
请问sob老师,若是给一条高分子链设置盒子也是这样吗?只要盒子足够大就可以了?想用NVT得到一条高分子链的 ...



但对于模拟多条高分子链,拿一条预平衡的链当初始结构来建模未必会带来显著好处,因为不同链之间会有显著相互作用,严重改变构象。
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发表于 Post on 2020-5-19 16:17:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-18 23:29


但对于模拟多条高分子链,拿一条预平衡的链当初始结构来建模未必会带来显著好处,因为不同链之间会 ...

嗯嗯,非常感谢sob老师的提醒~

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发表于 Post on 2023-7-9 00:01:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
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...

老师,打扰您,初次接触gromacs想跑一个单分子的在气象下的动力学,我拿sobtop例子做的Neoprene_10,10个聚合度,您说单分子不用设置盒子,直接跑,如下压缩包的输入文件,我是直接输入命令:gmx grompp -f em.mdp -c Neoprene_10.gro -p Neoprene_10.top -o em.tpr但是报错信息如图确实说格子小,请问老师如何在gromacs里直接跑这个单分子呢?麻烦您谢谢

202307090000579117..png (65.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

202307090000579117..png

gas.zip

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发表于 Post on 2023-7-9 09:44:52 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2023-7-9 00:01
老师,打扰您,初次接触gromacs想跑一个单分子的在气象下的动力学,我拿sobtop例子做的Neoprene_10,10个 ...

你用PME方式算静电作用又结合cutoff-scheme=verlet显然必须有盒子

给你个非周期性计算的模板mdp
md_nopbc.mdp (594 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 58)
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发表于 Post on 2023-7-19 15:41:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-24 17:57
单个分子的动力学没必要设盒子,直接跑就行。
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...

老师好!我也是想得到NVT条件下一条高分子链的最概然构象,那有盒子和无盒子的效果是一样的么?如果设盒子更好的好,使用AC建模么?

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发表于 Post on 2023-7-19 19:47:00 | 只看该作者 Only view this author
why1314 发表于 2023-7-19 15:41
老师好!我也是想得到NVT条件下一条高分子链的最概然构象,那有盒子和无盒子的效果是一样的么?如果设盒 ...

我从不使用AC

如果你说的无盒子是指当个液滴团簇来模拟,显然液滴的大小会影响高分子链可能的构象,高分子不可能伸展到真空区去。能用盒子当周期性体系模拟更好
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发表于 Post on 2024-12-11 16:41:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-19 19:47
我从不使用AC

如果你说的无盒子是指当个液滴团簇来模拟,显然液滴的大小会影响高分子链可能的构象,高 ...

Sob老师您好,我模拟的盒子有两个,体系+萃取剂A和体系+萃取剂B,如果我想对A和B分别对体系的作用效果进行比较,这两个盒子的大小需要一致吗?分子数是一样的。

本版积分规则 Credits rule

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